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2008 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質相互作用における多重特異性の定量的記述と応用

Research Project

Project/Area Number 19021011
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津本 浩平  The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (90271866)

Keywords蛋白質 / 分子認識 / 生物物理 / 生体分子 / シグナル伝達
Research Abstract

(1)多重特異性相互作用の速度論的・熱力学的解析ならびに結晶構造解析 : 前年度までに確立した発現・調製系ならびに相互作用解析システムを用いて、サイトカイン、IL-15Rα、Tob1と各種相互作用分子との相互作用を、表面プラズモン共鳴法、等温滴定型熱量測定に加えて、TEM、DLS、GPC-MALS等により解析した。これらの解析結果を基に、蛋白質相互作用における、多重特異性を定量的記述により議論することができた。
(2)相互作用を特異的にブロックできる抗体、ペプチドのファージディスプレイを用いた選択とその機能・構造評価 : 前年度取得した抗体の構造・機能評価を進めた。アミロイド線維Aβ1-42について、ファージディスプレイを用いたペプチドライブラリーならびにヒト抗体無作為変異導入ライブラリーから特異的に結合する分子種を取得した。得られた分子の機能・構造評価を行い、線維形成制御と蛋白質高次構造との関連を議論することができた。

  • Research Products

    (44 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (22 results) (of which Peer Reviewed: 22 results) Presentation (21 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Activation of Leukemia-associated RhoGEF by Galphal3 with significant conformational rearrangements in the interface2009

    • Author(s)
      Nobuchika Suzuki, et.al.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Impact of intrinsic cooperative thermodynamics of peptide-MHC corn plexes on antiviral activity of HIV-specific cytotoxic T lymphocytes2009

    • Author(s)
      Chihiro Motozono, et.al.
    • Journal Title

      J. Immunol (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Contributions of interfacial residues of human Interleukin 15 to the specificity and affinity for its private alpha-receptor2009

    • Author(s)
      Sakamoto, et.al.
    • Journal Title

      J. Mol. Biol (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Glues Carrying Multiple Guanidinium Ion Pendants via an Oligc ether Spacer : Stabilization of Microtubules against Depolymerization2009

    • Author(s)
      Okuro, et.al.
    • Journal Title

      J. Amer. Chem. Soc (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] To be excluded or to bind, that is the question : Arginine effects on proteins2009

    • Author(s)
      Nakakido, et.al.
    • Journal Title

      Cur. Pharm. Biotechnol (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Utilization of an arginine-elution method for FLAG-tag chromatography2009

    • Author(s)
      Futatsumori-Sugai, et.al.
    • Journal Title

      Protein Expr. Purif (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The interaction of hyperthermophilic TATA-box binding protein with single-stranded DNA is entropically favorable and exhibits a large negative heat capacity change at high salt concentration2009

    • Author(s)
      Nagatoishi, et.al.
    • Journal Title

      Mol. Biosyst (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Immobilized metal affinity chromatography in the presence of arginine2009

    • Author(s)
      Abe, et.al.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun (印刷中)(掲載決定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermodynamic consequences of mutations in vernier zone residues of a humanized anti-human epidermal growth factor receptor murine antibody, 5282008

    • Author(s)
      Makabe, et.al.
    • Journal Title

      J Biol Chem 283

      Pages: 1156-1166

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Grafting of material-binding function into antibodies : Functionalization by peptide grafting2008

    • Author(s)
      Hattori T, et.al.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun 365

      Pages: 751-757

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] critical contribution of VH-VL interaction to reshaping of en antibody2008

    • Author(s)
      Nakanishi T, et.al.
    • Journal Title

      Protein Sci 17

      Pages: 261-270

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Critical contribution of aromatic rings to specific recognition of polyether rings2008

    • Author(s)
      Tsumoto K, et.al.
    • Journal Title

      J Biol Chem 283

      Pages: 12259-12266

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A helical string of alternately connected three-helix bundles for the cell wall-associated adhesion protein Ebh from Staphylococcus aureus2008

    • Author(s)
      Tanaka Y., et.al.
    • Journal Title

      Structure 16

      Pages: 488-496

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermodynamic analysis reveals that, GTP binding affects the interaction between the alpha-and gamma-subunits of translation initiation factor 22008

    • Author(s)
      Nakakido, et.al.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun 371

      Pages: 596-599

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of an amyloidogenic sequence attached to yellow fluorescent protein2008

    • Author(s)
      Hamada D, et.al.
    • Journal Title

      Proteins Struct. Funct. Bioinfor 72

      Pages: 811-821

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression, Purification, Crystallization, and Primary Diffraction Analysis of CapF, a Capsular Polysaccharide Synthesis Enzyme from Staphylococcus aureus2008

