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2009 Fiscal Year Self-evaluation Report

Higher-order genomic structure and subcellular organization

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 19207001
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Genetics/Genome dynamics
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

TAKEYASU Kunio  Kyoto University, 大学院・生命科学研究科, 教授 (40135695)

Project Period (FY) 2007 – 2010
Keywordsゲノム構築 / 機能 / 再編 / 発現 / 維持
Research Abstract

(I)高次ゲノム構築の一般原理の解明
再構成系を用いて真核生物のクロマチン高次折りたたみ機構を解明すると共に、染色体・核様体構造を代表的な生物クラス間で比較し、さらにバイオインフォマティクスを用いた比較ゲノム解析を行うことで、真核生物間および原核生物間で特異的あるいは普遍的なゲノム高次構造の構築機構を明らかにする。
(II)核内タンパク質と高次クロマチンとの相互作用様式の解明
核内でクロマチンの高次折りたたみに関与していると考えられるタンパク質に注目し、それを含んだクロマチン高次複合体の再構成を目指す。たとえば、核マトリクスタンパク質であるII型トポイソラーゼ(トポII)に注目し、トポIIを加えた再構成クロマチンファイバーの構造を、原子間力顕微鏡を用いた1分子イメージング法等により解析する。また、ヒストンシャペロンなどのクロマチン結合タンパク質の作用様式を解明する。
(III)核膜と高次クロマチンとの相互作用様式の解明
クロマチンと核膜との相互作用は、染色体の核内配置、遺伝子の機能発現、染色体分配等に重要な役割を果たしている。
高次クロマチンファイバーと核膜との結合がいかにして制御されているかを、1分子力計測等の技術を用いて解明する。

  • Research Products

    (10 results)

All 2010 2009 2007

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Book (4 results)

  • [Journal Article] Molecular Dynamics of DNA and Nucleosomes in Solution Studied by Fast-scanning Atomic Force Microscopy2010

    • Author(s)
      Y. Suzuki, Y Higuchi, K. Hizume, M. Yokokawa, S. H. Yoshimura, K. Yoshikawa, K. Takeyuasu
    • Journal Title

      Ultramicroscopy (In Press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-molecule Anatomy by Atomic Force Microscopy and Recognition Imaging2010

    • Author(s)
      H. Takahashi, K. Hizume, M. Kumeta, S. H. Yoshimura, K. Takeyasu
    • Journal Title

      Arch. Histology and Cytology (In Press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell Cycle-Dependent Phosphorylation of MAN-12009

    • Author(s)
      Y. Hirano, Y. Iwase, K. Ishii, M. Kumeta, T. Horigome, K. Takeyasu
    • Journal Title

      Biochemistry 48

      Pages: 1636-1643

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Removal of histone tails from nucleosome dissects the physical mechanisms of salt-induced aggregation, linker histone H1-induced compaction and 30-nm fiber formation of the nucleosome array2009

    • Author(s)
      K. Hizume, T. Nakai, S. Araki, E. Prieto, K. Yoshikawa, K. Takeyasu
    • Journal Title

      Ultramicroscopy 109

      Pages: 868-873

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-Molecule Dynamics of the DNA-EcoRII Protein Complexes Revealed with High-Speed Atomic Force Microscopy2009

    • Author(s)
      J. L. Gilmore, Y. Suzuki, G. Tamulaitis, V. Siksnys, K. Takes, Y. L. Lyubchenko
    • Journal Title

      Biochemistry 48 (44)

      Pages: 10492-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-molecule analysis of protein-DNA complexes formed during partition of newly replicated plasmid molecules in Streptococcus pyogenes2009

    • Author(s)
      F. Pratto, Y. Suzuki, K. Takeyasu, J. C. Alonso
    • Journal Title

      J Biol Chem. 284 (44)

      Pages: 30298-306

    • Peer Reviewed
  • [Book] Applied Scanning Probe Methods(Modem Atomic Force Microscopy and Its Application to the Study of Genome Architecture., Vol. 14 ed)2009

    • Author(s)
      Takeyasu K, Maruyama H., Suzuki Y., Hizume K., Yoshimura S. H., B. Bhushan.
    • Publisher
      Springer-Verlag
  • [Book] Bacterial DNA Research Progress(eds Frank Columbus and Lauren Perl, Nucleoid Architecture and Dynamics in Bacteria.)2009

    • Author(s)
      Ohniwa R. L., K. Morikawa, Ohta T., Wada C., Takeyasu K.
    • Publisher
      NOVA Publishers
  • [Book] Chromatin and Disease(eds. T. K Kundu. D. Dipak , Structural organization of dynamic chromatin, Subsellular Biochemistry series, Vol. 41)2009

    • Author(s)
      Hizume K, Yoshimura S. H, Kumeta M, Takeyasu K.
    • Total Pages
      3-28
    • Publisher
      Springer Verlag
  • [Book] Biopolymer Research Trends(ed. Pablo C. Sanchez, Biochemical and biophysical basis of genome folding mechanisms.)2007

    • Author(s)
      Kobori T, Hizume K, Ohniwa R. L, Yoshimura S. H, Takeyasu K.
    • Total Pages
      107-135
    • Publisher
      Nova Science Publishers

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Published: 2011-06-18   Modified: 2014-02-19  

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