2020 Fiscal Year Research-status Report
Roles of gene interaction and epigenome in evolution of Mycobacterium avium
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18KK0436
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
丸山 史人 広島大学, 学術・社会連携室, 教授 (30423122)
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| Project Period (FY) |
2019 – 2021
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| Keywords | 非結核性抗酸菌 / 比較ゲノム / ゲノム疫学 / mycobacterium avium |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、COVID-19状況下のために、現地での渡航ができなかった。予定では、合計半年渡航のうちの残りである４ヶ月間を現地で過ごし、本プロジェクトを終了する予定であった。そのため、次年度以降にまわすこととして、本科研費の延長も視野に協議を続けている。ただし、オンライン、遠隔で可能な共同研究は進めている。現地でしか実施が困難なTn-seq, CRISPRiについては、日本での実施も可能とすることを目指しており、本プロジェクトの協力者とともに菌株の収集、ベクター、ファージを入手しており、菌株の抗生物質耐性やバイオフィルム系性能の確認実験を進めている。また、本プロジェクトでは、非結核性抗酸菌症の原因菌のうち、日本で大きな問題となっているMycobacterium aviumに焦点をあてているが、このゲノム疫学的な研究がまだ、ゲノムデータが十分ではないことから、さらなる推進が必要であり、国内で様々な由来の菌株のゲノム解析を進めている。その結果として、日本の中部地方の病気の豚から、日本の中部特異的な株が見つかった。そして、ゲノム解析の結果、これまでに見つかっていない菌株グループであり、２つの遺伝子配列を用いることで、この新グループを同定できることを確かめた。現在、この成果について原著論文２報にわけて執筆、回覧中であり、今年度中に投稿が可能であるものと考えている。豚の場合には、由来やどのようなルートで移動したのかなどが追跡可能であることから、本特異的な遺伝子配列は、国内に置ける感染ルートの解明にも有用である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
上述したように、当初、アメリカで実施予定だった実験を日本国内でも実施可能な準備を進めているが、まだ、その各ルツには至ってない。また、現地における４ヶ月間の滞在予定を果たせていないということが、遅れているという理由である。ただし、上述したように、共著論文は進めており、オンラインでの会議を通じて情報共有は進めており、研究自体の推進はさほど遅れていない。
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| Strategy for Future Research Activity |
滞在ということを鑑みると、本年度が最終年度であるものの、COVID-19状況が続いていることから、来年度までのプロジェクト延長ということが、現実的な手段というように感じている。
引き続き、国内で可能な内容の実施とオンラインで可能な共同研究を進めるとともに、延長を考慮した無理のない研究実施を進めたい。
また、すでに、比較ゲノム解析に資する十分なデータは保有していることから、これを優先して解析を進めて、in silico研究を推進して、実験実施時の優先順位や候補選定を進めておく予定である。
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