2020 Fiscal Year Research-status Report
胎児染色体数的異常に起因する不育症の関連遺伝子の解析とリスク評価の開発
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18K16807
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Research Institution | Nagoya City University |
Principal Investigator |
吉原 紘行 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 助教 (30812094)
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Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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Keywords | 不育症 / 胎児染色体異数性 / 遺伝子多型解析 / ゲノムワイド関連解析 |
Outline of Annual Research Achievements |
胎児染色体異数性の関連遺伝子を同定することにより、不育症のrisk alleleが見つかることが予測される。「流産しやすい体質」についての遺伝カウンセリングを提供することができる。これらのrisk alleleは、40歳代では40%が流産に罹患すると言われる中で、出産可能な女性を区別することが予測される。流産しやすい体質だと分かれば早めの出産を検討するなど、流産リスクを知ることにより、女性がライフプランを考えるためのbiomarkerとして貢献する波及効果が期待できる。 加齢により停止期が長いほど染色体数的異常が増加し、体細胞分裂では1%以下の染色体分配エラーが卵母細胞では10-30%起こる。その原因として、染色体接着を制御する減数分裂に関わるコヒーシンが加齢とともに減少することが分かってきた。 減数分裂コヒーシン蛋白を構成する遺伝子STAG3など減数分裂特異的遺伝子について遺伝子多型解析を行ったが、有意なSNPsを認めず網羅的な解析を行うことにした。 胎児染色体異数性不育症患者192人を対象として、東芝「ジャポニカアレイ」を用いて、日本人の特徴的な66万か所のSNPsのタイピングを行った。 国立国際医療研究センターゲノム医科学プロジェクトにおいて、SNP call rate>=95%, minor allele frequency>=5%, Hardy-Weinberg Equilibrium p>=0.001 などのクオリティコントロールを行う。通過したSNPsについて日本人1157人のリファレンスとχ二乗検定を行う。GWAS有意水準に到達するSNPsは認めなかった。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型コロナウイルス感染症拡大と緊急事態宣言などによって国立国際医療研究センターでのゲノムワイド関連解析ができない時期があり、解析が大幅に遅れた。そして、その結果もGWAS有意水準に到達するSNPsは認めないというものであった。リファレンスが男性を含めて1157人、女性392人と人数が少ないことが影響しているものと考えられた。そこで、さらにリファレンスの数を増やしてゲノムワイド関連解析を行うとともに、インピュテーション解析を行う必要が出てきた。
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Strategy for Future Research Activity |
東北メディカル・メガバンクの日本人2万人のリファレンスを用いてゲノムワイド関連解析を行う。また、東北メディカル・メガバンクのインピュテーションサービスを利用して、患者のタイピングデータについてもimputation解析を行いGWAS有意水準に到達するSNPsを見出す。また、ケース分類による解析についても行う。 有意水準に到達したSNPsについて、独立なサンプル群における再現性を確認する。マーカーSNPと連鎖不平衡にあるSNPの検討により、第一義的な疾患関連遺伝子を検討する。
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Causes of Carryover |
新型コロナウイルス感染症拡大によって国立国際医療研究センターでのゲノムワイド関連解析が大幅に遅れた。そして、その結果もGWAS有意水準に到達するSNPsは認めないというものであった。 さらにリファレンスの数を増やしてゲノムワイド関連解析を行うとともに、インピュテーション解析を行う必要が出てきた。東北メディカル・メガバンクの日本人2万人のリファレンスを用いてゲノムワイド関連解析を行う。また、東北メディカル・メガバンクのインピュテーションサービスを利用して、患者のタイピングデータについてもimputation解析を行う。 有意水準に到達したSNPsについて、独立なサンプル群における再現性を確認する。
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Research Products
(3 results)
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[Presentation] Impact of Polo-like kinase 4 and Stromal antigen 3 in women with recurrent pregnancy loss caused by embryonic aneuploidy2020
Author(s)
Hiroyuki Yoshihara, Mayumi Sugiura-Ogasawara, Fumiko Ozawa, Tamao Kitaori, Nobuhiro Suzumori, Takeshi Sato,Yasuhiko Ozaki, Koji Aoki, Yasuhiro Shibata, Shinya Ugawa, Takashi Nishiyama, Yosuke Omae, Katsushi Tokunaga
Organizer
日本人類遺伝学会 第65回大会
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