2007 Fiscal Year Annual Research Report
データグリッドによる異分野科学データベース統合技術の開発
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19024050
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
松田 秀雄 Osaka University, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
竹中 要一 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (00324830)
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| Keywords | データグリッド / 情報システム / 大規模ファルシステム / 異種データベース / バイオインフォマティクス |
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| Research Abstract |
広域に散在し、大容量化かつ多様化する科学データに対するスケーラブルな情報統合とそれにより得られる異分野科学データベースの横断的検索を、データグリッド技術を基盤としたワークフローによる動的な統合として実現することを研究目的として、以下の研究を行った。
1.データグリッド・サービスの導入による個別DBシステムの高機能化
データグリッド・サービスの一つであるデータステージングを導入することで、ゲノムDBから比較対象となるゲノムデータを抽出し、比較解析を行う計算ノードに転送して、解析を実施するシステムを開発した。比較解析の対象となるゲノムの数に応じて、利用する計算ノードの数を自由に拡張することができ、比較解析の計算量に射するスケーラビリティを達成することができた。また、化合物DBにおいて、特定の部分構造の有無に着目した類似構造検索のための新しい類似尺度を考案した。これにより、類似構造検索の精度を従来の検索手法よりも上げることができた。
2.ワークフローに基づく動的なデータベース統合の実現
複数のデータベースにまたがる横断的な検索において、あるDBの問合せ結果を、その結果と統合すべき次の間合せを実行するDBシステムにデータ転送を行うゲートウェイサービスを開発した。これにより、ワークフロー・エンジンが、個別DBシステムの持つデータグリッド・サービスを連携することで、ユーザの作成したワークフローに基づく動的なデータベース統合を実現した。
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