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2008 Fiscal Year Annual Research Report

実用化に向けた酸素添加酵素の分子設計

Research Project

Project/Area Number 19105004
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

渡辺 芳人  Nagoya University, 物質科学国際研究センター, 教授 (10201245)

KeywordsP450 / 酸化反応 / 過酸化水素 / 水酸化反応 / エポキシ化反応
Research Abstract

昨年度の研究で、P450_<BSβ>に対してdecoy分子を用いることでオレフィンのエポキシ化やベンジル位の水酸化を達成していたが、分子レベルで、decoy分子の役割、基質非結合時に過酸化水素の消費を防ぐ作用機構は全く不明であった。そこで、基質非結合及びdecoy分子結合型P450_<BSβ>の結晶化に取り組んだ。最終的に、両者の結晶化及び構造解析に成功した。decoy分子としてヘプタン酸を取り込んだP450_<BSβ>の構造解析では、242番目のアルギニンの近傍にヘプタン酸のカルボキシル基に対応すると考えられる電子密度がみられ、ヘプタン酸のカルボキシル基が、長鎖脂肪酸のそれと同じようにO-O結合のイオン的解裂を促進していると考えられる。また、ヘプタン酸のアルキル鎖に対応する電子密度が見られないことから、アルキル鎖部分は固定化されずに揺らいでいることが示唆された。このことは、ヘプタン酸が水酸化反応を受けない事実を支持している。さらに、基質非結合P450_<BSβ>の構造と、上記構造および報告済みの基質結合型P450_<BSβ>の構造を比較したところ、i)基質結合チャネルのアミノ酸側鎖は、基質非結合時は柔軟な構造を取っているのに対し、基質結合により固くなること(基質の固定化)、ii)ロイシン70が、基質非結合では親水性チャネルを塞ぎ、基質およびdecoy分子結合型では親水性チャネルを解放状態にしていることが明らかとなった。このことは、基質非結合型では酸化剤である過酸化水素がヘム活性中心に入ることが出来ず、酸化反応は進行しないが、基質やdecoy分子の存在で過酸化水素が活性中心に取り込まれ、酸化反応が進行するという機構を示していると考えられる。

  • Research Products

    (14 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (7 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Process of Accumulation of Metal Ions on the Interior Surface of apo-Ferritin : Crystal Structures of a Series of apo-Ferritins Containing Variable Quantities of Pd (II) Ions2009

    • Author(s)
      T. Ueno, M. Abe, K. Hirata, S. Abe, M. Suzuki, N. Shimizu, M. Yamamoto, M. Takata, Y. Watanabe
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc. 131

      Pages: 5094-5100

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of Intermolecular Electron Transfer in the Photoexcited Zn-Substituted Cytochrome c : Theoretical and Experimental Perspective2008

    • Author(s)
      Y. Tokita, J. Shimura, H. Nakajima, Y. Goto, Y. Watanabe
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc. 130

      Pages: 5302-5310

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Control of the Coordination Structure of Organometallic Palladium Complexes in an apo-Ferritin Cage2008

    • Author(s)
      S. Abe, J. Niemeyer, A. Abe, Y. Takezawa, T. Ueno, T. Hikage, G. Erker, Y. Watanabe
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc. 130

      Pages: 10512-10514

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Engineering of Thermus Thermophilus Cytochrome c552 : Thermally Tolerant Artificial Peroxidase2008

    • Author(s)
      H. Nakajima, Y. Ichikawa, Y. Satake, N. Takatani, S. K. Manna, J. Rajbongshi, S. Mazumdar, Y. Watanabe
    • Journal Title

      ChemBioChem 9

      Pages: 2954-2957

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Noncovalent insertion of ferrocenes into the protein shell of apo-ferritin2008

    • Author(s)
      J. Niemeyer, S. Abe, T. Hikage, T. Ueno, G. Erker, Y. Watanabe
    • Journal Title

      Chem. Commun. 48

      Pages: 6519-6521

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 有機金属酵素創製の試み2008

    • Author(s)
      渡辺芳人
    • Journal Title

      Organo Metallic NEWS

      Pages: 158-164

  • [Presentation] Molecular Design of Organometalloproteins2009

    • Author(s)
      Y. Watanabe
    • Organizer
      The 1st G-COE International Symposium on Elucidation and Design of Materials and Molecular Functions
    • Place of Presentation
      Nagoya, Japan
    • Year and Date
      20090113-20090114
  • [Presentation] Construction of Organometalloproteins : A New Approach for Bioinorganic Chemistry2008

    • Author(s)
      Y. Watanabe
    • Organizer
      The 4th Asian Biological Inoreaic Chemistry Conference
    • Place of Presentation
      Cheju, Korea
    • Year and Date
      20081110-20081113
  • [Presentation] Hydrogen Peroxide-Dependent Monooxygenations of Non-Natural Substrates Induced by a Substrate-Misrecognition of Cytochrome P450_<BSβ>2008

    • Author(s)
      Y. Watanabe, O. Shoji, T. Fujishiro, H. Nakajima
    • Organizer
      International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines
    • Place of Presentation
      Moscow, Russia
    • Year and Date
      20080706-20080711
  • [Presentation] Proteins are Great Playgrounds of Coordination Chemistry2008

    • Author(s)
      渡辺芳人
    • Organizer
      第18回金属の関与する生体関連反応シンポジウム(SRM2008)
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20080605-20080606
  • [Presentation] Coordination Chemistry on Protein Super Structures2008

    • Author(s)
      Y. Watanabe
    • Organizer
      The 5th joint IRTG SYMPOSIUM between Nagoya University and University of Mtinster
    • Place of Presentation
      Munster, Germany
    • Year and Date
      20080501-20080502
  • [Presentation] 有機金属酵素の創製2008

    • Author(s)
      渡辺芳人
    • Organizer
      近畿化学協会有機金属部会第2回(東京)例会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-06-25
  • [Presentation] Molecular Design of Organometalloprotein2008

    • Author(s)
      Y. Watanabe
    • Organizer
      IISc-Nagoya University Joint Science and Technology Seminar : From Nanoscience to Atmospheric Science
    • Place of Presentation
      Bangalore, India
    • Year and Date
      2008-06-16
  • [Remarks]

    • URL

      http://bioinorg.chem.nagoya-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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