2019 Fiscal Year Research-status Report
Development of simultaneous analysis method of whole community structure from bacteria to whale
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18K19223
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan University |
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Principal Investigator |
伊知地 稔 首都大学東京, 理学研究科, 客員研究員 (10633894)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2021-03-31
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| Keywords | 環境RNA / 全生物群集構造同時解析 / ロングリードシーケンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度目は、全生物群集構造同時解析のためのリファレンスデータの整備と、昨年度から引き続きrRNAを対象としたデータ取得を行なった。rRNAを対象とした要素技術において、逆転写はオリゴdTプライマーを用いる方法（原核生物はポリA付加後）を採用した。初年度は、この方法で問題なく実験が実施できていた。しかし、今年度は実験が上手くいかなくなった。トラブルシューティングしても、前年度に実験が実施できた試料ですら、実験が上手くいかなかった。しょうがなく、実験が実施できる試料を選抜して実験したが、研究遂行に想定以上に時間を要してしまった。
全ての遺伝子（転写産物）を対象にした要素技術の開発は断念した。これは、プローブの合成依頼を予定していた会社がヒトを始めとした医学系の受注のみにサービスを縮小した為に、その合成依頼が不可能になったからである。他社にも見積もり依頼をしたが、少なくとも当初予定価格の10倍（1,000万円）以上とのことであった。代わりに、ショートリードシーケンサーの1フローセルで1サンプルをシーケンシングする試みを行った。
水試料から高品質なRNAの取得を可能にする、携帯型ろ過装置の開発を行った。これは、昨年度に開発した自動採水ろ過装置の機能のうち、携帯性とろ過のみに絞った装置である。複数の研究者と、国や民間の調査員に使用してもらい、仕様の更新も行った。
新たな試料採取法としてフィルター捕集タイプと液体捕集タイプ、2つの自動大気ろ過装置の試作を行い、試料採取が可能であるのを確認した。大気は土や水よりも生物密度が薄く、より大きな体積から試料を濃縮する必要がある。また、大気環境核酸の一部は皮脂に包まれた剥き出しの核酸である可能性を示唆する研究結果もある。それらは、一般的なフィルターによる捕集は困難なので、液体による捕集が有効であると考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
rRNAを対象とした要素技術において、逆転写はオリゴdTプライマーを用いる方法（原核生物はポリA付加後）を採用した。初年度は、この方法で問題なく実験が実施できていた。しかし、今年度は実験が上手くいかなくなった。トラブルシューティングしても、前年度に実験が実施できた試料ですら、実験が上手くいかなかった。しょうがなく、実験が実施できる試料を選抜して実験したが、研究遂行に想定以上に時間を要してしまった。
全ての遺伝子（転写産物）を対象にした要素技術の開発は断念した。これは、プローブの合成依頼を予定していた会社がヒトを始めとした医学系の受注のみにサービスを縮小した為に、その合成依頼が不可能になったからである。他社にも見積もり依頼をしたが、少なくとも当初予定価格の10倍（1,000万円）以上とのことであった。
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| Strategy for Future Research Activity |
来年度目は、今年度に得られた全生物群集構造同時解析とショートリードシーケンサーの1フローセルで1サンプルをシーケンシングしたデータの解析を進める。全生物群集構造同時解析のためにはリファレンスデータの整備が必要であり、ここは継続してデータ取得を行う。
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| Causes of Carryover |
rRNAを対象とした要素技術において、逆転写はオリゴdTプライマーを用いる方法（原核生物はポリA付加後）を採用した。初年度は、この方法で問題なく実験が実施できていた。しかし、今年度は実験が上手くいかなくなった。トラブルシューティングしても、前年度に実験が実施できた試料ですら、実験が上手くいかなかった。しょうがなく、実験が実施できる試料を選抜して実験したが、研究遂行に想定以上に時間を要してしまった。
次年度は、当該助成金で必要な残りのシーケンシングとデータ解析、成果発表を行う。
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