2018 Fiscal Year Research-status Report
網羅的計算解析による疾病病態アルゴリズムの構築ならびにその正当性の検証
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18K19621
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
木下 茂 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
上田 真由美 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (60398386)
岡田 随象 大阪大学, 医学系研究科, 教授 (70727411)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2020-03-31
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| Keywords | Whole genome sequence / De Novo mutation |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、SJSが極めて稀な発症である事から新生変異の可能性に着目して全ゲノムシークエンス解析を用いた新規疾患関連遺伝子の探索を行った。
4trio、12sampleを対象にWhole genome sequenceを行い、まずはDe Novo mutationと推定されるvariantを同定した。その中からSJSに関連している可能性があるvariantとして、下記の3パターンを考えた。①GWASで報告のあるSJS関連遺伝子上、もしくは近傍にあるもの ②複数の家系で共通した領域（遺伝子上、または遺伝子間）に認めたもの ③exonに認めたもの
①に関しては、原因薬剤を限定せず、全てのSJSに関する報告遺伝子を対象とした。・1家系（SJS200）で、IKZF1の上流領域にDNM候補を認めた。（IKZF1までの距離：86,444bp）
②に関しては、2つの領域（いずれも遺伝子間）が2家系に共通して認めた。(3家系や4家系に共通した領域というものはなかった)・SJS121とSJS192の家系で、PTPRD-AS2 と TYRP1の遺伝子間にDNM候補を認めた。（両者のvariantの距離：1,040,249bp）・SJS192 とSJS200の家系で、KCNG1とNFATC2の遺伝子間にDNM候補を認めた。（両者のvariantの距離：123,300bp）
③に関して・1家系（SJS192）で、MIOSのexon領域にDNM候補を認めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
上記のように、いくつかの新生変異の候補を見つけており、おおむね順調に進展している
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| Strategy for Future Research Activity |
予定通り新しく見出された疾患関連遺伝素因は、今まで同定された遺伝素因と合わせHLA遺伝子多型に着目した遺伝子多型間相互作用解析を行う予定である
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| Causes of Carryover |
家系内の新生変異の検出については、他のプロジェクトで得たデータを使用することができましたため、翌年のそのほかの疾患関連遺伝子の解析に使用することとしたため
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