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2019 Fiscal Year Research-status Report

超微細画像情報の健康インフォマティクスによる次世代健康診断法の構築

Research Project

Project/Area Number 18K19766
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

久米 慧嗣  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員 (30708441)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小林 紀郎  国立研究開発法人理化学研究所, 情報システム本部, 開発ユニットリーダー (20415160)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2021-03-31
Keywords健康インフォマティクス / 健康・未病 / 細胞の超微形態 / 電子顕微鏡解析 / 画像認識 / 深層学習 / セマンティックセグメンテーション / 画像インフォマティクス
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、培養細胞株、モデル動物やヒト検体を対象に、病気の潜在的状態である「未病」の状態を早期かつ超高感度検出する健康科学分野への革新的な技術提供を目指す。本年度は、(計画2) 機械学習法を用いた画像メタデータの自動生成技術に関する検証実験、(計画3) 機械学習と画像メタデータに基づく知識語彙の階層構造構築に関する検証について主に実施した。まずは、動物組織や血液の培養細胞株などに関して、機械学習用の教師データセットの準備を行った。これらデータセットをもとに、深層学習(DL)の画像セグメンテーションの学習モデルを構築して、画像のピクセル毎でメタデータ判別を行い、メタデータごとの注目画像領域(ROI)を得た。この予測精度については、DLモデルの検討をすることで90%以上の正解率に達した。特に、細胞画像に対する結果では、細胞体や核、ミトコンドリアなどのROIごとにメタデータを自動付与するとともに、各ROIの形状情報とも紐付けることができた。また、知識語彙の階層構造構築に関する検証実験としては、共同編集型の知識基盤であるWikidataを利用して、SPARQLクエリ言語によって「細胞」に関するデータ構造を取得して、その階層関係性をネットワーク構造として明らかにした。Wikidata以外にも、疾患関連のオントロジーでのデータ構造の階層関係を調べて、メタデータ構築に利用する準備を進めた。今後は、これらオントロジーの階層関係性と機械学習の出力結果との対応性を検討していく。さらには、未病者スクリーニング、およびヒト血球細胞の超微細構造解析も概ね進んでいる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

動物組織や血液の培養細胞株などに関する教師データセットの構築、深層学習法を用いた画像メタデータの自動生成についての一連の実験を行った。また、知識語彙の階層構造構築に関する検証についても進め、Wikidataの階層関係性との関係性も見えつつある。さらには、来年度に予定していた未病者スクリーニング、およびヒト血球細胞の超微細構造解析も概ね進んでおり、次年度ではこれら画像データについて、深層学習を用いた画像解析、及びメタデータ付与の検討を進める。

Strategy for Future Research Activity

本研究は、(計画1) 未病時の組織や血液細胞における電顕画像データの蓄積、およびメタデータの付与、 (計画2) 機械学習法を用いた画像メタデータの自動生成技術に関する検証実験、(計画3) 機械学習と画像メタデータに基づく知識語彙の階層構造構築に関する検証、 (計画4) 未病者スクリーニング、およびヒト血球細胞の超微細構造解析による検証試験といった4つの計画からなり、3年目では、(計画3) や(計画4) に関する検証実験を重点的に取り組む。さらには研究進展で、超微細構造解析のスループットの向上が不可欠であることも分かり、そのスループット向上に資する装置開発を次年度では進める予定である。

Causes of Carryover

本年度は、実験補助員を通年で雇用しなかったために、人件費を繰越した。また、旅費については海外での成果発表がなかったため、繰越した。一方、当初よりも研究が順調に進み、細胞形態の詳細な解析をさらに進める必要がでてきており、次年度には画像解析用コンピュータの備品購入を計画して、これらの繰り越し分を購入費用にあてる予定である。

  • Research Products

    (12 results)

All 2020 2019

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 7 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] SEMによる切片の広域撮像技術と生体組織の網羅的形態解析への展望2020

