2020 Fiscal Year Research-status Report
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18K19225
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
菊池 潔 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (20292790)
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Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2023-03-31
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Keywords | 早熟 / 初回成熟 |
Outline of Annual Research Achievements |
水産分野では近年、ゲノム情報を利用した育種プロジェクトが活発化してきたが、多くの養殖魚は初回成熟までの期間が長く、これが育種プロジェクトの律速段階となっている。ところが、初回成熟を早める技術は多くの種で未だ確立されておらず、その種内および種間変異を規定する遺伝メカニズムもほとんど不明である。そこで本研究では、魚類の初回成熟機構の遺伝基盤を明らかにすることを目的とする。
具体的には、連携研究者の所属する東京海洋大学で継代維持されている「通常系(大泉系)ニジマス」、および、これより1年早く初回成熟を迎える「早熟系ニジマス」を用いて、早熟性に関連する遺伝子を探索する。一昨年度はGRAS-Di法を用いて、早熟系統および大泉系統の多型情報を取得した。昨年度は、この情報を解析して各系統の遺伝的特徴を明らかにし、さらに、系統間で遺伝的分化の大きいゲノム領域を解析して、早熟性に関与している可能性があるゲノム領域(3番染色体と20番染色体)を特定した。今年度は、早熟系統と通常系統を交配して得られた系統間交雑家系を用いて量的遺伝子座解析を行い、早熟性に関わるゲノム領域を特定し、これと、昨年までに得られた結果を比較することで、「信頼性の高い早熟性関連ゲノム領域」をあぶり出す予定であった。ところが、新型コロナウイルス感染症対策のため、解析家系を飼育している施設(東京海洋大学大泉ステーション)への立ち入りが困難となり、サンプリングを行うことができなかった。そのため、研究期間を1年間延長することにした。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
新型コロナウイルス感染症対策のため、解析系統を飼育している施設(東京海洋大学大泉ステーション)への立ち入りが困難となったため。
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Strategy for Future Research Activity |
今年度は、新型コロナ感染症対策が原因で遂行できなかったサンプリングを行い、昨年度遂行予定であった解析を行う。また、これまでの結果から、GRAS-Diを用いたSNP情報をもとに両系統間で遺伝的分化が進んだ領域を絞り込むことができていたが、SNP数が少なく解像度が低いという問題があった。そこで今年度は、上記サンプリングで同時に得る親世代のゲノムを材料とし、pool-seq法を用いた全ゲノム配列データ取得を行う。これにより超高密度SNP情報を取得し、早熟系誕生の課程で強い選択圧を受けた領域について、より詳細に解析する。以上、今年度取得予定の解析結果と、これまでの結果(3番染色体と20番染色体上に候補領域がある)を併せることで、早熟性の遺伝基盤を明らかとする。
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Causes of Carryover |
新型コロナウイルス感染症対策のため、解析系統を飼育している施設への立ち入りが、困難となったため(原則禁止)、サンプリングを行うことができなかった。そのため、研究期間を1年間延長することにした。
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