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2009 Fiscal Year Annual Research Report

グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法

Research Project

Project/Area Number 19200022
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

阿久津 達也  Kyoto University, 化学研究所, 教授 (90261859)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川端 猛夫  京都大学, 化学研究所, 教授 (50214680)
林田 守広  京都大学, 化学研究所, 助教 (40402929)
永持 仁  京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)
Keywords特徴ベクトル / グラフ理論 / RNA二次構造 / タンパク質立体構造 / 化学構造 / 立体異性体 / 木構造 / 外平面的グラフ
Research Abstract

平成21年度は以下の報告を行った。なお、本研究を発展させることを目的として前年度申請を行っていた「離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法」が基盤研究Aに採択されたため、本研究は平成21年度をもって終了した。
1、化学構造数え上げサーバEnuMolの開発
昨年度から開発を進めていた化学構造数え上げサーバの第一版を完成させEnuMolを名づけ公開した。このサーバでは与えられた特徴ベクトルを満たす木状の化学構造を列挙するものであり、結果はグラフィクス形式で見ることができ、また、ファイル形式でダウンロードすることもできる。
2、木状の化学構造の数え上げ
これまでに開発してきた木状の化学構造の数え上げアルゴリズムにレベル1およびレベル2のDetachment Cutを組み込んだアルゴリズムを開発・実装し、以前に手法に対する優位性を示し、さらに論文として成果を完成させた。また、外平面的グラフの数え上げアルゴリズムなどに関する理論的研究を進展させた。
3、立体異性体の数え上げ
以前より開発してきた木状化合物の立体異性体の数え上げ手法の詳細を完全なものとし、国際会議論文として発表した。
4、RNA二次構造予測法およびタンパク構造解析法
新規化合物設計のためにはタンパク質やRNAの解析も有用である。そこで、相互作用するRNA二次構造の予測手法やタンパク質の残基露出度の推定手法を開発した。

  • Research Products

    (10 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Cascleave : towards more accurate prediction of caspase substrate cleavage sites2010

    • Author(s)
      J.Song, H.Tan, H.Shen, K.Mahmood, S.E.Boyd, G.I.Webb, T.Akutsu, J.C.Whisstock
    • Journal Title

      Bioinfornatics 26

      Pages: 752-760

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Branch-and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut2010

    • Author(s)
      Y.Ishisa, Y.Kato, L.Zhao, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • Journal Title

      Journal of Chemical Information and Modeling 50(採録決定)

      Pages: 834-946

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic programming algorithms and grammatical modeling for protein beta-sheet prediction2009

    • Author(s)
      Y.Kato, T.Akutsu, H.Seki
    • Journal Title

      Journal of Computational Biology 16

      Pages: 945-957

  • [Journal Article] Prodepth : predict residue depth by support vector regression approach from sequences only2009

    • Author(s)
      J.Song, H.Tan, K.Mamhood, R.H.P Law, A.M.Buckle, G.I.Webb, T.Akutsu, J.C.Whisstock
    • Journal Title

      PLoS ONE 4

      Pages: e7072

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming2009

    • Author(s)
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • Journal Title

      Lecture Notes in Computer Science 5878

      Pages: 14-23

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Dynamic programming algorithms for RNA structure prediction with binding sites2010

    • Author(s)
      U.Poolsap, Y.Kato, T.Akutsu
    • Organizer
      Pacific Symposium on Biocomputing 2010(PSB 2010)
    • Place of Presentation
      Fairmont Orchid, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2010-01-07
  • [Presentation] Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynanic programming2009

    • Author(s)
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • Organizer
      20th International Symposium on Algorithms and Computation(ISAAC 2009)
    • Place of Presentation
      Ala Moana Hotel, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2009-12-16
  • [Presentation] 木構造および化学構造に対する特徴ベクトル : 埋め込み、検索、構造推定2009

    • Author(s)
      阿久津達也
    • Organizer
      第12回情報論的学習理論ワークショップ
    • Place of Presentation
      九州大学医学部 百年講堂
    • Year and Date
      2009-10-20
  • [Presentation] 化合物に対するカーネル法 : 分類から設計へ2009

    • Author(s)
      阿久津達也
    • Organizer
      第41回 人工知能学会 分子生物情報研究会
    • Place of Presentation
      京都大学 工学部10号館
    • Year and Date
      2009-08-28
  • [Remarks] 化学構造数え上げサーバEnuMol

    • URL

      http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/tools/enumol/

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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