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2008 Fiscal Year Final Research Report

The coupling mechanism of glutaminase and kinase in GatCAB

Research Project

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Project/Area Number 19370037
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Structural biochemistry
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

YAO Min  Hokkaido University, 大学院・先端生命科学研究院, 准教授 (40311518)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) TANAKA Isao  北海道大学, 大学院・先端生命科学研究院, 教授 (70093052)
Project Period (FY) 2007 – 2008
KeywordsGatCAB / グルタミナーゼ / キナーゼ / アンモニアチャネル / X線構造解析
Research Abstract

GatCABのアンモニアチャネルの開閉に重要と推定した残基の変異体調製に成功し、in vivoアッセイによって、E125が直接アンモニアの輸送に関与していることが検証された。SAXSを用いて得られた溶液中の構造情報は、tRNA^(Gln)のU1-A72がcradleドメインで、D-loopがC-tailドメインで認識することを示唆した。また、GatCABの1.9A分解能での構造解析に成功し、tRNA認識に重要であるGatBのC-tailドメインの構造を明らかにし、GatBに特徴的な配列を見い出した。更にGatCABとtRNA^(Gln)変異体のアッセイを行い、GatBのcradleドメインの3_(10)-helixとC-tailドメインに保存されたGlyがtRNA^(Gln)認識に重要であることが明らかになった。

  • Research Products

    (9 results)

All 2009 2008 2007 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural, Functional Characterization of the LldR from Corynebacterium glutamicum : a Transcriptional Repressor Involved in l-Lactate and Sugar Utilization2008

    • Author(s)
      Yong-Gui Gao, Hiroaki Suzuki, Hiroshi Itou, Yong Zhou, Yoshikazu Tanaka, Masaaki Wachi, Nobuhisa Watanabe, Isao Tanaka, Min Yao
    • Journal Title

      Nucl. Acid Res 36

      Pages: 7110-7123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Makoto Kimura, Crystal structure of an archaeal Ski2p-like protein from Pyrococcus horikoshii OT32008

    • Author(s)
      Xiaodong Zhang, Takashi Nakashima, Yoshimitsu Kakuta, Min Yao, Isao Tanaka
    • Journal Title

      Protein Sci 17

      Pages: 136-145

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 真正細菌型GatCABと古細菌型GatCABの比較2009

    • Author(s)
      中村彰良、山根潤二、Zhou Qian、姚閔、田中勲
    • Organizer
      日本生物物理学会北海道支部例会
    • Place of Presentation
      札幌市
    • Year and Date
      2009-03-09
  • [Presentation] 真正細菌型GatCABのtRNA認識機構と分子進化、BMB20082008

    • Author(s)
      中村彰良、山根潤二、姚閔、田中勲
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会, 第81回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸市
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] tRNAGln recognition loop in bacterial GatCAB, AARS2008 (International Conference on Aminoacyl-tRNA Synthetases2008

    • Author(s)
      Akiyoshi Nakamura, Junji Yamane, Min Yao, Isao Tanaka
    • Organizer
      from Basic Mechanisms to Systems Biology
    • Place of Presentation
      France
    • Year and Date
      20080907-11
  • [Presentation] High resolution structure of bacterial GatCAB reveals the C-tail domain structure in GatB2008

    • Author(s)
      Akiyoshi Nakamura, Jyunji Yamane, Min Yao, Isao Tanaka
    • Organizer
      International Union of Crystallography (IUCr2008)
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      20080823-31
  • [Presentation] 真正細菌型GatCABが獲得したtRNA Gln認識ループ2008

    • Author(s)
      中村彰良、山根潤二、姚閔、田中勲
    • Organizer
      日本分子生物学会第8回春季シンポジウム
    • Place of Presentation
      札幌市
    • Year and Date
      20080525-27
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来GatCABの高分解能X線結晶構造解析2007

    • Author(s)
      山根潤二、中村彰良、周勇、十亀弘子、辻下英樹、武本浩、姚閔、田中勲
    • Organizer
      日本結晶学会2007年度年会
    • Place of Presentation
      東京都
    • Year and Date
      20071201-02
  • [Remarks]

    • URL

      http://altair.Sci.hokudai.Ac.Jp/g6/index.Html

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Published: 2010-06-10   Modified: 2016-04-21  

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