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2008 Fiscal Year Annual Research Report

大きな揺らぎの存在する媒体中での高分子挙動に関する理論的解析手法の開発とその応用

Research Project

Project/Area Number 19031013
Research InstitutionToyohashi University of Technology

Principal Investigator

墨 智成  Toyohashi University of Technology, 工学部, 助教 (40345955)

KeywordsDNA / 自己凝縮転移 / 塩効果 / 疎水性相互作用 / 密度汎関数理論 / マルチスケールシミュレーション / 液体論
Research Abstract

本研究の目的は大きな揺らぎが存在する媒体中での高分子挙動を理論的に調べる事であるが, 昨年度に行った, 一成分溶媒の気-液臨界点近傍および二成分混合溶媒の液-液相分離臨界点近傍での高分子鎖の解析に引き続き, 今年度は, 電解質水溶液中でのDNA鎖の自己凝縮転移に関する研究を行った.
DNA鎖は電解質水溶液中において, 負に帯電した荷電高分子鎖となり, 鎖内のクーロン反発によって, ランダムコイルを形状する. この状態に, 三価ポリアミンであるスペルミジン(SPD^<3+>)を数から数十mM程度添加すると, 環状コイル形状へ自己凝縮転移する現象が観測されている.また, 温度変化に関しては, 低温でランダムコイル形成をとるDNA鎖は, 温度上昇に伴い環状コイルへ自己凝縮転移する観測結果が報告されている.
一般に電解質水溶液中での荷電高分子鎖(DNAの粗視化モデル)のブラウニアン動力学法では, 水は連続誘電体とし, イオンは荷電粒子としてモデル化する.このモデルにおける自己凝縮転移のメカニズムとしては, 多価イオンのイオン強結合による電荷秩序状態の形成が考えられるが, 水を露に考慮しないこのモデル化では, 自己凝縮転移を再現する事は出来なかった. また, 温度変化に関しては, 温度の上昇により慣性半径が増加する(実験とは逆の)結果が得られた. そこで我々は, タンパク質の天然構造の安定性において重要となる疎水性相互作用に着目し, 水の凝集性液体としての性質(強い界面張力)を考慮した電解質水溶液モデルを構築した. この粗視化モデルに対して, 密度汎関数理論(DFT)に基づく液体論的手法を用いたマルチスケールシミュレーション法を適用し, 荷電高分子鎖(DNA鎖)の自己凝縮現象について解析を行った.その結果, SPD^<3+>の添加および温度上昇に伴う自己凝縮転移を定性的に再現出来る事が示された.また, 溶媒和自由エネルギーの解析から, SPD^<3+>の添加および温度上昇により, 溶媒和自由エネルギーが大きく上昇する事が分かった.これらの結果から, (a)SPD^<3+>の添加に伴う疎水性相互作用の強化, (b)温度上昇に伴う水和エントロピーの増加に起因した疎水性相互作用の強化, が電解質水溶液の貧溶媒化を導き, これが自己凝縮転移の駆動力となる事が示された.本研究で考慮した電解質水溶液における水の寄与は, タンパク質やコロイドの塩析に関する現象を記述するのに必要不可欠であり, ソフトマター物理においても重要な要素の一つであると考えられる.

  • Research Products

    (10 results)

All 2009 2008

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (9 results)

  • [Journal Article] Critical Casimir effect in a polymer chain in supercritical solvent2009

    • Author(s)
      Tomonari Sumi, Nobuyuki I mazaki, and Hideo Sekino
    • Journal Title

      Physical Review E 79

      Pages: 030801(R)1-4

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 粗視化高分子モデルを用いたタンパク質の熱変性メカニズムの解析2009

    • Author(s)
      墨智成,今崎伸幸,関野秀男
    • Organizer
      日本物理学会第64回年次大会
    • Place of Presentation
      立教大学
    • Year and Date
      2009-03-28
  • [Presentation] 電解質水溶液中でのDNA鎖の自己凝縮転移 : 水と塩による溶媒和現象2009

    • Author(s)
      墨智成, 鈴木千秋, 関野秀男
    • Organizer
      第3回特定領域研究会(依頼講演)
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      2009-01-07
  • [Presentation] DNAの自己凝縮転移 : 高分子電解質系における疎水性相互作用の重要性2008

    • Author(s)
      墨智成, 鈴木千秋, 関野秀男
    • Organizer
      第22回分子シミュレーション討論会(依頼講演)
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2008-11-21
  • [Presentation] 多価塩存在下でのDNAの自己凝縮転移 : 水と塩による疎水性水和現象2008

    • Author(s)
      墨智成, 鈴木千秋, 関野秀男
    • Organizer
      第9回大つくば物理化学セミナー(招待講演)
    • Place of Presentation
      城西大学
    • Year and Date
      2008-11-21
  • [Presentation] 一価および多価塩存在下でのDNA鎖の自己凝縮転移 : 高分子電解質系における疎水性相互作用の解析2008

    • Author(s)
      墨智成, 鈴木千秋, 関野秀男
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      2008-09-26
  • [Presentation] 障害物固定粒子存在下での粒子の拡散 : マスター方程式によるアプローチ2008

    • Author(s)
      墨智成, 関野秀男, 田中善喜
    • Organizer
      日本物理学会2008秋季大会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-22
  • [Presentation] Behavior of a polymer chain immersed in a binary mixture of solvents near the liquid-liquid phase separation2008

    • Author(s)
      Tomonari Sumi, Kazuhiko Koba yashi, and Hideo Sekino
    • Organizer
      7th Liquid Matter □Conference
    • Place of Presentation
      Lund University, Lund, Sweden
    • Year and Date
      2008-06-29
  • [Presentation] Universal and Characteristic Phenomena of a Polymer Chain Immersed in a Supercritical Solvent Near the Critical Point2008

    • Author(s)
      Tomonari Sumi, Nobuyuki Imazaki, and Hideo Sekino
    • Organizer
      International Symposium on Non-Equilibrium Soft Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2008-06-03
  • [Presentation] 超臨界流体中における溶質の揺らぎ : ポジトロン消滅と高分子鎖の凝縮・膨潤2008

    • Author(s)
      墨智成, 今崎伸幸, 関野秀男
    • Organizer
      第11回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学
    • Year and Date
      2008-05-24

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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