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2019 Fiscal Year Research-status Report

Elucidation of the nitrogen-fixing endophyte in yam and agricultural innovation

Research Project

Project/Area Number 18KT0046
Research InstitutionTokyo University of Agriculture

Principal Investigator

志和地 弘信  東京農業大学, 国際食料情報学部, 教授 (40385505)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 朴 炳宰  鹿児島大学, 農水産獣医学域農学系, 准教授 (00538879)
遠城 道雄  鹿児島大学, 農水産獣医学域農学系, 教授 (60194651)
Project Period (FY) 2018-07-18 – 2022-03-31
Keywords作物学 / 微生物工学 / 育種学 / ヤムイモ / 植物生育促進細菌 / 施肥技術
Outline of Annual Research Achievements

本研究はヤムイモに共生する窒素固定細菌を次世代の農資源と捉え農業革新と食料増産による国際協力を目標としたものである。ヤムイモとはヤマノイモ科の植物の食用種を指す。開発途上国ではヤムイモは地域の食料として重要な作物であるが、その重要性が熱帯地域以外では適切に認識されておらず、研究や品種改良の対象とされてこなかった。申請者らは科学研究費の助成(2006~2015年)を受けて国際熱帯農業研究所(International Institute of Tropical Agriculture:IITA ナイジェリア)とヤムイモの生産性改善に関する共同研究を行い、これまでに新しい増殖方法や栽培技術などを開発してきた。そして、高収量品種の育成過程で窒素がほとんどない土壌でも良く生育するヤムイモ系統を発見した。この系統は平成27-29年挑戦的萌芽研究「ヤムイモ(Dioscorea spp.)の窒素固定細菌との共生に関する研究」において、根粒菌などの窒素固定細菌と共生していることが世界で初めて確認され、窒素固定の寄与率が38%以上あることを明らかにした。ヤムイモの生育に窒素固定細菌が関与することはこれまでに報告がなく、また、マメ科以外に内生するこれらの細菌の生態や能力に関する報告は少ない。挑戦的萌芽研究では3属の根粒菌と8属の窒素固定細菌が分離された。これらの中にはPlant Growth Promoting Bacteria (PGPB)のEnterobacter属も見つかっており、植物生長促進材としての利用も考えられた。
本研究はヤムイモに内生する窒素固定細菌の能力や特性を明らかにして、ヤムイモ生産における窒素固定細菌の利用を確立するとともに、農業生産における窒素固定エンドファイトの利用による窒素化学肥料に依存しない持続的な食糧生産技術の開発を目指す、農学と微生物工学を融合したものである。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ヤムイモの一種である16系統のダイジョと3系統のトゲイモについて窒素固定の寄与度の測定及び窒素固定細菌の分離・同定を試みた。その結果、いずれの系統からも窒素固定細菌が分離されて19属が推定された。また、窒素固定細菌による窒素供給の高い系統の存在が明らかになった。
次に、分離された窒素固定細菌の中でARA活性の高いAgrobacterium sp.を増殖し、ダイジョに接種して、生育に及ぼす影響を調査した。その結果、イモのバイオマス量並びに葉の窒素含有量が大きくなったことから、接種細菌が生育に作用したものと考えられた。
これまでの実験において分離された50株の窒素固定細菌を用いて、細菌のインドール酢酸の生成並びに鉄及び難溶態リン酸カルシウムの可溶化活性について調べた。その結果、インドール酢酸の生成及びリン酸カルシウム可溶化活性を持つそれぞれ30株の窒素固定細菌が明らかになった。また、21株がキレート鉄を生成し、9株が3つの生成能力を合わせ持つことが明らかになった。これらのうち増殖が容易だった7種の細菌は植物生育促進細菌として特許申請を行った(特願2019-209500)。
2年目の研究で確立したメタゲノム解析の手法を用いて、ダイジョのメタゲノム解析を行った。ダイジョの細菌叢はProteobacteriaの5属の存在量が多く、それは Allorhizobium - Neorhizobium - Pararizobium - Rhizobium系統群、Bulkholderia - Caballeronia - Paraburkholderia系統群、 Bradyrhizobium、 Pseudomonas及びStenotrophomonasであった。これら5属は窒素固定能を持ち, ダイジョの生育促進に寄与していると考えられたことから、接種細菌パッケージの候補とした。

Strategy for Future Research Activity

ヤムイモから単離した窒素固定細菌をイネに接種して、窒素の固定能力を調べ、細菌の農業資材としての汎用性を検討する。ヤムイモの細菌フローラが明らかになったことから、これまでに単離・同定した細菌を組み合わせて、生物肥料資材としてのパッケージを作成し、接種試験を行う。また、アフリカのホワイトヤムについても細菌叢を明らかにして、窒素固定細菌叢のパッケージを作成し、ナイジェリアで接種試験を開始する。
窒素固定細菌は東京農業大学の菌株保存室に登録し、遺伝資源としてデータベース化を進めている。

Causes of Carryover

年度末にナイジェリア の出張を予定していたが、コロナ禍によりキャンセルなったため。ナイジェリアでの研究は次年度の計画に送り、日本でのゲノム解析実験を前倒しで実施する。

  • Research Products

    (14 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 国際熱帯農業研究所(IITA)(ナイジェリア)

