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2010 Fiscal Year Annual Research Report

人工塩基対システムによる高機能核酸の創製

Research Project

Project/Area Number 19201046
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

平尾 一郎  独立行政法人理化学研究所, 核酸合成生物学研究チーム, チームリーダー (50173216)

Keywords生体分子 / バイオテクノロジー / 核酸 / 人工塩基対 / アプタマー / 進化工学
Research Abstract

新規高機能性の核酸分子を創製するために、申請者らが開発した人工塩基対による遺伝情報の拡張システムを用いた新たな進化工学の基盤技術を創出する。具体的には、複製や転写で機能する人工塩基対を種々の機能性の置換基で修飾し、この修飾人工塩基を含む核酸のライブラリーを作成することにより、高機能核酸アプタマーなどを創出する新たな手法を開発する。
これまでに、本手法用の人工塩基対が開発できたので、本年度はこの人工塩基対に機能性置換基を結合したものを用いて、進化工学用のライブラリーの増幅の条件検討、並びに、進化工学の手法を実施した。昨年度までに種々の機能性置換基を結合した修飾塩基を合成し、アプタマーの作成を実施し、種々の修飾塩基の中から、核酸アプタマーとしての機能を著しく向上させられる置換基を決定した。そして、この修飾人工塩基を用いた進化工学の手法を確立し、標的タンパク質に対する核酸アプタマーを作成する新たな系を創出することができた。
さらに本課題の実施過程において、作成した人工塩基にチオールを結合した修飾塩基が強い蛍光性を示すことを見出し(JACS,132,4988,2010)、さらに、この塩基の相補塩基である人工塩基が消光基として機能することを発見した(JACS,132,15418,2010)。その結果、本塩基対は蛍光性の人工塩基と消光性の人工塩基から成る塩基対であり、二本鎖DNA中で本人工塩基対が形成されると蛍光を発せず、二本鎖が変性されると、本DNAの溶液の蛍光を観測することができる。このユニークな人工塩基対を用いて、モレキュラービーコンやリアルタイムPCRの新たな手法を考案し、機能性核酸を作成するための新たなビルディングブロックを得ることができた。

  • Research Products

    (23 results)

All 2010 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (15 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] A new unnatural base pair system between fluorophore and quencher base analogues for nucleic acid-based imaging technology.2010

    • Author(s)
      Michiko Kimoto
    • Journal Title

      J Am.Chem.Soc.

      Volume: 132 Pages: 15418-15426

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Site-specific fluorescent probing of RNA molecules by unnatural base-pair transcription for local structural conformation analysis.2010

    • Author(s)
      Yasushi Hikida
    • Journal Title

      Nature Protocols

      Volume: 5 Pages: 1312-1323

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A unique fluorescent base analogue for the expansion of the genetic alphabet.2010

    • Author(s)
      Michiko Kimoto
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc.

      Volume: 132 Pages: 4988-4989

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 人工塩基対の開発によるDNAテクノロジーの進歩2010

    • Author(s)
      平尾一郎
    • Journal Title

      医学の歩み

      Volume: 232 Pages: 933-934

  • [Journal Article] Unnatural base pair systems for sensing and diagnostic applications.

    • Author(s)
      Michiko Kimoto
    • Journal Title

      Expert Rev.Mol.Diagn.

      Volume: (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Site-specific incorporation of a fluorescent nucleobase analogue into nucleic acids using an unnatural base pair system.2010

    • Author(s)
      Michiko Kimoto
    • Organizer
      Pachifichem 2010
    • Place of Presentation
      米国・ハワイ
    • Year and Date
      2010-12-19
  • [Presentation] Unnatural base pair systems for DNA/RNA biotechnology.2010

    • Author(s)
      Ichiro Hirao
    • Organizer
      Pachifichem 2010
    • Place of Presentation
      米国・ハワイ
    • Year and Date
      2010-12-18
  • [Presentation] 核酸の起源:非天然型ヌクレオチドの可能性2010

    • Author(s)
      平尾一郎
    • Organizer
      BMB2010 第33回日本分子生物学会年会・第63回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] 高効率でPCR可能な人工塩基対システムの最適化2010

