2019 Fiscal Year Annual Research Report
Capture of three-dimensional structure by ultra-high resolution on single cell
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18K19432
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
原田 哲仁 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (60596823)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2020-03-31
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| Keywords | ゲノム生物 / エピゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
我々は、骨格筋分化における遺伝子の空間的配置は「増殖段階における遺伝子発現抑制」と「分化過程における転写誘導」の2役を担う遺伝子発現制御機構として必須であることを報告している（Harada et al, NAR, 2015）。また、近年、癌形成過程で遺伝子の空間配置が変化することが明らかとなり、組織レベルでの一細胞内遺伝子空間配置情報の解明が喫緊の課題となっているが、heterogeneityを持つ細胞群では1細胞ごとのデータを取得し解析する技術が実用レベルでは存在していない。本研究では、精度の高い空間配置情報を安定的に得るために、ハイスループットな1細胞空間配置解析手法である3D-ChILの開発を行っている。昨年度の本研究の3D-ChILTの開発において根幹となるゲノムDNAへのTn5トランスポゼースを用いた標識法について論文化(Harada et al, NCB, 2019)を行った。昨年度に引き続きcombinatorial indexing法を用いた3D-ChILT法の確立のために、原型となるChIL法のハイスループット化を進めた。現在96indexを用いたChIL法が可能となっており、本手法を取り入れることで3D-ChILT法のパイロット版が準備できると期待される。
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[Journal Article] Sustained expression of HeyL is critical for the proliferation of muscle stem cells in overloaded muscle.2019
Author(s)
Fukuda S, Kaneshige A, Kaji T, Noguchi YT, Takemoto Y, Zhang L, Tsujikawa K, Kokubo H, Uezumi A, Maehara K, Harada A, Ohkawa Y, Fukada SI.
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Journal Title
Elife
Volume: ８
Pages: pii: e48284
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Presentation] ヒストンH3バリアントの選択的取り込みによる組織特異的な遺伝子発現制御2019
Author(s)
原田 哲仁, 小松 哲郎, 前原 一満, 近藤 友佳理, 田中 かおり, 桑門 温子, 佐藤 優子, 木村 宏, 林 克彦, 小野 悠介, 竹本 龍也, 胡桃坂 仁志, 大川 恭行
Organizer
第47回日本分子生物学会年会
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