2020 Fiscal Year Annual Research Report
Establishment of a bio-assay for DNA homologous recombination ability using breast cancer cells to catalog responsible genetic alterations
| Project/Area Number |
18K19585
|
|---|
| Research Institution | Nagasaki University |
|---|
Principal Investigator |
光武 範吏 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (50404215)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中沢 由華 名古屋大学, 環境医学研究所, 助教 (00533902)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2021-03-31
|
| Keywords | 乳癌 / 相同組み換え修復 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、若年者・遺伝性乳がんが疑われる症例に対し、インフォームドコンセントの元に手術時に乳癌組織、正常皮膚組織を採取し、初代培養した細胞に対してオラパリブ処理前後のG2期におけるDNA二重鎖切断の状態を指標とした相同組換え修復能アッセイを確立することである。これまでに確立した手法で相同組換え修復能の低下が疑われる細胞より抽出したDNAを用い、whole genome sequencingのデータ解析を行った。解析ツールのゴールドスタンダードであるBWA-GATKによる解析後に、HaplotypeCallerによるsingle nucleotide variant (SNV)を中心としたバリアントコール、strelka/manta等を用いた正常部・腫瘍部ペアでstructural variant (SV)を中心としたバリアントコールを行い、腫瘍組織でのがん細胞の純度まで考慮し、遺伝性相同組換え修復低下、トリプルネガティブがんに見られるde novoでの相同組換え修復低下の両方の遺伝モデルで原因遺伝子の探索を行った。これまでに遺伝性乳がんとの関連が確定・示唆されている候補遺伝子における変異を確認したが、再検証に耐えた変異は同定できなかった。次に、全遺伝子に解析対象を広げ、上記モデルに合致する変異を抽出した。すでに登録されている遺伝子の機能からは、残念ながら積極的に相同組換え修復不全となりそうなものは挙げられず、機能が不明なものに関しては、培養細胞による検証が必要で、ここまでの結果からは、実際の症例から得た培養細胞で確証を得ることはできなかった。また、複数の症例に重複する変異も得られなかった。
|
-
[Journal Article] Digenic mutations in ALDH2 and ADH5 impair formaldehyde clearance and cause a multisystem disorder, AMeD syndrome2020
Author(s)
Oka Y, Hamada M, Nakazawa Y, ..., Tanaka M, Suganami T, Nakada S, Mitsutake N, Hara Y, Kato K, ..., Kaneko H, Matsumoto N, Matsuda F, Matsuo K, Takahashi Y, Mashimo T, Kojima S, Ogi T
-
Journal Title
Science Advances
Volume: 6
Pages: eabd7197
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Topoisomerase I-driven repair of UV-induced damage in NER-deficient cells2020
Author(s)
Saha LK, Wakasugi M, Akter S, Prasad R, Wilson SH, Shimizu N, Sasanuma H, Huang SN, Agama K, Pommier Y, Matsunaga T, Hirota K, Iwai S, Nakazawa Y, Ogi T, Takeda S
-
Journal Title
Proceedings of the National Academy of Sciences
Volume: 117
Pages: 14412-14420
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] Biallelic VPS35L pathogenic variants cause 3C/Ritscher-Schinzel-like syndrome through dysfunction of retriever complex2020
Author(s)
Kato K, Oka Y, Muramatsu H, Vasilev FF, Otomo T, Oishi H, Kawano Y, Kidokoro H, Nakazawa Y, Ogi T, Takahashi Y, Saitoh S
-
Journal Title
Journal of Medical Genetics
Volume: 57
Pages: 245-253
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Papillary Thyroid Carcinoma in Ukraine After Chernobyl and in Japan After Fukushima: Different Histopathological Scenarios2020
Author(s)
Bogdanova TI, Saenko VA, Hashimoto Y, Hirokawa M, Zurnadzhy LY, Hayashi T, Ito M, Iwadate M, Mitsutake N, Rogounovitch TI, Sakamoto A, Naganuma H, Miyauchi A, Tronko MD, Thomas G, Yamashita S, Suzuki S
-
Journal Title
Thyroid
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] The Clinicopathological Results of Thyroid Cancer With BRAFV600E Mutation in the Young Population of Fukushima2020
Author(s)
Iwadate M, Mitsutake N, Matsuse M, Fukushima T, Suzuki S, Matsumoto Y, Ookouchi C, Mizunuma H, Nakamura I, Nakano K, Sakamoto A, Hirokawa M, Ito M, Naganuma H, Hashimoto Y, Shimura H, Yamashita S, Suzuki S
-
Journal Title
The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism
Volume: 105
Pages: e4328-e4336
DOI
Peer Reviewed
-
[Presentation] 乳がんにおけるDNA修復能の測定法の確立2021
Author(s)
田中 彩, 鈴木 啓司, 松瀬 美智子, 森田 道, 大坪 竜太, 松本 恵, 久芳 さやか, 及川 将弘, 矢野 洋, 江口 晋, 光武 範吏, 永安 武
Organizer
第29回 日本乳癌学会学術総会
-
-
-
[Presentation] チェルノブイリと福島の甲状腺がんにおける様々な病理学的シナリオ2020
Author(s)
サエンコ ウラジミール, ボグダノワ タチアナ, 橋本 優子, 廣川 満良, リュドミラ ズルナドジ, 林 俊哲, 伊東 正博, 岩館 学, 光武 範吏, ログノビッチ タチアナ, 坂本 穆彦, 長沼 廣, 宮内 昭, トロンコ ミコラ, トマス ジュラルディン, 山下 俊一, 鈴木 眞一
Organizer
第63回 日本放射線影響学会 年次大会
Invited
-
-
-
