乳癌細胞を用いたバイオアッセイによるDNA相同組み換え能と遺伝子変異のカタログ化

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K19585
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: 光武 範吏 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (50404215)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中沢 由華 名古屋大学, 環境医学研究所, 助教 (00533902)
• Project Period (FY): 2018-06-29 – 2021-03-31
• Keywords: 乳癌 / 相同組換え修復

Outline of Annual Research Achievements

昨年度より、引き続き若年者・遺伝性乳がんが疑われる症例に対し、インフォームドコンセントの元に手術時に乳癌組織、正常皮膚組織を採取し、昨年度に確立した培養手法（Miltenyi Biotech社のgentleMACS DissociatorとTumor Dissociation Kitを用いて癌組織を処理し、ES/iPS細胞用培地・ヒト間葉系幹細胞用培地を混合した培地に、ROCK阻害剤（Y27632）、TGF-beta阻害剤（SB431542）を組み合わせ、さらに放射線照射マウス線維芽細胞をフィーダーとして用いた方法で一定期間培養し、そのまま同様の培地で培養を続けるものと、乳腺上皮細胞用培地にY27632、SB431542とフィーダーを用いるものとに分割する方法）を用い、初代培養を行った。引き続き、これまでに収集した利用可能なすべての初代培養細胞に対して、相同組換え修復能アッセイを施行した。具体的には、オラパリブ処理・非処理後にEdU、CENPF染色、53BP1染色を用い、G2期における二重鎖切断発生の定常状態、一定時間経過後の残存二重鎖切断等のキネティクスを解析する方法を用いた。相同組換え修復能が欠損している場合、定常状態においても二重鎖切断の発生頻度が高く、更にオラパリブ処理後、24時間後でも多くの切断点が残存する傾向であった。その結果、相同組換え修復能の低下が疑われる5例について、正常部・癌部のペア、合計10サンプルについてwhole genome sequencingを行った。シークエンスデータの解析について、alignment、single nucleotide variantのコールまでは終了した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究協力者の産休のため

Strategy for Future Research Activity

Whole genome sequencingデータの解析を進め、相同組換え修復能低下の責任遺伝子を同定する

Causes of Carryover

研究協力者の産休のため。
Whole genome sequencingデータの解析を進め、相同組換え修復能低下の責任遺伝子を同定する。得られた候補遺伝子変異に関しては、多数の検体を用いた検証作業を行う。

Research Products

• [Journal Article] Ubiquitination of DNA Damage-Stalled RNAPII Promotes Transcription-Coupled Repair (2020)
  • Author(s): Nakazawa Y、Hara Y、Oka Y、Komine O、van den Heuvel D、Guo C、Daigaku Y、Isono M、He Y、Shimada M、Kato K、Jia N、Hashimoto S、Kotani Y、Miyoshi Y、Tanaka M、Sobue A、Mitsutake N、Suganami T、Masuda A、Ohno K、Nakada S、Mashimo T、Yamanaka K、Luijsterburg MS、Ogi T
  • Journal Title: Cell Volume: 180 Pages: 1228～1244.e24
  • DOI: 10.1016/j.cell.2020.02.010
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] TERT mRNA Expression as a Novel Prognostic Marker in Papillary Thyroid Carcinomas (2019)
  • Author(s): Tanaka Aya、Matsuse Michiko、Saenko Vladimir、Nakao Tomoe、Yamanouchi Kosho、Sakimura Chika、Yano Hiroshi、Nishihara Eijun、Hirokawa Mitsuyoshi、Suzuki Keiji、Miyauchi Akira、Eguchi Susumu、Yoshiura Ko-ichiro、Yamashita Shunichi、Nagayasu Takeshi、Mitsutake Norisato
  • Journal Title: Thyroid Volume: 29 Pages: 1105～1114
  • DOI: 10.1089/thy.2018.0695
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] JAK/STAT3 and NF-κB Signaling Pathways Regulate Cancer Stem-Cell Properties in Anaplastic Thyroid Cancer Cells (2019)
  • Author(s): Shiraiwa Ken、Matsuse Michiko、Nakazawa Yuka、Ogi Tomoo、Suzuki Keiji、Saenko Vladimir、Xu Shuhang、Umezawa Kazuo、Yamashita Shunichi、Tsukamoto Kazuhiro、Mitsutake Norisato
  • Journal Title: Thyroid Volume: 29 Pages: 674～682
  • DOI: 10.1089/thy.2018.0212
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 転写共役ヌクレオチド除去修復機構に重要なRNAポリメラーゼユビキチン化部位の同定 (2019)
  • Author(s): 中沢由華, 原雄一郎, 岡泰由, 小峯起, Diana, van, den, Heuvel, 郭朝万, 大学保一, 磯野真由, 何予希, 嶋田繭子, 加藤香奈, 賈楠, 橋下悟, 小谷祐子, 三好由夏, 田中都, 祖父江顕, 光武範吏, 菅波孝祥, 増田章男, 大野欽司, 中田慎一郎, 真下知士, 山中宏二, Martijn, S., Luijsterburg, 荻朋男
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ChIP-seqを利用したDNA損傷およびヌクレオチド除去修復のモニタリング (2019)
  • Author(s): 原雄一郎, 中沢由華, 岡泰由, 小峯起, Diana, van, den, Heuvel, 郭朝万, 大学保一, 磯野真由, 何予希, 嶋田繭子, 加藤香奈, 賈楠, 橋下悟, 小谷祐子, 三好由夏, 田中都, 祖父江顕, 光武範吏, 菅波孝祥, 増田章男, 大野欽司, 中田慎一郎, 真下知士, 山中宏二, Martijn, S., Luijsterburg, 荻朋男
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会