2019 Fiscal Year Research-status Report
頭頸部癌における循環腫瘍DNAを用いたPrecision Medicineの確立
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18K16894
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
古後 龍之介 九州大学, 医学研究院, 共同研究員 (90529885)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | ctDNA / liquid biopsy / 頭頸部癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
初年度の18症例から追加してさらに12症例（合計30症例）の頭頸部扁平上癌の腫瘍DNA、PBMC（末梢血単核球：正常細胞）DNAの抽出を行った。初年度はこのうち3症例の腫瘍DNA、PBMC DNAを用いて、既存のIon Ampliseq Cancer Hotspot Panel ver.2で変異解析を行い、症例特異的な変異遺伝子を同定した。この変異遺伝子をctDNA（腫瘍循環DNA）候補遺伝子として、変異特異的なprimer-probeを作成し、血漿中のctDNAをdigital PCRで検出した。しかしながら、本Panelでは腫瘍特異的な変異遺伝子の検出率が1-2個と低く、昨年よりSCCに特異的な変異を同定できるcustm SCC Panelに変更した。この3症例とさらに15症例（合計18症例）に対して、custom SCC Panelによる変異解析を施行し、検出可能な変異個数は1-8個と大きく増加した。現在、追加の12症例についてもSCC panelによる変異解析を依頼中であり、得られたデータからctDNA候補遺伝子を同定する予定である。
また、各症例のctDNA候補遺伝子に対するdigital PCR用のprimer-probeも複数設計、作成した。各症例のctDNA検出のためにdigital PCRも並行して行った。症例の臨床情報の収集も合わせて行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
組織、PBMC、血漿の採取は計30症例と目的症例数終了している。組織、PBMCは全症例でDNA抽出終了しているが、cfDNAの抽出はすべて終了していない。変異解析に用いるPanelをIno Amplise Cancer Hotspot Panel ver.2からcustom SCC Panelに変更したこと、また、2019年9月より実験補助員の離職があったこと、2020年はCOVID-19蔓延があったことに伴い研究の進捗がやや遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
症例の臨床データやサンプル収集はすでに終了しており、custom SCC panelで得られたデータから、ctDNA候補遺伝子の血漿中での検出をdigital PCRを用いてすすめる。夏頃までに実験を終了し、ctDNAのモニタリングが頭頸部扁平上皮癌の治療効果の評価や再発の早期診断など、真に臨床で有用なバイオマーカーとなりえるかどうかを確認し、論文化する。
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| Causes of Carryover |
3症例について使用したIon Ampliseq Cancer Hotspot Panel ver.2からcustom SCC Panelに切り替えたことで予定されていた予算より安価となった。症例数を増やすことが可能になった。このため、次年度に繰越し、より多くの症例のPanel検査を施行することとなったため。
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