分子マーカーを用いた軟部肉腫の新規リスク分類の創出

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K16660
• Research Institution: Kobe University
• Principal Investigator: 小松 正人 神戸大学, 医学部附属病院, 助教 (50531753)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 肉腫 / 腫瘍精巣抗原 / 融合遺伝子

Outline of Annual Research Achievements

腫瘍精巣抗原の発現レベルと軟部肉腫の悪性度に関する研究を展開している。各種腫瘍の網羅的遺伝子発現情報を容易に取得することができるTCGAのデータベースを用い、DEPDC1A, FHAD1, TRIP13, LHX9が高発現群で極めて予後が悪いことをうけ、これらの遺伝子の発現をみることで術後治療の計画に役立てることを目的とした。
未分化多形肉腫および平滑筋肉腫の根治切除材料のホルマリン固定パラフィン包埋切片に対し、DEPDC1AおよびTRIP13の免疫染色を施行したが、一様に発現がみられ、明確なカットオフ値をひくことが困難であった。FHADに関しては免疫組織染色が可能な抗体は見いだせていない。DEPDC1AおよびTRIP13に関しては、染色強度・染色される腫瘍細胞の個数などでスコア化を行い、予後との関連を現在解析中である。

一方、研究の過程において軟部肉腫の組織型を詳細に整理・検討している過程で、非常にユニークな組織形態を示す症例をみいだした。具体的には粘液腫状間質を背景に、管状形態やロゼット形態など上皮様の組織構築を示す悪性腫瘍で、最終的に悪性筋上皮腫として整理したが、EWSR1遺伝子の既知のパートナー遺伝子が検出されず、次世代シーケンサーを用いてさらに詳細に解析した。凍結標本を用いて全RNAシーケンス解析を行ったところ、EWSR1のエクソン9と新規にVGLL1のエクソン2が結合し、新規なドライバー遺伝子として同定することが可能であった。本結果はGenes Chromosomes Cancer. 2020 Apr;59(4):249-254.に掲載された(VGLL1は胎盤にのみ発現する遺伝子で、基本的には腫瘍精巣抗原に非常に近い遺伝子)。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

DEPDC1AおよびTRIP13の染色性の評価が非常に難しく、評価体系の構築あるいは再染色に時間がかかっている。

Strategy for Future Research Activity

DEPDC1AおよびTRIP13に関して、免疫染色では最終的に発現の状態で予後との関連性を証明することが困難になるかもしれないが、肉腫細胞株でのこれら遺伝子の機能実験にウェイトを置く方針も考えていく。
また、研究実績の概要でも示したが肉腫を整理する過程において、非常にユニークな組織学的・臨床病理学的特徴を持つ二例の未分化多形肉腫および手に発生した分類不能未分化肉腫を同定した。前者に関しては、現在次世代シーケンサーで新たに新規融合遺伝子がrecurrenceに出現している可能性を同定したので、新規疾患概念として論文を取りまとめる予定。後者に関しても新規融合遺伝性を持つ可能性が示唆されるので、今後全RNAシーケンスを施行予定。

Causes of Carryover

次年度使用額が生じた理由は、培養細胞株実験に用いる試薬の加算がなかったことである。2020年度には培養関連の試薬とDNAシーケンス試薬、論文構成費用を主だった支出計画としている。

Research Products

• [Journal Article] A novel EWSR1-VGLL1 gene fusion in a soft tissue malignant myoepithelial tumor. (2020)
  • Author(s): Komatsu M, Kawamoto T, Kanzawa M, Kawakami Y, Hara H, Akisue T, Kuroda R, Nakamura H, Hokka D, Jimbo N, Itoh T, Hirose T.
  • Journal Title: Genes Chromosomes Cancer Volume: 59 Pages: 249,254
  • DOI: https://doi.org/10.1002/gcc.22823.
  • Peer Reviewed