investigation of the new gene causing congenital anomalies of kidney and urinary tract

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18K16700
• Research Institution: Saga University
• Principal Investigator: 大塚 泰史 佐賀大学, 医学部, 講師 (50448479)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 先天性腎尿路異常 / CAKUT / パラメトリック連鎖解析 / エクソーム解析

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、本邦におけるCAKUT原因遺伝子の網羅的解析を行うことを目的とし、CAKUTが濃厚に発症した2家系について、エクソーム解析、ジェノタイピング解析を行い、新規遺伝子異常を探索するものである。
対象（表2）：家系1は、尿道狭窄、馬蹄腎、低形成腎による慢性腎不全の男児であり、父に尿道狭窄（内視尿道切開術）の既往がある。家系２は両側低形成腎、膀胱尿管逆流によるCKDの男児を有し、母、兄に片側の膀胱尿管逆流の手術歴がある。2家系に血族婚はない。①2家系の全員末梢血DNAを用いて、次世代シークエンサーによるエクソーム解析を行う。②2家系全員の末梢血DNAを用いてマイクロアレイによるジェノタイピングを行い、欠失や重複など構造異常を確認するとともに、ハプロタイプ情報を得る。SNPデータは、東芝社製ジャポニカアレイ（座位数　659709座位）で解析し、解析ソフトは、品質評はplink、家系矛盾　はPEDSTATS、連鎖解析はMERLINを用いた。解析はSNPデータの品質を評価した後、それらのデータをもとにパラメトリック連鎖解析を行った。パラメトリック連鎖解析は、3つの遺伝継承様式（優性モデル、相加モデル、劣性モデル）に基づく解析を行った。各解析の遺伝継承様式と浸透率は以下の通りとなった。疾患関連座位におけるマイナーアレル頻度は、0.0001に設定した。
結果①2家系8名のエクソーム解析では、SNV、InDelをすべて目視で確認したが、Pathogenic Variantは認めなかった。②ジェノタイピング解析をもとにパラメトリック連鎖解析を行った。3つの遺伝継承様式（優性モデル、相加モデル、劣性モデル）に基づく解析とした。結果、2家系ともに優性もでる、相加モデル、劣性モデルともに、LODスコアは0もしくは負の値であり、LOD score の有意水準(3.3 以上)を超える領域はなかった。Family2で一部みられた、LOD score が負の値である領域は、形質との関連性が低い領域と考えられた。