2019 Fiscal Year Research-status Report
investigation of the new gene causing congenital anomalies of kidney and urinary tract
| Project/Area Number |
18K16700
|
|---|
| Research Institution | Saga University |
|---|
Principal Investigator |
大塚 泰史 佐賀大学, 医学部, 講師 (50448479)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | 先天性腎尿路異常 / Genotyping解析 / エクソーム解析 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
先天性腎尿路疾患（CAKUT;Congenital anomalies of kidney and urinary tract）において、約20の候補遺伝子が知られている。今回新規原因遺伝子検索を行うにあたり、CAKUTばかりでなく関連腎疾患を含めた128遺伝子（ACE、AGT、AGTR1、BMP4、DSTYK、CAKUT、EYA1、FRAS1、FREM1、GRIP1 、HNF1b、NOTCH2 、PAX2、REN、RET 、SALL1 、SIX1 、SIX2 、SIX5、SOX17、UPK3A、WNT4 、UMODなど）を解析し、異常がないと判断した２家系（合計８名）を対象とした。説明・同意を得て、対象全例のCAKUT検索を改めて実施した（血液検査、レントゲン検査、超音波検査）。そのうえで本研究に参加した。新規原因遺伝子を探索するため、Genotyping解析およびエクソーム解析を実施し、統計学的解析を行う計画とした。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
対象2家系、合計8名（成人4名、小児4名）の末梢血DNAを抽出し、エクソーム解析、Genotyping解析を現在行った。CAKUTを有する５名以外の３名はCAKUTがないことを確認している。
対象8名のエクソーム解析では、CAKUTや腎疾患を含めた128遺伝子以外の他遺伝子には、truncating mutationは認めず、基本synonymousであった。またGenotyping解析においても、欠失やLOHは存在したが、有意な遺伝子を含むものではなかった。
これらの情報をもとに、2家系で同一の常染色体優性遺伝と想定した場合の統計学的解析を行った。期待されるLOD scoreは0.6であり有意な結果ではなかった。以上から2家系が共通の優性遺伝子異常を含有していることは否定された。
|
| Strategy for Future Research Activity |
現在、2家系別々の優性遺伝子異常の可能性、または2家系別々の常染色体劣性遺伝子異常の可能性について、統計的解析を進めている。
元来CAKUTにおいて判明している遺伝子異常は10％程度であり、2家系で共通の新規原因遺伝子異常が検出できるとは想定していなかった。そのため家族の詳細なデータをもとに、それぞれの家系で優性遺伝、劣性遺伝の可能性を考え解析を進めている。
|
| Causes of Carryover |
統計学的遺伝解析が最も高価であることは、以前からわかっていたため、Genotyping解析とエクソーム解析を行うにあたり、できるだけ節約した。そのうえで繰越金を積み立て、3年目に統計学的遺伝解析へ踏み込むことができた。このように多額の統計学的遺伝解析を行うため、次年度使用額が生じた。
|
Research Products
(5 results)
-
-
[Journal Article] Clinical Features, Molecular Genetics, and Long-Term Outcome in Congenital Chloride Diarrhea: A Nationwide Study in Japan.2019
Author(s)
Konishi KI, Mizuochi T, Yanagi T, Watanabe Y, Ohkubo K, Ohga S, Maruyama H, Takeuchi I, Sekine Y, Masuda K, Kikuchi N, Yotsumoto Y, Ohtsuka Y, Tanaka H, Kudo T, Noguchi A, Fuwa K, Mushiake S, Ida S, Fujishiro J, Yamashita Y, Taguchi T, Yamamoto K.
-
Journal Title
J Pediatr.
Volume: 214
Pages: 151-157
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