    • Author(s)
      Miyafusa, et.al.
    • Journal Title

      Acta Crystallogr. F 64

      Pages: 512-515

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] How Protein Recognizes Ladder-like Polycyclic Ethers : Interactions between Ciguatoxin (CTX3C) Fragments and Its specific antibody 10C92008

    • Author(s)
      Ui, et.al.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem 283

      Pages: 19440-19447

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electron microscopy and computational studies of Ebh, a giant cell-wall-associated protein from Staphylococcus aureus2008

    • Author(s)
      Sakamoto, et.al.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun 376

      Pages: 261-266

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-based analysis reveals hydration changes induced by arginine hydrochloride2008

    • Author(s)
      Nakakido, et.al.
    • Journal Title

      Biophys. Chem 137

      Pages: 105-109

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for multimeric heme complexation through a specific protein-heme interaction : the case of the third NEAT domain of IsdH from Staphylococcus aureus2008

    • Author(s)
      Watanabe, et.al.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem 283

      Pages: 28649-59

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Staphylococcus aureus giant protein Ebh is involved in tolerance to transient hyperosmotic pressure2008

    • Author(s)
      Kuroda M, et.al.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun 374

      Pages: 237-41

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Selective expansion of genetically modified T cells using an antibody/interleukin-2 receptor chimera2008

    • Author(s)
      Sogo, et.al.
    • Journal Title

      J. Immunol. Methods 337

      Pages: 16-23

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 構造・物性解析に基づいた抗体の環状ポリエーテル系毒素ciguatoxin認識機構の解明2009

    • Author(s)
      宇井美穂子
    • Organizer
      日本化学会第89春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学船橋キャンパス
    • Year and Date
      20090327-30
  • [Presentation] IL15とIL15R受容体α鎖の相互作用の精査2008

    • Author(s)
      坂本壮
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] Structure-based analysis reveals hydration changes induced by Areinine hydrochloride2008

    • Author(s)
      Nakakido Makoto
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] Transducer of ErbB2, 1(TOB1)とCNOT7間相互作用の精密解析2008

    • Author(s)
      渡邊正人
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来ヘム鉄取り込み蛋白質におけるヘム鉄受け渡し機構の解析2008

    • Author(s)
      安部良太
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] 抗アミロイドβ抗体を用いた生体超分子構造形成制御2008

    • Author(s)
      有里樹理
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来莢膜合成蛋白質CapE, CapFの構造・機能解析2008

    • Author(s)
      宮房孝光
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] ワクチンの創成を目指した黄色ブドウ球菌毒素改変体の分子特性解析2008

    • Author(s)
      谷中冴子
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] 超好熱古細菌由来TATA-box結合蛋白質のSELEX解析2008

    • Author(s)
      長門石曉
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] 抗ciguatoxin抗体10C9Fabの抗原認識機構-変異体解析と低分子スクリーン-2008

    • Author(s)
      宇井美穂子
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] 好熱性蛋白質に対する温度に対応したDNAの相互作用特性2008

    • Author(s)
      長門石曉
    • Organizer
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      20080918-20
  • [Presentation] 抗ciguatoxin抗体とポリエーテル環相互作用解析2008

    • Author(s)
      宇井美穂子
    • Organizer
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム2008
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      20080918-20
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来Isd蛋白質によるヘム結合能の解析2008

    • Author(s)
      渡邊正人
    • Organizer
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム2008
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      20080918-20
  • [Presentation] ワクチンの創成を目指した黄色ブドウ球菌毒素改変体の分子特性解析2008

    • Author(s)
      谷中冴子
    • Organizer
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム2008
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      20080918-20
  • [Presentation] ポリエーテル系海洋毒素シガトキシン認識抗体10C9の構造学・熱力学的解析2008

    • Author(s)
      宇井美穂子
    • Organizer
      第55回毒素シンポジウム-山中湖畔シンポジウム-
    • Place of Presentation
      ラフォーレ山中湖
    • Year and Date
      20080702-04
  • [Presentation] 超好熱菌由来TATA-box結合蛋白質に対するDNAの認識特性2008

    • Author(s)
      長門石曉
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      20080610-12
  • [Presentation] 抗シガトキシン抗体10C9の分子認識機構2008

    • Author(s)
      宇井美穂子
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      20080610-12
  • [Presentation] 翻訳開始因子サブユニット間相互作用の熱力学的解析2008

    • Author(s)
      中木戸誠
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      20080610-12
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来Isd蛋白質によるヘム結合能の解析2008

    • Author(s)
      渡邊正人
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      20080610-12
  • [Presentation] アルギニン存在下での金属キレートアフィニティークロマトグラフィー2008

    • Author(s)
      安部良太
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      20080610-12
  • [Presentation] ワクチンの創成を目指した黄色ブドウ球菌毒素改変体の分子特性解析2008

    • Author(s)
      谷中冴子
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      20080610-12
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.park.itc.u?tokyo/phys?biochem/

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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