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2008 Fiscal Year Annual Research Report

シミュレーションベースモデリングのための高性能最適化システム基盤の構築

Research Project

Project/Area Number 19024029
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

小野 功  Tokyo Institute of Technology -> 東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 准教授 (00304551)

Keywordsシミュレーションベースモデリング / グリッド向け遺伝的アルゴリズム / 遺伝的アルゴリズム / グリッド計算 / モデリング / 並列GA / 並列MGG
Research Abstract

近年, モデル構築の複雑さの爆発という情報爆発に関する問題に対処するため, 観測データからシミュレーションに基づいて自動的にモデリングを行うシミュレーションベースモデリング(SBM)が注目されている. 現在, SBMのための最適化手法として遺伝アルゴリズム(GA)が有望視されているが, 計算時間の爆発という新たな情報爆発に関する問題に直面している. グリッド計算環境でGAを高速に実行するためのシステム基盤として, 昨年度はGbGA Framework 2の設計, 実装を行った. 本年度は, 社会科学/生命科学の領域専門家がシングルCPU環境からグリッド環境までシームレスに利用可能な環境の構築を目指して, GOGA Framework 2の上にシングルCPU環境用GAライブラリとそのグリッド化モジュールを構築し, 実アプリケーションへの適用を行った.
シングルCPU環境用GAライブラリは, Javaベースのオブジェクト指向フレームワークであり, 非常に拡張性に富んだ柔軟性の高いライブラリとなっている. 標準的な交叉や世代交代モデルを提供しているが, 利用者は, 交叉, 世代交代モデル, 問題などの独自に開発したモジュールを組み込むことにより, 容易にライブラリを拡張することができる. また, 複数のパラメータについて乱数系列を変更して複数試行を行い, 結果を統計処理するといったSBMにおいて典型的なワークフローもサポートしている.
GAライブラリのグリッド化モジュールは, シングルCPU環境用GAライブラリをグリッド上で並列分散実行するためのモジュールである. 設定ファイルを差し替えるだけで, 任意のGAについて試行, 個体評価のレベルで並列分散化を実現できる. また, 世代交代モデルに依存する形であるが, 世代交代についても並列分散化するためのモジュールも提供している.

Research Products

(4 results)

All 2008

All Journal Article Presentation

  • [Journal Article] Method for inferring and extracting reliable genetic interactions from ti me-series profile of gene expression2008

    • Author(s)
      Nakatsui, M., Ueda, T., Maki, Y., Ono, I. and Okamoto, M.
    • Journal Title

      Mathematical Biosciences 215

      Pages: 105-114

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] グリッド向け遺伝的アルゴリズムによる大規模最適化2008

    • Author(s)
      小野功
    • Journal Title

      計測と制御 47

      Pages: 473-479

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Agent-Based Simulation on Women's Role in a Family Line on Civil Service Examination in Chinese History2008

    • Author(s)
      Yang, C., Kurahashi, S., Ono, I. and Terano, T.
    • Journal Title

      The Fifth Conference of The European Social Simulation Association(ESSA2008) (CD-ROM)

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] グリッド向けGAフレームワークによる逆シミュレーションの高速化2008

    • Author(s)
      小野功, 楊超, 岡本正宏, 寺野隆雄, 倉橋節也
    • Organizer
      第52回システム制御情報学会研究発表講演会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2008-05-16

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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