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2009 Fiscal Year Annual Research Report

魚類多様性の進化ダイナミクス:網羅的大規模分子系統樹からのアプローチ

Research Project

Project/Area Number 19207007
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

西田 睦  東京大学, 海洋研究所, 教授 (90136896)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 馬渕 浩司  東京大学, 海洋研究所, 助教 (50401295)
宮 正樹  千葉県立中央博物館, 動物研究科, 上席研究員 (30250137)
Keywords進化 / 魚類 / ミトコンドリア / 多様性 / 分子系統 / ウナギ / アンコウ / ニシン
Research Abstract

平成21年度は、昨年度に引き続き、スズキ類(Percomorpha)を中心にミトコンドリアゲノム(ミトゲノム)全長塩基配列のデータ収集をおこなうとともに、多くの目(もく)を対象として、ミトゲノム分析にもとづく系統解析をおこないその結果を取りまとめた。これにより、魚類学上重要な多数の成果を得た。代表的な成果として、1)主要系統群の起源が南アジアであることをつきとめたコイ目の解析;2)淡水ウナギの起源を深海に特定したウナギ目の解析;3)体サイズの極端な小型化が繰り返し起こったことを明らかにしたニシン目の解析、などがある。このうち2)の成果を取り上げ、もう少し詳しく述べる。ウナギ科ウナギ属魚類は、海域で産卵し淡水域で成長する。とくに東アジアの淡水域に生息する「ニホンウナギ」は、3000km以上離れたグアム島沖まで産卵回遊することで有名である。産卵場と生育場との間を回遊する水生生物では、祖先の生息場所は現在の産卵場であると想定されることが多く、ウナギ科魚類についても、これまで漠然と祖先は海に生息していたと考えられてきた。しかし、この仮説をサポートする証拠は無かった。そこで我々は、ウナギ科が属するウナギ目の全19科を網羅した分子系統解析を世界で初めておこなった。その結果、ウナギ科魚類は、外洋中・深層に生息するフウセンウナギ類,シギウナギ科,ノコバウナギ科を含む大きなクレードの内部に位置づけられることが判明した。この系統関係にもとづいて祖先種の生息地を復元したところ、ウナギ科の祖先は深海域に生息していた可能性が非常に高いという結果が得られた。以上の成果は、ウナギの祖先が深海に生息していたという仮説に、世界で初めて系統学的証拠を与える非常に意義深いものとなった。

  • Research Products

    (41 results)

All 2010 2009

All Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 17 results) Presentation (22 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Screening the V2R-type putative odorant receptor gene repertoire in bitterling Tanakia lanceolata.2009

    • Author(s)
      Hashiguchi, Yasuyuki, Mutsumi Nishida.
    • Journal Title

      Gene

      Volume: 441 Pages: 74-79

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Population structure of two closely related pelagic cichlids in Lake Victoria, Haplochromis pyrrhocephalus and H.laparogramma.2009

    • Author(s)
      Maeda, K., M.Takeda, K.Kamiya, M.Aibara, S.I.Mzighani, M.Nishida, S.Mizoiri, T.Sato, Y.Terai, N.Okada, H.Tachida.
    • Journal Title

      Gene

      Volume: 441 Pages: 67-73

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electric charge divergence in proteins : insights into the evolution of their three-dimensional properties.2009

    • Author(s)
      Sato, Y., M.Nishida.
    • Journal Title

      Gene

      Volume: 441 Pages: 3-11

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reconstructing the phylogenetic relationships of the earth's most diverse clade of freshwater fishes-Order Cypriniformes (Actinopterygii : Ostariophysi) : A case ctudy using multiple nuclear loci and the mitochondrial genome.2009

    • Author(s)
      Mayden, R.L., W.J.Chen, H.L.Bart, M.H.Doosey, A.M.Simons, K.L.Tang, R.M.Wood, M.K.Agnew, L.Yang, M.Vincent Hirt, M.D.Clements, K.Saitoh, T.Sado, M.Miya, M.Nishida.
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      Volume: 51 Pages: 500-514

