2022 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of genes associated with glioblastoma dissemination using whole genome sequencing
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18K16569
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
柴原 一陽 北里大学, 医学部, 講師 (30791016)
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2018-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 膠芽腫 / 播種 / エクソーム解析 / RNAシーケンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
膠芽腫の播種という病態は、非常に難治で、その病態解明も進んでいない。その一因に播種病態を解明するための最適な検体がないという問題があった。それを解決する稀少病態である初回播種膠芽腫に注目して研究を進めた。北里大学、東北大学、山形大学から症例を募り、29例のサンプル規模に到達した。全例エクソームシーケンス解析を終了した。また追加で、RNAを抽出できたサンプルは、RNAシーケンスまで行った。バイオインフォマティクス解析は、外注委託で得たfastqデータを用いて、東北大学メディカルメガバンク機構の有するスーパーコンピューターで、mappingした後、Mutect2を用いてmutation callを行い、初回播種膠芽腫に特徴的なsingle nucleotide variants(SNV)、insertion/deletion (indel)、copy number variations (CNV)を明らかにした。さらに、RNAシーケンス結果は、STARでmappingして、htseq-countを用い各遺伝子にマッピングされたリード数を計算した。コントロールとして、臨床経過中一度も播種していないサンプルからRNAシーケンスのfastqを取得し、STARでmappingし、DEseq2を用いてdifferentially expression遺伝子を解析した。さらにこの研究期間で新たにプロテオミクス解析の基盤構築も行い、マルチオミックス解析を進めている。
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Research Products
(2 results)
