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2008 Fiscal Year Annual Research Report

湿度制御X線回折実験による蛋白質内部運動と水和構造変化の相関に関する研究

Research Project

Project/Area Number 19204042
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

中迫 雅由  Keio University, 理工学部, 教授 (30227764)

Keywords蛋白質水和 / 蛋白質結晶学 / 湿度制御 / 光受容蛋白質 / 脱炭酸酵素 / 分子動力学計算 / 脱水素酵素 / 受容体蛋白質
Research Abstract

蛋白質結晶周辺の湿度を人為的に制御することで結晶内での分子間相互作用を制御できる可能性が示されてきた。分解能の大幅な改善や急速冷却に伴う結晶配列の乱れの軽減などの成果が得られている。前年度に引き続いて、装置開発を進めた結果、湿潤空気流量300〜450ml/minで相対湿度20〜96%rhの範囲で実験を行うことが可能な装置を完成するとともに、その実験手順を確立した。長時間のデータ収集中、結晶周辺は一定の温湿度環境に保たれる必要があるが、種々の調整の結果、温度揺らぎ0.3K、湿度揺らぎ1%rhの安定な環境が実現されてた。標準試料リゾチームでは、相対湿度に応じた分解能、結晶格子定数や結晶体積の可逆的変化が精度良く再現された。この装置をグルタミン酸脱水素酵素、シタロン脱水酵素、アセチルコリン受容体、アリールマロン酸脱炭酸酵素の結晶などに適用した。本装置は、結晶内部での蛋白質分子のパッキングや揺らぎの制御による蛋白質結晶の質的改善、膜蛋白質など、生物学的・薬学的な興味から構造解析が希求されているにも関わらず、高分解能結晶の作成が困難な蛋白質の結晶構造解析についても威力を発揮すると期待される。
また、装置開発と並行して、温度を軸に取ったサブゼロ温度領域で蛋白質のダイナミクスを探る実験、アリールマロン酸脱炭酸酵素、フォトトロピン光受容ドメイン、多重基質アミノ基転移酵素などの新規な蛋白質についての結晶構造解析や、分子動力学計算を通じた蛋白質の運動と水和構造変化の相関解析のプログラム開発を実施した。研究成果については、順次投稿準備を始めた。

  • Research Products

    (19 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (12 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] タンパク質内部運動に伴う水和構造変化を探る2008

    • Author(s)
      中迫雅由
    • Journal Title

      日本結晶学会誌 51

      Pages: 37-39

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of LOV1-dimerization of Arabidopsis phototropin 1 and 22008

    • Author(s)
      M. Nakasako, et al.
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology 381

      Pages: 718-733

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray diffraction experiments of arylma lonate decarboxylase from Alcaligenes bronchisepticus2008

    • Author(s)
      M. Nakasako, et al.
    • Journal Title

      Acta Crystallographica F64

      Pages: 610-613

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray diffraction experiments of LOV1 domains of phototropin 1 and 2 from Arabidopsis thaliana2008

    • Author(s)
      M. Nakasako, et al.
    • Journal Title

      Ada Crystallographica F64

      Pages: 617-621

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] タンパク質の水和構造を探る2008

    • Author(s)
      中迫雅由
    • Journal Title

      Molecular Science Journal 2

      Pages: A0022

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 非弾性散乱の生物への応用について2008

    • Author(s)
      城地保昌, 中迫雅由, 難波啓一
    • Journal Title

      日本結晶学会誌 50

      Pages: 78-82

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 蛋白質結晶湿度制御装置の開発2009

    • Author(s)
      高山裕貴, 中迫雅由
    • Organizer
      第22回日本放射光学会年会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-01-12
  • [Presentation] How blue light regulates kinase activity of phototropin (Invited Talk)2008

    • Author(s)
      Satoru Tokutomi, Daisuke Matsuoka, Kazunori zikihara, Koji Okajima, Hitomi Katsura, Shizue Yoshihara, Masavoshi Nakasako
    • Organizer
      34th American Society for Photobiology Meeting
    • Place of Presentation
      California, USA
    • Year and Date
      20080600
  • [Presentation] 細胞の空間階層X線ィメージングの現在と未来への期待(招待講演)2008

    • Author(s)
      中迫雅由
    • Organizer
      自然科学研究機構平成20年度"自然科学における階層と全体シンポジウム
    • Place of Presentation
      蒲郡、愛知
    • Year and Date
      2008-12-16
  • [Presentation] 蛋白質の運動と連動する水和水のコヒーレントな集団運動の探索(招待講演)2008

    • Author(s)
      中迫雅由
    • Organizer
      特定領域「高次系分子科学」第二回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] データベース解析に基づく蛋白質の水和構造予測2008

    • Author(s)
      松岳大輔, 中迫雅由
    • Organizer
      特定領域「高次系分子科学」第二回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] 蛋白質の運動と連動する水和水のコヒーレントな集団運動の探索2008

    • Author(s)
      中迫雅由
    • Organizer
      特定領域「高次系分子科学」第二回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] “Structural basis for the enantioselective decarboxylation by arylmalonate decarboxylase2008

    • Author(s)
      Rika Obata, Masayoshi Nakasako, K enji Miyamoto, Hiromichi Ohta
    • Organizer
      XXI Congress of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka, Japan
    • Year and Date
      2008-08-27
  • [Presentation] Prediction of hydration structures around polar protein atoms through a data-base analysis2008

    • Author(s)
      Daisuke Matsuoka, Masayoshi Nakasako
    • Organizer
      XXI Congress of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka, Japan
    • Year and Date
      2008-08-25
  • [Presentation] Hydration structure changes around proteins at work (Invited Talk)2008

    • Author(s)
      Masayoshi Nakasako Mitsunori Ikeguchi
    • Organizer
      XXI Congress of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka, Japan
    • Year and Date
      2008-08-24
  • [Presentation] データベース解析から予測される膜蛋白質の膜貫通領域における水和構造(招待講演)2008

    • Author(s)
      松岳大輔, 中迫雅由
    • Organizer
      特定領域「高次系分子科学」ミニ公開シンポジウム「プロトンポンプを考える」
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2008-08-06
  • [Presentation] タンパク質の水和構造を探る2008

    • Author(s)
      中迫雅由
    • Organizer
      東京工業大学 資源化学研究所セミナー
    • Place of Presentation
      東京工業大学(長津田)
    • Year and Date
      2008-06-13
  • [Presentation] データベース解析によるタンパク質の水和構造予測2008

    • Author(s)
      松岳大輔, 中迫雅由
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-06-10
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.phys.keio.ac.jp/guidance/labs/nakasako/nakasako-lab.html

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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