    • Author(s)
      木本路子
    • Organizer
      BMB2010 第33回日本分子生物学会年会・第63回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] Development of unnatural fluorophore-quencher base pair systems for the expansion of the genetic alophabet.2010

    • Author(s)
      Michiko Kimoto
    • Organizer
      第37回国際核酸化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2010-11-12
  • [Presentation] Site-specific Incorporation of a Unique Fluorescent Base Analogue into DNA and RNA using an Unnatural Base Pair System.2010

    • Author(s)
      Michiko Kimoto
    • Organizer
      IRT2010 : International Roundtable on NNN
    • Place of Presentation
      フランス・リヨン
    • Year and Date
      2010-09-01
  • [Presentation] Unnatural Base Pair Systems for the Expansion of the Genetic Alphabet.2010

    • Author(s)
      Ichiro Hirao
    • Organizer
      IRT2010 : International Roundtable on NNN
    • Place of Presentation
      フランス・リヨン
    • Year and Date
      2010-08-30
  • [Presentation] 核酸塩基の起源-人工塩基対の創出2010

    • Author(s)
      平尾一郎
    • Organizer
      日本進化学会第12回東京大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-08-05
  • [Presentation] 人工塩基対システムによる機能性核酸の蛍光標識化2010

    • Author(s)
      木本路子
    • Organizer
      第12回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-07-29
  • [Presentation] 人工塩基対技術による標的遺伝子の検出2010

    • Author(s)
      平尾一郎
    • Organizer
      第231回液体クロマトグラフィー研究懇談会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-06-25
  • [Presentation] DNAの文字を増やす:人工塩基対の創出2010

    • Author(s)
      平尾一郎
    • Organizer
      日本生化学会北陸支部第28回大会
    • Place of Presentation
      福井
    • Year and Date
      2010-05-29
  • [Presentation] PCR amplification and transcription by a hydrophobic unnatural base pair system for site-specific RNA labeling.2010

    • Author(s)
      Michiko Kimoto
    • Organizer
      EVOLVING DNA POLYMERASES : CHEMISTRY MEETS BIOLOGY
    • Place of Presentation
      スイス・モンテヴェリタ
    • Year and Date
      2010-05-12
  • [Presentation] Unnatural base pair specificity in PCR with DNA polymerase.2010

    • Author(s)
      Rie Yamashige
    • Organizer
      EVOLVING DNA POLYMERASES : CHEMISTRY MEETS BIOLOGY
    • Place of Presentation
      スイス・モンテヴェリタ
    • Year and Date
      2010-05-12
  • [Presentation] Development of unnatural base pairs for the expansion of the genetic alphabet.2010

    • Author(s)
      Ichiro Hirao
    • Organizer
      EVOLVING DNA POLYMERASES : CHEMISTRY MEETS BIOLOGY
    • Place of Presentation
      スイス・モンテヴェリタ
    • Year and Date
      2010-05-11
  • [Presentation] Unnatural Base Pair Systems for Diagnostic Applications.2010

    • Author(s)
      Ichiro Hirao
    • Organizer
      TIDES : 2010
    • Place of Presentation
      米国・ボストン
    • Year and Date
      2010-04-28
  • [Remarks]

    • URL

      http://protein.gsc.riken.jp/hirao/index.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 消光性ならびに蛍光性の核酸塩基類似体とその応用2010

    • Inventor(s)
      平尾一郎、平尾路子、横山茂之、三井雅雄
    • Industrial Property Rights Holder
      理化学研究所、タグシクスバイオ株式会社
    • Industrial Property Number
      特願2010-98319
    • Filing Date
      2010-04-21
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 機能性核酸の安定化2010

    • Inventor(s)
      平尾一郎、平尾路子、劉爽、野澤巌
    • Industrial Property Rights Holder
      理化学研究所、タグシクスバイオ株式会社
    • Industrial Property Number
      特願2010-96520
    • Filing Date
      2010-04-19

URL: 

Published: 2012-07-19  

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