エンハンサープロファイリングによる造血器腫瘍の分子病態理解と治療法の開発

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K19960
• Research Institution: Nagoya City University
• Principal Investigator: 三田 貴臣 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 准教授 (00792475)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 飯田 真介 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (50295614) ; 鈴木 智貴 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 助教 (80834001)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: エンハンサー / 転写因子 / T細胞性白血病

Outline of Annual Research Achievements

初年度においては、COVID-19の状況を受けて、予期しない移動制限・活動制限が生じたため、主に予備データの作成に努めた(項目7も参照)。
まず、以前に作成したシーケンスデータ(全ゲノムシーケンス、ChIP-seq、RNA-seq)を用いて、成人T細胞性白血病(ATL)の細胞株並びに患者検体において、特異的にエンハンサー活性が認められ、かつ遺伝子異常(変異、欠失、増幅、逆位など)を伴っている部位をバイオインフォマティクス解析によって絞り込んだ。候補部位の中には、既に報告されている異常(CTLA4-CD28領域)が検出され、我々の解析法が正確に遺伝子異常を予測できることを確認した。現在、それらの部位について、PCR法による遺伝子異常の検証、ならびに機能解析を行っている。
同様に、ATL細胞において、特異的に発現している新たな転写産物の同定を試みた。この解析からは、以前に報告されていない新規Long non-codingを含め、50以上の部位を絞り込んだ。現在、PCR法によって確認実験を行っている。
加えて、ATLにおいて特異的に発現している血清分泌タンパクの同定を行ったほか、白血病におけるクローン解析を行うためにSingle Cell Sequencingを行うための実験の最適化を行った。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

初年度は、COVID-19の影響による移動制限・渡航制限が生じたことにより、当大学(名古屋市立大学)における直接の研究活動が限定された。そのため、主にはデータを用いたバイオインフォマティクス解析、並びに別施設(シンガポール国立大学)での共同研究を通して予備データを作成することに主眼を置いた。これによって一定の成果は上げているが、当初の申請計画からは遅れが生じている。

Strategy for Future Research Activity

二年度においては、COVID-19に伴う移動制限・渡航制限が見直しされ、通常の研究活動が再開できることを前提として、初年度に行う予定であった研究計画を遂行する。具体的には、初年度に絞り込んだ遺伝子異常、新たな転写産物について、患者検体を用いて検証実験を行うとともに、細胞株や動物モデルを用いて機能解析を行う。
もし、COVID-19の状況が変わらない場合は、初年度と同様に、引き続き共同研究施設における共同研究とデータ解析を中心に予備データの作成に努める。

Causes of Carryover

初年度から二年度に5,962,675円の繰越が生じた。これは、COVID-19の影響による移動制限・渡航制限が生じたことにより、当大学(名古屋市立大学)における直接の研究活動が限定されたためである。上記7・8のように、初年度の研究計画を二年度以降にシフトする形で遂行する。