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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Hacking the sexual program of green algae by functional polyamides

Research Project

Project/Area Number 18K19337
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

西村 芳樹  京都大学, 理学研究科, 助教 (70444099)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉山 弘  京都大学, 理学研究科, 教授 (50183843)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2021-03-31
Keywords機能性ポリアミド
Outline of Annual Research Achievements

機能性ポリアミドは狙った特定塩基配列に直接結合する人工化学物質である。その標的配列は任意にデザインでき、目的遺伝子の発現抑制や、さらには蛍光物質や遺伝子発現活性化因子との複合体を合成することで、特定配列の可視化や目的遺伝子の過剰発現にも応用できる。この技術はこれまで再生医療やガン治療など主に医療分野で応用されてきたが、本研究ではこれを基礎科学の分野、具体的には単細胞生物における生殖プログラムのハッキングへの応用に挑みた。
単細胞緑藻クラミドモナスは雌雄(mating type plus/minus)の性をもつ。クラミドモナスでは雌雄の配偶子が融合して接合子を形成するとともに数百の遺伝子群が活性化され、それらが胞子形成、細胞核融合、葉緑体母性遺伝、ミトコンドリア父性遺伝、鞭毛の縮退、細胞壁合成など多岐にわたるイベントを整然と進行させる。これまでに接合子特異的遺伝子群に共有されるcis-element (Zygote response factor: ZYRE)がみえてきたが、生殖プログラムの全体構造やそこにおけるZYREの実際の役割は謎のままである。そこでZYRE特異的な機能性ポリアミドをデザインし、接合子形成前後の様々な段階で一過的に投与して、その効果について表現型観察およびRNAseq解析をおこなうことで、生殖プログラムの制御においてZYREが果たす役割、生殖プログラム全体構造の解明をめざした。研究遂行の上で大きな障壁となったのは、細胞透過性の問題であった。通常のポリアミドは全くクラミドモナスの接合子を透過せず、mCherryを付加し、さらにアルギニンを付加することでようやく部分的に細胞内に浸透することが確認された。現在RNAseqの結果について精査し、論文投稿の準備中である。

  • Research Products

    (19 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 8 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] The pentatricopeptide repeat protein PGR3 is required for the translation of petL and ndhG by binding their 5'UTRs.2021

    • Author(s)
      Higashi, H., Kato, Y., Fujita, T., Iwasaki, S., Nakamura, M., Nishimura, Y., Takenaka, M., Shikanai, T.
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] マイクロ流体デバイスが捉えた葉緑体核様体分裂の瞬間2021

    • Author(s)
      上村嘉誉, 西村芳樹
    • Journal Title

      Plant Morphology

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 色素体核様体の構造と分裂機構2021

    • Author(s)
      西村芳樹, 田草川真理
    • Journal Title

      BSJ review

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] HBD1 protein with a tandem repeat of two HMG box domains is a DNA clip to organize chloroplast nucleoids in Chlamydomonas reinhardtii.2021

    • Author(s)
      Takusagawa, M., Kobayashi, Y., Fukao, Y., Hidaka, K., Endo, M., Sugiyama, H., Hamaji, T., Kato, Y., Miyakawa, I., Misumi, O., Shikanai, T., Nishimura, Y.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Three genomes in the algal genus Volvox reveal the fate of a haploid sex-determining region after a transition to homothallism2021

    • Author(s)
      Yamamoto, K., Hamaji, T., Kawai-Toyooka, H., Matsuzaki, R., Takahashi, F., Nishimura, Y., Kawachi, M., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Umen, J.G., Toyoda, A., Nozaki, H.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Step-wise elimination of alpha-mitochondrial nucleoids and mitochondrial structure as a basis for the strict uniparental inheritance in Cryptococcus neoformans2020

    • Author(s)
      Nishimura Yoshiki, Shikanai Toshiharu, Kawamoto Susumu, Toh-e Akio
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1038/s41598-020-59277-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dynamic Motion of Chloroplast Nucleoids Captured by the Microfluidic System2020

    • Author(s)
      Kamimura Yoshitaka, Kobayashi Yusuke, Nishimura Yoshiki
    • Journal Title

      CYTOLOGIA

      Volume: 85 Pages: 177-178

    • DOI

      10.1508/cytologia.85.177

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Holliday Junction Resolvase MOC1 Maintains Plastid and Mitochondrial Genome Integrity in Algae and Bryophytes2020

    • Author(s)
      Kobayashi Yusuke, Odahara Masaki, Sekine Yasuhiko, Hamaji Takashi, Fujiwara Sumire, Nishimura Yoshiki, Miyagishima Shin-ya
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 184 Pages: 1870-1883

    • DOI

      10.1104/pp.20.00763

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A non-photosynthetic green alga illuminates the reductive evolution of plastid electron transport systems2020

    • Author(s)
      Kayama Motoki, Chen Jun-Feng, Nakada Takashi, Nishimura Yoshiki, Shikanai Toshiharu, Azuma Tomonori, Miyashita Hideaki, Takaichi Shinichi, Kashiyama Yuichiro, Kamikawa Ryoma
    • Journal Title

      BMC Biology

      Volume: 18 Pages: 1譛?15譌・

    • DOI

      10.1186/s12915-020-00853-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 葉緑体核様体のダイナミクスを司るもの2020

    • Author(s)
      西村芳樹
    • Organizer
      シンポジウム「葉緑体学事始 ~植物研究が開拓する「細胞とオルガネラの間」の新境地をめざして~」日本植物学会第84回大会
    • Invited
  • [Presentation] マイクロ流体デバイスで捉えた葉緑体核様体のダイナミズム2020

    • Author(s)
      西村芳樹
    • Organizer
      シンポジウム「異分野融合が推進するイメージング研究」 日本植物学会第84回大会
    • Invited
  • [Presentation] 核様体の膜アンカーは葉緑体分化時の核様体の分散に必要である2020

    • Author(s)
      藤井祥,鹿内利治,西村芳樹
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Presentation] 葉緑体核様体分裂のダイナミズムを捉える2020

    • Author(s)
      西村芳樹
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 葉緑体がもつ「染色体」のダイナミズム2020

    • Author(s)
      西村芳樹
    • Organizer
      名古屋大学 GTRオンライン植物科学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] 葉緑体核様体にみられる光応答反応 ~光分散・暗集合反応~2020

    • Author(s)
      石原静圭、坂下幸汰、石田悠介、木森義隆、西村芳樹、小林優介、西村いくこ、岩渕功誠
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Anchoring of nucleoids to the thylakoid membrane is essential for distribution of plastid DNA during chloroplast development.2020

    • Author(s)
      Sho Fujii, Toshiharu Shikanai, Yoshiki Nishimura.
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Chloroplast DNA ligase controls the shape of chloroplast nucleoids through the modulation fo DNA supercoils.2020

    • Author(s)
      Nishimura, Y., Hamaji, T., Kobayashi, Y., Takusagawa, M., Shikanai, T.
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 葉緑体核様体の伝達戦略2020

    • Author(s)
      西村芳樹
    • Organizer
      第14回クラミドモナス研究会
    • Invited
  • [Remarks] 京都大学植物分子遺伝学研究室

    • URL

      https://sites.google.com/view/shikanailab/research/nishimura-group

URL: 

Published: 2021-12-27  

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