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The historical biogeography of the freshwater knifefishes using mitogenomic approaches : A Mesozoic origin of the Asian notopterids (Actinopterygii : Osteoglossomorpha).2009

    • Author(s)
      Inoue, J.G., Y.Kumazawa, M.Miya, M.Nishida.
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      Volume: 51 Pages: 486-499

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular approaches to the study of biological invasions : applicability to ecosystem management.2009

    • Author(s)
      Nisikawa, U., R.Yonekura, K.Iwasaki, M.Nishida, K.Kawamura, H.Kawai.
    • Journal Title

      Japanese Journal of Ecology

      Volume: 59 Pages: 161-166

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genetic population structure of a reef goby, Bathygobius cocosensis, in the northwestern Pacific.2009

    • Author(s)
      Mukai, T., S.Nakamura, M.Nishida.
    • Journal Title

      Ichthyological Research

      Volume: 56 Pages: 380-387

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation and characterization of 13 microsatellite loci in the nine-spined stickleback (Pungitius pungitius) and cross-species amplification in 5 stickleback species (family Gasterosteidae).2009

    • Author(s)
      Meguro, Y., H.Takahashi, H.Takeshima, M.Nishida, A.Goto.
    • Journal Title

      Conservation Genetics Resources

      Volume: 1 Pages: 31-34

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Temporal pattern of loss/persistence of duplicate genes involved in signal transduction and metabolic pathways after teleost-specific genome duplication.2009

    • Author(s)
      Sato, Y., Y.Hashiguchi, M.Nishida.
    • Journal Title

      BMC Evolutionary Biology

      Volume: 9 Pages: 127

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation and characterization of 12 microsatellite loci for cross-species amplification in the cyprinid gudgeons Squalidus chankaensis and S.japonicus.2009

    • Author(s)
      Kakioka, R., K.Watanabe, H.Takeshima, M.Nishida.
    • Journal Title

      Molecular Ecology Resources

      Volume: 9 Pages: 1141-1144

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mitogenomic evaluation of the unique facial nerve pattern as a phylogenetic marker within the percifom fishes (Teleostei : Percomorpha).2009

    • Author(s)
      Yagishita, N., M.Miya, Y.Yamanoue, S.M.Shirai, K.Nakayama, N.Suzuki, T.P.Satoh, K.Mabuchi, M.Nishida, T.Nakabo.
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      Volume: 53 Pages: 258-266

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ayu (Plecoglossus altivelis) at a contact zone between amphidromous and landlocked forms : genetic analyses of populations in the Yodo River system.2009

    • Author(s)
      Takeshima, H., K.Iguchi, M.Nishida.
    • Journal Title

      Zoological Science

      Volume: 26 Pages: 536-542

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Zooplankton diversity analysis through single-gene sequencing of a community sample.2009

    • Author(s)
      Machida, R.J., Y.Hashiguchi, M.Nishida, S.Nishida.
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 10 Pages: 438

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Whole genome duplication and the evolution of fishes.(in Japanese with English abstract)2009

    • Author(s)
      Sato, Y., M.Nishida.
    • Journal Title

      Japanese Journal of Ichthyology

      Volume: 56 Pages: 89-109

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Divergence time of the two regional medaka populations in Japan as a new time scale for comparative genomics of vertebrates.2009

    • Author(s)
      Setiamarga, D.H.E., M.Miya, Y.Yamanoue, Y.Azuma, J.G.Inoue, N.B.Ishiguro, K.Mabuchi, M.Nishida.
    • Journal Title

      Biology Letters

      Volume: 5 Pages: 812-816

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Higher and lower-level relationships of the deep-sea fish order Alepocephaliformes (Teleostei : Otocephala) inferred from whole mitogenome sequences.2009

    • Author(s)
      Poulsen, J.Y., P.R.Moller, S.Lavoue, M.Miya, S.W.Knudsen, M.Nishida.
    • Journal Title