    • Author(s)
      久米慧嗣、村川泰裕
    • Journal Title

      顕微鏡

      Volume: 55 Pages: 13-17

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 電子線・X線イメージング技術が織りなす画像ビッグデータ時代の病理学2019

    • Author(s)
      久米慧嗣、田村勝、小林紀郎、村川泰裕
    • Journal Title

      病理と臨床

      Volume: 37 Pages: 617-623

  • [Presentation] 生化学者・生物物理学者からみた電顕解析のおもしろさ2019

    • Author(s)
      久米 慧嗣
    • Organizer
      第10回 植物電顕若手ワークショップ(理化学研究所 横浜キャンパス 交流棟ホール)
    • Invited
  • [Presentation] Deep analysis of images from ultra-microstructural microscopy using machine learning2019

    • Author(s)
      Yasuhiro Murakawa, Norio Kobayashi, Satoshi Kume
    • Organizer
      The 6th RIKEN-KI-SciLifeLab Symposium: Biomedical Data for Artificial Intelligence (RIKEN Yokohama Campus)
    • Invited
  • [Presentation] Comprehensive analysis of biological tissues using scanning electron microscopy and machine learning2019

    • Author(s)
      Satoshi Kume
    • Organizer
      RIKEN-CAS Young Scientists Seminar (Shenzhen Institutes of Advanced Technology (SIAT), Chinese academy of sciences (CAS), Shenzhen, China)
    • Invited
  • [Presentation] Comprehensive analysis of ultra microstructural microscopy images using machine learning2019

    • Author(s)
      Satoshi Kume, Yosky Kataoka
    • Organizer
      A3 Foresight Program Meeting (Seoul National University College of Medicine, Seoul, Korea)
    • Invited
  • [Presentation] Comprehensive Morphology Analysis Using The Wide-range Electron Microscopy Imaging and Machine Learning2019

    • Author(s)
      Satoshi Kume, Yosky Kataoka
    • Organizer
      理化学研究所-広島大学 合同シンポジウム「イメージングから理論」(広島大学)
  • [Presentation] 広域超微細構造イメージング法とAI技術を用いた網羅的生体組織形態解析2019

    • Author(s)
      久米 慧嗣, 片岡 洋祐
    • Organizer
      第51回日本臨床分子形態学会総会・学術集会 シンポジウム2「AI を用いた形態学的研究の新知見」 (日本顕微鏡学会とのジョイントシンポジウム)(久留米シティプラザ)
    • Invited
  • [Presentation] Semantic Segmentation for Image Metadata Creation in RIKEN Imaging Metadatabase2019

    • Author(s)
      Satoshi Kume
    • Organizer
      BioHackathon 2019 Symposium
  • [Presentation] 走査型電子顕微鏡の広域撮像技術を用いた生体組織の網羅的解析2019

    • Author(s)
      久米慧嗣, 村川泰裕, 田村勝, 小林紀郎
    • Organizer
      日本顕微鏡学会 第75回学術講演会「S-3 走査電顕を用いた樹脂包埋切片観察法の基礎と生物試料への応用」(名古屋国際会議場)
    • Invited
  • [Presentation] 広域電子顕微鏡技術による生体組織のビッグデータ解析2019

    • Author(s)
      久米慧嗣, 村川泰裕, 陳桂花, 小口綾貴子, 田村勝, 小林紀郎, 桝屋啓志, 須賀三雄, 前田光代, 片岡洋祐
    • Organizer
      第108回 日本病理学会総会「シンポジウム4 組織を見る新技術」(東京国際フォーラム)
    • Invited
  • [Book] ストレス・疲労のセンシングとその評価技術(第5章 バイオマーカーの検出と疲労、ストレス検知への応用 第3節 疲労・ストレス・未病時における分子代謝・超微細構造に基づくバイオマーカー探索研究の取り組み)2019

    • Author(s)
      久米慧嗣、小林紀郎、片岡洋祐
    • Total Pages
      598
    • Publisher
      技術情報協会
    • ISBN
      978-4-86104-778-7

URL: 

Published: 2021-01-27  

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