2007 Fiscal Year Annual Research Report
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19310129
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
井原 茂男 The University of Tokyo, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (30345136)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
浜窪 隆雄 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797)
南 敬 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (00345141)
川村 猛 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (70306835)
大田 佳宏 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任研究員 (80436592)
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| Keywords | リン酸化 / 転写複合体 / シミュレーション / プロテオミクス / 膜タンパク質複合体 |
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| Research Abstract |
細胞内で刺激応答に起因する内在性のリン酸化状態変化を網羅的にプロテオミクスにより捕らえることにある。さらにインフォーマティクス解析によりリン酸化タンパク質相互の関係をシミュレーションし,リン酸化シグナルのパスウェイを予測する。この予測に基づき,分子生物学的解析によって妥当性の検討を行う。このようにリン酸化の素過程あるいは複合過程をシミュレーションとプロテオミクスを併用しその時系列変化を求めることが本研究の目的である。本年度はそのために1)プロテオミクスに関してリン酸化タンパク及びペプチドの濃縮条件の検討をさらに2)シミュレーションの準備としてリン酸化タンパク質のインフォーマティクスの形成として,データ収集とネットワークを構築した。
1)リン酸化タンパク及びペプチドの濃縮条件の検討 細胞抽出液を用いたリン酸化ペプチド精製(HeLa細胞)を行った。チタニアによるリン酸化ペプチド精製によってLC-MSによるリン酸化ペプチド同定率を1%以下(4/455)から40%(82/199)まで高めた。またLC-MSスペクトルの強度比較による半定量的解析も可能とし,リン酸化による分子量,保持時間シフトも検出している。今後これらを用いてパスウェイ解析のためのリン酸化の経時的変化のデータ取得を行う。
2)リン酸化タンパク質のインフォーマティクスの形成 文献やデータベースから抽出した約50万件のタンパク質相互作用対から全タンパク質相互作用ネットワークを構築し,実験からえられたタンパク質の対に対して,他のタンパク質を介して相互作用するインーダイレクト相互作用の可能性を検証するインターフェースを構築した。文献情報その他データベースからからリン酸化,脱リン酸化に対する関係性を収集し,既知のリン酸化のネットワークを構築した。これにより候補パスウェイ,動的計算の準備ができた。
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