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2023 Fiscal Year Annual Research Report

赤外円二色性とラマン光学活性による中分子・極性分子の高精度構造解析法の開発

Research Project

Project/Area Number 18KK0394
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

谷口 透  北海道大学, 先端生命科学研究院, 准教授 (00587123)

Project Period (FY) 2019 – 2023
Keywordsラマン光学活性 / QM/MM理論計算 / 分子動力学 / ヌクレオシド / 糖 / 重水素
Outline of Annual Research Achievements

新規分子の構造解析は研究全体のボトルネックとなりうる段階であり、特に極性分子や中分子に対して実用的な解析法は限られている。我々はVCD(赤外円二色性)を用いた各種分子の構造解析を達成してきた。本国際共同研究ではVCD分光法と相補的なROA(ラマン光学活性)を用いて、糖や核酸など各種分子の構造を水溶液中で解明する方法論の開発に着手した。
本研究開始当初は、オーストラリアのロイヤルメルボルン工科大学のグループが所有するROA装置を用いた国際共同研究を実施していたが、コロナウイルスによる影響で共同研究先の研究機関が長期間閉鎖され、ROA装置も故障してしまった。2022年5月からチェコの研究機関との共同研究を開始した。チェコでは独自のROA分光器が組み立てられており、本分光器を用いることで市販型よりもS/Nの良好なスペクトルが短時間で得られるのみならず、従来器では測定が困難だった2000~4000 cm-1領域も観測できる。そこで、以前オーストラリアで測定したROAデータも全て再測定することとした。
測定サンプルとしてはヌクレオシドと糖について論文化可能なデータが出揃っている。特に糖については重水素化されたものも数種測定した。ROAの測定と理論計算によって、水溶液中での分子の詳細構造を解析できることを見出した。
さらに、炭素と重水素の伸縮振動に基づくROAシグナル(2000~2300 cm-1)をもとに分子の構造解析が可能であるという新たな知見を得た。さらに、通常用いられるharmonicな密度汎関数法とは別に、anharmonicな密度汎関数法計算を行うことによって2000~2300 cm-1領域のIR、VCD、ラマン、ROAなどの各種の振動シグナルをより正確に予測できるようになった。糖の結果について論文を報告し、ヌクレオシドの結果については論文執筆中である。

  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023 2022 2019

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] 有機化学・生化学研究所(チェコ)2022

    • Year and Date
      2022-05-09 – 2022-05-19 | 2023-03-052023-03-27 | 2024-03-122024-03-20
    • Country Name
      CZECH
    • Counterpart Institution
      有機化学・生化学研究所
    • Co-investigator Overseas
      ピーター・ボーア
    • Department
      分子分光学グループ
    • Job Title
      教授
    • Change Date
      2022年5月13日
  • [Int'l Joint Research] ロイヤルメルボルン工科大学(オーストラリア)2019

    • Year and Date
      2019-08-22 – 2019-09-03 | 2020-02-172020-02-29
    • Country Name
      AUSTRALIA
    • Counterpart Institution
      ロイヤルメルボルン工科大学
    • Co-investigator Overseas
      ユアン・ブランチ
    • Department
      応用化学・環境科学
    • Job Title
      教授
    • Change Date
      2022年5月13日
  • [Journal Article] Raman optical activity study of deuterated sugars: deuterium labelling as a tool for structural analysis2024

    • Author(s)
      Tohru Taniguchi, Davidson Obinna Agbo, Qin Yang, Josef Kapitan, Tao Wu, Shuki Oyama, Shuji Akai, Yoshinari Sawama and Petr Bour
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1039/D4CP02406K

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Vibrational Circular Dichroism Studies on Axially Chiral Carbodiimides and Allenes2023

    • Author(s)
      Taniguchi Tohru
    • Journal Title

      Synlett

      Volume: 34 Pages: 1839~1844

    • DOI

      10.1055/a-2071-4411

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Vibrational circular dichroism spectroscopy in the C-D, X≡Y, and X=Y=Z stretching region2023

    • Author(s)
      Taniguchi Tohru、Agbo Davidson Obinna
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 25 Pages: 28567~28575

    • DOI

      10.1039/d3cp04287a

  • [Presentation] Raman Optical Activity of Deuterated Sugars in Water2024

    • Author(s)
      Davidson Obinna Agbo, Tohru Taniguchi
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2024年冬季研究発表会
  • [Presentation] Use of Vibrational Circular Dichroism in the Biomolecularly Transparent Region for Structural Analysis2023

    • Author(s)
      Tohru Taniguchi, Mohamad Zarif Mohd Zubir, Davidson Obinna Agbo, Kenji Monde
    • Organizer
      Chirality2024
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Vibrational Optical Activity of Deuterated Sugars2023

    • Author(s)
      Davidson Obinna Agbo, Tao Wu, Josef Kapitan, Tohru Taniguchi, Petr Bour
    • Organizer
      第19回国際キラル分光国際会議
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Stereostructural Analysis of flexible oxidized fatty acids by VCD spectroscopy2023

    • Author(s)
      Davidson Obinna Agbo, Naka Ida, Takuya Kitahara, Tohru Taniguchi, Kenji Monde
    • Organizer
      モレキュラー・キラリティー2023

URL: 

Published: 2024-12-25  

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