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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Detection and control of functional vibrations of biomolecular machines by resonance phenomena

Research Project

Project/Area Number 18K18731
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

今清水 正彦  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (90465930)

Project Period (FY) 2018-06-29 – 2021-03-31
Keywordsテラヘルツ波 / 酵素反応正確性 / RNAポリメラーゼ / 熱ゆらぎ / 水和 / 誘電緩和
Outline of Annual Research Achievements

酵素反応が熱揺らぎと同程度の低いエネルギーで極めて正確に行われる原理は、明らかにされていない。本研究では、室温の熱エネルギー以下のエネルギーを持つテラヘルツ(THz)光を、酵素反応への摂動として利用した新手法を開発した。具体的には、RNAポリメラーゼによるDNA転写反応をモデルとし、この反応に与えるTHz光照射効果(及びコントロールとして熱伝導による温度上昇効果)をハイスループットDNAシーケンシング法で検出、統計的に解析する新しい方法を開発した(THz-pump-seq法)。そして、特定波長のTHz光照射が温度上昇とは質的に反対の作用をポリメラーゼ反応に及ぼし、その反応を正確にするという新しい現象を見出した。THz光は、THz領域に存在する水素結合ネットワークの分子間振動を励起する。このため、本研究で見出した波長依存性のある生命現象は、生体高分子・水和水の水素結合ネットワークにおける振動の自由度が、THz光によって励起され、高正確な酵素反応に繋がり得ることを示唆する初めての成果と言える。しかし、機構の中身はブラックボックスであった。そこで、水溶液中のタンパク質へのTHz光照射作用を溶液NMR法により原子レベルで観測する方法を開発し、直接的な観測を行った。そして、表面疏水基や親水基の違いを反映した、熱とは質的に異なるプロトン交換へのTHz励起作用が明らかとなった。さらに、誘電緩和から線虫の発生まで、様々なインデックスとレベルで生体試料におけるTHz光照射応答を測定する新手法を開発した。

THz照射実験において、田中真人氏(産総研)、保科宏道氏(理研)、山口裕資氏(福井大)の協力を得た。NMR測定・解析において、徳永裕二氏、竹内恒氏(ともに産総研)の協力を得た。誘電緩和測定・解析において杉山順一氏(産総研)の協力を得た。線虫実験において、倉持昌弘氏(茨城大)の協力を得た。

  • Research Products

    (7 results)

All 2021 2020

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Nonthermal excitation effects mediated by subterahertz radiation on hydrogen exchange in ubiquitin2021

    • Author(s)
      Tokunaga Yuji、Tanaka Masahito、Iida Hitoshi、Kinoshita Moto、Tojima Yuya、Takeuchi Koh、Imashimizu Masahiko
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 120 Pages: 1~8

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.04.013

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Gre factors prevent thermal and mechanical stresses induced by terahertz irradiation during transcription2020

    • Author(s)
      Imashimizu Masahiko、Tanaka Masahito、Hoshina Hiromichi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 26 Pages: 56~64

    • DOI

      10.1111/gtc.12822

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Control of Transcription Initiation by Biased Thermal Fluctuations on Repetitive Genomic Sequences2020

    • Author(s)
      Imashimizu Masahiko、Tokunaga Yuji、Afek Ariel、Takahashi Hiroki、Shimamoto Nobuo、Lukatsky David B.
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 10 Pages: 1299~1299

    • DOI

      10.3390/biom10091299

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] テラバイオロジーとテラバイオテクノロジーの創出2020

    • Author(s)
      今清水 正彦、田中 真人、杉山 順一、保科宏道、竹内 恒
    • Organizer
      超異分野学会 関西フォーラム 2020
  • [Presentation] 遺伝情報とDNAの物性をつなげる:DNAと水の水素結合ダイナミクスから見た転写調節機能2020

    • Author(s)
      今清水 正彦、徳永 裕二 、田中 真人、 高橋弘喜
    • Organizer
      第92回日本遺伝学会(現地開催中止)
  • [Presentation] Efects of Nonthermal Excitation Mediated by Terahertz Radiation on Biomolecular Dynamics and Reactions2020

    • Author(s)
      今清水 正彦、徳永 裕二、竹内 恒、田中 真人、保科宏道、山口裕資
    • Organizer
      The 8th International Workshop on Far-Infrared Technologies (IW-FIRT2021)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] テラバイオロジー:テラヘルツ領域の分子運動から生物機能を理解する2020

    • Author(s)
      今清水 正彦、徳永 裕二、田中 真人、竹内 恒、保科宏道
    • Organizer
      第10回 超異分野 学会 本大会

URL: 

Published: 2021-12-27  

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