2019 Fiscal Year Research-status Report
Exploring the mechanisms of carcinogenesis through the aberrant alternative splicing in head and neck cancer
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18K16860
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
酒井 昭博 東海大学, 医学部, 准教授 (20384886)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 選択的スプライシング / CPSF1 / RNA-Seq |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年、遺伝子変異以外の発癌機構として遺伝子発現の下流である転写後調節レべルの選択的スプライシングによる発癌機構が明らかになってきており、このスプライシングによる発癌機構が頭頸部癌の発癌に重要な役割を果たしている可能性が十分ある。本研究の目的は頭頸部癌における選択的スプライシングを介した発癌機構を次世代シーケンサー解析を用いて解明し、新しい治療標的となりうるかどうか検討することである。昨年度はスプライシング関連遺伝子のうち、頭頸部癌の発癌に強く関連している可能性がある13遺伝子をTCGAデーターから抽出し、細胞株に対してノックダウンの実験を行った。その結果、CPSF1、YTHDC1、CPSF7の3つの遺伝子が、頭頸部癌に強く関わっていることが示唆された。その中でもCPSF1、YTHDC1が強い phenotypeを示していたため、その2つの遺伝子を細胞株に導入して、表現系を検討した。その結果、CPSF1が頭頚部癌に対して発癌に関与していることが示唆された。
今年度はCPSF1遺伝子強制発現・誘導ノックダウン安定細胞株の作成しそれぞれのphenotypeを細胞増殖試験、細胞浸潤試験、コロニー形成試験、アポトーシス試験を用いて検討した。その結果、誘導ノックダウン安定細胞株ではDOX刺激により、細胞増殖が抑制された。また細胞浸潤試験、コロニー形成試験では浸潤、コロニー形成が抑制され、アポトーシス試験ではアポトーシスが更新するという結果であった。遺伝子強制発現株では細胞増殖が更新するという結果であった。
以上よりCPSF1が発癌を促進する結果が得られたため、それぞれの細胞株よりRNAを抽出し、RNAシーケンス解析を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
所属施設内の人員の移動に伴い、臨床業務が増加してしまったため、実験に費やすことのできる時間が減少した。そのため予定よりやや実験が遅れてしまう結果となった。しかし、結果は順当であり大幅な遅れは生じてはいない。
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| Strategy for Future Research Activity |
研究計画に沿って、今後はRNAシーケンスデーターを解析し、変動スプライシング変異の検出を行う。またそれをTCGAデータ、細胞株を用いてvalidationを行い妥当性の検証を行う。
またどのような系統のスプライシングが変動したのか、Single sample Gene Set Enrichment Analysisを行いパスウエイの検討も行う予定である。
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| Causes of Carryover |
試薬や物品に関してはセンターでの備品を流用でき、コストが削減できた。また旅費なども発生せず今年度使用額が減少につながった。繰越分については追加のRNAシーケンス解析や試薬備品購入に当てる計画である。
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