    • Country Name
      NIGERIA
    • Counterpart Institution
      国際熱帯農業研究所(IITA)
  • [Journal Article] Infection Route of Endophytic Nitrogen-fixing Bacteria in Water Yam (Dioscorea alata L.)2020

    • Author(s)
      Hironobu Shiwachi, Natsumi Miwa, Kanako Takada, Michel Ouyabe, Babil Pachakkil, Hidehiko Kikuno, and Naoto Tanaka
    • Journal Title

      Tropical Agriculture and Development

      Volume: 64 Pages: 1 - 6

    • DOI

      10.11248/jsta.64.1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Nitrogen-Fixing Bacteria Associated with Yams (Dioscorea spp.) Growth2019

    • Author(s)
      Hironobu SHIWACHI, Hidehiko KIKUNO Pachakkil BABIL, Michel OUYABE, Kanako TAKADA, Natsumi MIWA and Naoto TANAKA
    • Journal Title

      熱帯農業研究

      Volume: 12 Pages: 121 - 122

  • [Journal Article] Isolation of Nitrogen-Fixing Bacteria from Water Yam (Dioscorea alata L.)2019

    • Author(s)
      Kanako TAKADA, Naoto TANAKA, Hidehiko KIKUNO, Pachakkil BABIL, Michio ONJO, Byoung-Jae PARK, and Hironobu SHIWACHI
    • Journal Title

      Tropical Agriculture and Development

      Volume: 63 Pages: 198 - 203

    • DOI

      https://doi.org/10.11248/jsta.63.198

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Contribution of Biological Nitrogen Fixation in Lesser Yam (Dioscorea esculenta L.) Associated with Endophytic Diazotrophic Bacteria2019

    • Author(s)
      Michel OUYABE, Hidehiko KIKUNO, Naoto TANAKA, Pachakkil BABIL, and Hironobu SHIWACHI
    • Journal Title

      Tropical Agriculture and Development

      Volume: 63 Pages: 131 - 139

    • DOI

      https://doi.org/10.11248/jsta.63.131

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Endophytic Nitrogen-Fixing Bacteria of Water Yam (Dioscorea alata L.) in Relation with Fertilization Practices2019

    • Author(s)
      Michel OUYABE, Hidehiko KIKUNO, Naoto TANAKA, Pachakkil BABIL, and Hironobu SHIWACHI
    • Journal Title

      Tropical Agriculture and Development

      Volume: 63 Pages: 122 - 130

    • DOI

      https://doi.org/10.11248/jsta.63.122

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Isolation and identification of nitrogen-fixing bacteria associated with Dioscorea alata L. and Dioscorea esculenta L.2019

    • Author(s)
      Michel OUYABE, Hidehiko KIKUNO, Naoto TANAKA, Pachakkil BABIL and Hironobu SHIWACHI
    • Journal Title

      Microbial Resources and Systematics

      Volume: 35 Pages: 3-11

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 15N希釈法によるホワイトギニアヤムの窒素固定量の推定2020

    • Author(s)
      髙田 花奈子・松本 亮・石川 春樹・パチャキル バビル・菊野 日出彦・志和地 弘信
    • Organizer
      日本作物学会第249回講演会 筑波産学連携支援センター(つくば市)
  • [Presentation] Effects of Agrobacterium sp. Strain 343 Inoculation on the Growth of Water Yam (Dioscorea alata L.) under Greenhouse Conditions2020

    • Author(s)
      Sumetee Liswadiratanakul, Michel Ouyabe, Kodai Mori, Kanako Takada, Hidehiko Kikuno, Pachakkil Babil and Hironobu Shiwachi
    • Organizer
      日本熱帯農業学会第127回講演会(東京農工大学府中キャンパス)
  • [Presentation] Possibility of nitrogen fixing to white yam (Dioscorea rotundata) using Natural abundance of 15N2019

    • Author(s)
      Kanako Takada, Ryo Matsumoto, Haruki Ishikawa, Asrat AMELE, Babil PACHAKKIL, Hidehiko Kikuno and Hironobu Shiwachi
    • Organizer
      Tropentag 2019 (Universities of Kassel and Goettingen、ドイツ)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effects of Isolated Bacterial Inoculation on Water Yam (Dioscorea alata L.) as a Plant Growth Promoting Bacteria2019

    • Author(s)
      Sumetee Liswadiratanakul, Michel Ouyabe, Hideki Hinomisu, Kanako Takada, Hidehiko Kikuno, Pachakkil Babil and Hironobu Shiwachi
    • Organizer
      日本熱帯農業学会第126回講演会(アトールエメラルド宮古島)
  • [Presentation] メタ16S解析法によるダイジョ共生細菌叢の解明2019

    • Author(s)
      朱 家成、山本絋輔、志波優、Michel Ouyabe、高田花奈子、パチャキル バビル、菊野日出彦、田中尚人、志和地弘信
    • Organizer
      日本熱帯農業学会第126回講演会(アトールエメラルド宮古島)
  • [Remarks] ヤムイモの窒素固定エンドファイトの解明と農業革新

    • URL

      https://www.nodai.ac.jp/academics/int/int/sdgs/03/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 新規窒素固定細菌、植物成長促進剤及び植物の栽培方法2019

    • Inventor(s)
      志和地弘信、田中尚人、菊野日出彦、パチャキルバビル
    • Industrial Property Rights Holder
      東京農業大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2019-209500

URL: 

Published: 2021-01-27  

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