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2009 Fiscal Year Annual Research Report

気体分子を生理的エフェクターとする金属含有センサータンパク質の構造と機能

Research Project

Project/Area Number 19370059
Research Institution大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)

Principal Investigator

青野 重利  National Institutes of Natural Sciences Okazaki Research Facilities, 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (60183729)

Keywordsセンサータンパク質 / ヘムタンパク質 / 水素結合ネットワーク
Research Abstract

本研究では、気体分子(酸素、一酸化炭素、一酸化窒素)を生理的なエフェクターとする気体分子センサータンパク質の構造機能相関の解明を目的として研究を行なった。酸素センサータンパク質としては、グロビンドメインをセンサードメインとして利用する新規な酸素センサータンパク質HemDGCを対象とし、HemDGCによる酸素の選択的センシングの分子機構、ならびに酸素によるHemDGCの機能制御機構の解明を行なった。主に共鳴ラマン分光法による解析により、遠位側ヘムポケットに存在するTyr55とGln81がヘムに結合した酸素分子と特徴的な水素結合ネットワークを形成することが、HemDGCによる選択的酸素センシングに必須であることを明らかにした。HemDGC中のヘムに一酸化炭素が結合した場合には、酸素の場合に形成される特徴的水素結合ネットワークは形成されず、Gln81のみがヘムに結合した一酸化炭素と相互作用する。このような気体分子の種類に依存して、遠位側ヘムポケットに存在するアミノ酸残基が関与する水素結合ネットワークが組換わることにより、遠位側ヘムポケットのコンフォメーション変化が誘起されるものと推定される。HemDGCは、2分子のGTPから1分子のcyclic di-GMPを生成する反応を触媒する酵素活性を有していることも分かった。また、分子中のセンサードメイン中に存在するヘムに酸素が結合した場合にのみ、HemDGCは酵素活性を示すことが分かった。HemDGCは、酸素の有無によらずホモダイマー構造を有している。酸素によるHemDGC酵素活性の制御には、酸素の結合に依存したサブユニット間のコンフォメーション変化が重要な役割を果たしているものと考えられる。

  • Research Products

    (13 results)

All 2010 2009

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] The role of the Fe-S cluster in the sensory domain of nitrogenase transcriptional activator VnfA from Azotobacter vinelandii2010

    • Author(s)
      Hiroshi Nakajima
    • Journal Title

      FEBS J. 277

      Pages: 817-832

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Oxygen regulates the enzymatic activity of a heme-containing diguanylate cyclase (HemDGC) for the synthesis of cyclic di-GMP2010

    • Author(s)
      Hitomi Sawai
    • Journal Title

      Biochim.Biophys.Acta-Proteins & Proteomics 1804

      Pages: 166-172

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] X-ray crystal structure of Michaelis complex of aldoxime dehydratase2009

    • Author(s)
      Hitomi Sawai
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. 284

      Pages: 32089-32096

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 低温X線照射還元によるアルドキシム脱水酵素の結晶内におけるミカエリス複合体の生成およびその構造決定2009

    • Author(s)
      澤井仁美
    • Organizer
      日本結晶学会2009年度年会
    • Place of Presentation
      関西学院大学(兵庫)
    • Year and Date
      2009-12-05
  • [Presentation] Reaction mechanism of aldoxime dehydration revealed by X-ray crystal structure of the Michaelis complex of aldoxime dehydratase2009

    • Author(s)
      Shigetosi Aono
    • Organizer
      2^<nd> Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知)
    • Year and Date
      2009-11-22
  • [Presentation] Structure and function of aldoxime dehydratase containing a heme as the active center for dehydration reaction2009

    • Author(s)
      Shigetoshi Aono
    • Organizer
      Symposium on Advanced Biological Inorganic Chemistry(SABIC-2009)
    • Place of Presentation
      Mumbai, India
    • Year and Date
      2009-11-06
  • [Presentation] X-ray crystal structure of the Michaelis complex of a novel heme enzyme, aldoxime dehydratase2009

    • Author(s)
      澤井仁美
    • Organizer
      Symposium on Advanced Biological Inorganic Chemistry(SABIC-2009)
    • Place of Presentation
      Mumbai, India
    • Year and Date
      2009-11-06
  • [Presentation] Molecular oxygen regulates the enzymatic activity of a heme-containing diguanylate cyclase, HemDGC2009

    • Author(s)
      Shigetoshi Aono
    • Organizer
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知)
    • Year and Date
      2009-07-30
  • [Presentation] Crystal structure of the Michaelis complex of aldoxime dehydratase2009

    • Author(s)
      澤井仁美
    • Organizer
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知)
    • Year and Date
      2009-07-26
  • [Presentation] Functional analysis of vanadium nitrogenase regulating protein in Azotobacter vinelandii2009

    • Author(s)
      Hiroshi Nakajima
    • Organizer
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知)
    • Year and Date
      2009-07-26
  • [Presentation] Nitrogenase transcriptional activator, VnfA -Identification of signal molecule by using in vivo activity assay system2009

    • Author(s)
      Kyohei Yoshimitsu
    • Organizer
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知)
    • Year and Date
      2009-07-26
  • [Presentation] Physiological role of thiolate coordination to the heme in CooA from R.rubrum2009

    • Author(s)
      Shigetoshi Aono
    • Organizer
      16th International Conference on Cytoshrome P450
    • Place of Presentation
      万国津梁館(沖縄)
    • Year and Date
      2009-06-24
  • [Presentation] 新規なヘム酵素(アルドキシム脱水酵素)の酵素基質複合体のX線結晶構造2009

    • Author(s)
      澤井仁美
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本全日空ホテル(熊本)
    • Year and Date
      2009-05-21

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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