      Biological Journal of Linnean Society

      Volume: 98 Pages: 923-936

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Behavioral and morphological differences between feral and domesticated strains of common carp.2009

    • Author(s)
      Matsuzaki, S.S., K.Mabuchi, N.Takamura, M.Nishida, I.Washitani.
    • Journal Title

      Journal of Fish Biology

      Volume: 75 Pages: 1206-1220

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 人工種苗アユでも放流河川で再生産に貢献する2010

    • Author(s)
      武島弘彦・高橋芳明・西田睦・坂本崇・井口恵一朗
    • Organizer
      平成22年度日本水産学会春季大会
    • Place of Presentation
      日本大学,藤沢市
    • Year and Date
      2010-03-28
  • [Presentation] 遺伝資源としての魚類:その多様性と保全への展望2010

    • Author(s)
      西田睦
    • Organizer
      日本動物遺伝育種学会・在来家畜研究会合同シンポジウム「日本における遺伝資源の保護と保全への取り組みとその展望~野生動物、動物園および魚類の立場から~」
    • Place of Presentation
      明治大学,東京都
    • Year and Date
      2010-03-27
  • [Presentation] Molecular phylogenetic approach to the diversity of fishes.2010

    • Author(s)
      Nishida, Mutsumi
    • Organizer
      International symposium "Toward developing global genetic diversity assessments"
    • Place of Presentation
      九州大学,福岡
    • Year and Date
      2010-02-06
  • [Presentation] Molecular phylogeny and diversity of the lancelet genus Branchiostoma based on the whole mitochondrial DNA sequencing and supermatrix analysis.2009

    • Author(s)
      Kon, T., Y.Yamanoue, M.Nishida, T.Nishikawa.
    • Organizer
      International Symposium on Marine Genomics 2009
    • Place of Presentation
      Hotel Southern Plaza Kaiho,沖縄
    • Year and Date
      2009-12-16
  • [Presentation] 日本のイトヨ自然集団における嗅覚受容体遺伝子群の適応進化2009

    • Author(s)
      橋口康之・西田睦
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-12
  • [Presentation] マルチプレックスPCR法を用いた日本産マンボウ属2種のミトコンドリアDNAの簡易識別法2009

    • Author(s)
      山野上祐介・馬渕浩司・澤井悦郎・橋本博明・西田睦
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-12
  • [Presentation] シーボルトとビュルゲル収集の日本産コイの標本2009

    • Author(s)
      瀬能宏・馬渕浩司・西田睦
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] ミトコンドリア全長配列に基づくコイ科ラベオ亜科の分子系統解析2009

    • Author(s)
      佐土哲也・斉藤憲治・西田睦・宮正樹
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] ミトコンドリアゲノム全長配列から推定されたクサウオ科内の系統類縁関係2009

    • Author(s)
      佐藤崇・宮正樹・佐土哲也・松本亜沙子・Alan J.Jamieson・藤井豊展・Peter R.Moller・西田睦
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] ミトゲノム超行列に基づくコイ目系統の網羅的解析2009

    • Author(s)
      宮正樹・佐土哲也・西田睦
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] パラオから得られたハゼ亜目シラスウオ属魚類の隠蔽種2009

    • Author(s)
      昆健志・吉野哲夫・西田睦
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] 琉球列島における在来フナと移植フナの分布と生息場所の比較2009

    • Author(s)
      高田未来美・立原一憲・西田睦
    • Organizer
      日本魚類学会年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学,東京都
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] Phylogeny-dependent intron-loss evolution of hatching enzyme genes in Teleostei.2009

    • Author(s)
      Kawaguchi, M., S.Yasumasu, J.Hiroi, I.Iuchi, M.Miya, M.Nishida
    • Organizer
      13th Evolutionary Biology Meeting
    • Place of Presentation
      Marseilles, France
    • Year and Date
      2009-09-23
  • [Presentation] 孵化酵素と卵膜の分子共進化:Fundulusとメダカ間における種特異的卵膜分解機構2009

    • Author(s)
      川口眞理・安増茂樹・清水昭男・井内一郎・西田睦
    • Organizer
      日本動物学会第80回大会
    • Place of Presentation
      静岡グランシップ,静岡市
    • Year and Date
      2009-09-17
  • [Presentation] 嗅覚シグナル伝達経路に関与するフォスフォジエステラーゼ1C遺伝子の多重化がもたらす効果についてのパスウェイシミュレーションを用いた検討2009

    • Author(s)
      佐藤行人・橋口康之・西田睦
    • Organizer
      日本遺伝学会第81回年会
    • Place of Presentation
      信州大学,松本市
    • Year and Date
      2009-09-17
  • [Presentation] 魚類のミトコンドリア系統進化ゲノミクス:現状と展望.ワークショップ「脊椎動物の高次系統と分子進化」2009

    • Author(s)
      宮正樹・西田睦
    • Organizer
      日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      北海道大学,札幌
    • Year and Date
      2009-09-03
  • [Presentation] Cypriniformes Tree of Life : Phylogenetic informativeness of amino acid substitutions and protein structure changes in four nuclear genes for inferring relationships of cypriniform fishes.2009

    • Author(s)
      Bart, H., R.Mayden, R.Wood, A.Simon, K.Saitoh, M.Miya, M.Nishida, P.Reneau, W.J.Chen, K.Tang, T.Sado, M.Doosey, L.Yang, V.Hirt, M.Agnew
    • Organizer
      2009 Annual Meeting of the American Society of Ichthyologists and Herpetologist
    • Place of Presentation
      Portland, Oregon, U.S.A.
    • Year and Date
      2009-07-26
  • [Presentation] Species specificity of egg envelope digestion by hatching enzymes of sticklebacks Gasterosteus aculeatus and Pungitius sinensis : a molecular aspect of coevolution of protease and proteinous substrate.2009

    • Author(s)
      Kawaguchi, M., S.Yasumasu, H.Takahashi, I.Iuchi, M.Nishida.
    • Organizer
      6th International Conference on Stickleback Behaviour and Evolution
    • Place of Presentation
      Leicester, U.K.
    • Year and Date
      2009-07-14
  • [Presentation] 魚類多様性の進化を探る:分子系統学からのアプローチ2009

    • Author(s)
      西田睦
    • Organizer
      日本大学平成21年度大学院特別講義(生物資源科学研究科・生物資源生産科学専攻)
    • Place of Presentation
      日本大学会館,東京
    • Year and Date
      2009-06-24
  • [Presentation] Identification of 10 major lineages within the Clupeoidei based on mitogenomes comparison.2009

    • Author(s)
      Lavoue, S., M.Miya, P.Musikasinthorn, M.Nishida
    • Organizer
      8th Indo-Pacific Fish Conference
    • Place of Presentation
      Perth, Australia
    • Year and Date
      2009-06-05
  • [Presentation] The origin of the paedomorphic fish Schindleria (Gobioidei) inferred from whole mitochondrial DNA sequences.2009

    • Author(s)
      Kon, T., M.Miya, L.Ruber, M.Nakatani, T.P.Satoh, T.Yoshino, M.Nishida.
    • Organizer
      8th Indo-Pacific Fish Conference
    • Place of Presentation
      Perth, Australia
    • Year and Date
      2009-06-05
  • [Presentation] 海洋生物研究の意義と課題2009

    • Author(s)
      西田睦
    • Organizer
      福井県立大学海洋生物資源学部開設記念シンポジウム「海からの贈り物を利用した地域づくり」
    • Place of Presentation
      福井県立大学,福井県
    • Year and Date
      2009-04-18
  • [Book] 図説日本の河川2010

    • Author(s)
      小倉紀雄・島谷幸宏・谷田一三(編)
    • Total Pages
      176
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] 海洋の生命史-生命は海でどのように進化したか2009

    • Author(s)
      西田睦(編著)
    • Total Pages
      420
    • Publisher
      東海大学出版会

URL: 

Published: 2012-07-19  

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