2009 Fiscal Year Annual Research Report
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19200022
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
阿久津 達也 Kyoto University, 化学研究所, 教授 (90261859)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川端 猛夫 京都大学, 化学研究所, 教授 (50214680)
林田 守広 京都大学, 化学研究所, 助教 (40402929)
永持 仁 京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)
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| Keywords | 特徴ベクトル / グラフ理論 / RNA二次構造 / タンパク質立体構造 / 化学構造 / 立体異性体 / 木構造 / 外平面的グラフ |
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| Research Abstract |
平成21年度は以下の報告を行った。なお、本研究を発展させることを目的として前年度申請を行っていた「離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法」が基盤研究Aに採択されたため、本研究は平成21年度をもって終了した。
1、化学構造数え上げサーバEnuMolの開発
昨年度から開発を進めていた化学構造数え上げサーバの第一版を完成させEnuMolを名づけ公開した。このサーバでは与えられた特徴ベクトルを満たす木状の化学構造を列挙するものであり、結果はグラフィクス形式で見ることができ、また、ファイル形式でダウンロードすることもできる。
2、木状の化学構造の数え上げ
これまでに開発してきた木状の化学構造の数え上げアルゴリズムにレベル1およびレベル2のDetachment Cutを組み込んだアルゴリズムを開発・実装し、以前に手法に対する優位性を示し、さらに論文として成果を完成させた。また、外平面的グラフの数え上げアルゴリズムなどに関する理論的研究を進展させた。
3、立体異性体の数え上げ
以前より開発してきた木状化合物の立体異性体の数え上げ手法の詳細を完全なものとし、国際会議論文として発表した。
4、RNA二次構造予測法およびタンパク構造解析法
新規化合物設計のためにはタンパク質やRNAの解析も有用である。そこで、相互作用するRNA二次構造の予測手法やタンパク質の残基露出度の推定手法を開発した。
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