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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Construction of Artificial Phycobilisome assisted by DNA scaffold

Research Project

Project/Area Number 18K19145
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

中田 栄司  京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (70467827)

Project Period (FY) 2018-06-29 – 2020-03-31
Keywordsヘテロ多量体 / DNAナノ構造体 / DNA結合タンパク質 / 平衡制御
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、光捕集アンテナタンパク質複合体(フィコビリソーム)の構成要素の一つでホモ三量体を構築することが知られているアロフィコシアニン(APC)を利用して、合目的にヘテロ三量体をつくりわけて、新規な光機能をもったAPCヘテロ三量体を構築することである。そのための基本戦略としては、「異なる各単量体をナノ構造体の足場に配置してヘテロ三量体を形成させる。」と「ナノ構造体の設計によって様々なヘテロ三量体をつくりわける」ことが挙げられる。
昨年度は、前半の目的達成のために、ナノ構造体上に異なる種類のタンパク質を配置するためのモジュール型アダプター戦略を拡張し、ヘテロ量体を構築することができるような展開をおこない、当該年度内にこのモジュール型アダプター戦略の拡張に関する成果が論文として掲載された。これは、モジュール型アダプターを構成する「DNA結合性モジュール」と「共有結合形成モジュール」のうち、「共有結合形成モジュール」を同一にした合理的設計法に基づく成果であったが、当該年度にはこれをさらに拡張した戦略についても挑戦し、成果を得た。これについては、今後論文投稿をおこなっていく予定である。また当該年度は、当初の計画通り、アダプター融合APCの設計調整をおこない、APCの機能を保持した状態で獲得することを目指したが、この点については良好な結果を得るには至っていない。発現宿主を検討することなどを視野に入れて引き続きの検討が必要である。

  • Research Products

    (13 results)

All 2020 2019

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Rational design of a DNA sequence specific modular protein tag by tuning the alkylation kinetics2019

    • Author(s)
      T.M. Nguyen, E. Nakata, Z. Zhang, M. Saimura, H. Dinh, T. Morii
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 10 Pages: 9315-9325

    • DOI

      DOI: 10.1039/c9sc02990g

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reaction of ribulose biphosphate carboxylase/oxygenase assembled on a DNA scaffold2019

    • Author(s)
      H. Dinh, E. Nakata, P. Lin, M. Saimura, H. Ashida, T. Morii
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      Volume: 27 Pages: 115120

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.bmc.2019.115120

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein adaptors assemble functional proteins on DNA scaffolds2019

    • Author(s)
      T. A. Ngo, H. Dinh, T.M. Nguyen, F.F. Liew, E. Nakata, T. Morii
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 27 Pages: 12428-12446

    • DOI

      DOI: 10.1039/c9cc04661e

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Tuning the reactivity of crosslink formation for sequence-selective DNA-protein conjugation2020

    • Author(s)
      Z. ZHANG, E. NAKATA, N. THANG, M. SAIMURA, K. MATSUDA, T. MORII
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] Enhanced enzymatic activity with a packed assembly on DNA scaffold2020

    • Author(s)
      H. DINH, E. NAKATA, K. MUTSUDAZAPATER, M. SAIMURA, M. KINOSHITA, T. MORII
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] A dynamic DNA scaffold for enzyme cascade reaction2020

    • Author(s)
      P. LIN, H. DINH, Y. MORITA, E. NAKATA, T. MORII
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会 (2020)
  • [Presentation] 酵素間距離を制御する分子コンビナートを用いた非天然化合物合成システムの創製2019

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      新学術領域「生合成リデザイン」公開シンポジウム
  • [Presentation] 反応速度論に基づいたDNA配列選択的なモジュール型アダプターの設計2019

    • Author(s)
      中田栄司,張正宵,Nguyen Minh Thang,才村正幸,松田一成,森井孝
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム2019
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2019

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      第10回日英シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Design of sequence specific modular adaptors by tuning the reactivity of protein-tag substrate2019

    • Author(s)
      Zhengxiao Zhang, Eiji Nakata, Thang Minh Nguyen, Takashi Morii
    • Organizer
      ISNAC2019
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on a DNA scaffold2019

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      The 2nd International Symposium of Biofunctional Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on a DNA scaffold2019

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      曁南大学 講義
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on a DNA scaffold2019

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      武漢大学 講義
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2021-12-27  

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