• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2009 Fiscal Year Self-evaluation Report

Study on theoretical chemistry to the relationship between DNA sequence and electronic conductivity.

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 19350012
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Physical chemistry
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

AOKI Yuriko  Kyushu University, 大学院・総合理工学研究院, 教授 (10211690)

Project Period (FY) 2007 – 2010
Keywords電子状態 / 生体高分子 / 導電性
Research Abstract

量子化学計算は小さな分子に対して成功を遂げたものの、ランダム高分子やアモルファス固体等の、非周期的な巨大系に対しては無力である。よって、不規則凝集系でも、その電子状態を超効率的にしかも精度良く計算できる計算プログラムを完成させ、生体機能をミクロな立場から機能設計できる方法を構築する。現在開発段階にあるElongation法をさらに発展させ、電子論的な立場からミクロな視点で機能メカニズムを明らかにし、新規機能性バイオポリマーの設計を行う。そのために、まず高精度で電子状態を記述するために電子相関効果をElongation法導入するとともに、蛋白質のアミノ酸配列、DNAの塩基配列データと関連情報、立体構造、機能データを体系的に処理し、解析するための機能設計プログラムを構築し応用を行う。
一方で、高分子の導電性を議論するためには、有限系オリゴマーの電子状態からエネルギーバンドを抽出する方法の構築が必要である。そのための基礎方法論の構築と、高分子系への応用を行い、導電性を解析するためのツールを構築する。

  • Research Products

    (6 results)

All 2010 2009 2008 2007

All Journal Article (5 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Linear-scaled excited state calculations at Linear Response Time-Dependent Hartree-Fock theory2010

    • Author(s)
      M. Miura, Y. Aoki
    • Journal Title

      Mol.Phys. 108(2)

      Pages: 205-210

  • [Journal Article] Describing Electron Correlation Effects in the Framework of the Elongation Method-Elongation-MP2 : Formalism, Implementation and Efficiency2009

    • Author(s)
      M. Makowski, J. Korchowiec, F. L. Gu, Y. Aoki
    • Journal Title

      J.Comput.Chem. 31(8)

      Pages: 1733-1740

  • [Journal Article] Band structure built from oligomer calculations2008

    • Author(s)
      A. Pomogaeva, B. Kirtman, F. L. Gu, Y. Aoki
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 128(7)

      Pages: 074109 1-7

  • [Journal Article] Efficient and accurate calculations on the electronic structure of B-type poly(dG)-poly(dC) DNA by elongation method : First step toward the understanding of the biological properties of aperiodic DNA2007

    • Author(s)
      Y. Orimoto, F. L. Gu, A. Imamura, Y. Aoki
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 126(21)

      Pages: 215104, 1-7

  • [Journal Article] Elongation Method Applied to Aperiodic Systems-Random Polypeptides, High Spin Alignment, Polymer in Solvent, and DNA2007

    • Author(s)
      Y. Aoki, F. L. Gu, Y. Orimoto, S. Suhai, A. Imamura
    • Journal Title

      Computational Methods in Science and Engineering : Theory and Computation : Old Problems and New Challenge, Lectures Presented at the ICCMSE 2007 963(1)

      Pages: 120-137

  • [Presentation] Generalized Elongation Method : From One-Dimension to Three-Dimension2009

    • Author(s)
      Y. Aoki, F. L. Gu
    • Organizer
      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering : Theory and Computation : Old Problems and New Challenge
    • Year and Date
      20090000

URL: 

Published: 2011-06-18   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi