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2007 Fiscal Year Annual Research Report

新しく発見された古細菌ロドプシンの赤外分光

Research Project

Project/Area Number 19370067
Research InstitutionNagoya Institute of Technology

Principal Investigator

神取 秀樹  Nagoya Institute of Technology, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (70202033)

Keywords生物物理 / 生体分子 / レチナール / 水素結合 / ナノバイオ / 内部結合水 / 赤外分光 / 水素結合
Research Abstract

本研究では近年,新たに発見された古細菌型ロドプシンに対して系統的な赤外分光を行い,光がどのようにエネルギーや情報へと変換されるのか,そのメカニズムを明らかにすることを目指している。特に,我々が世界をリードしてきた既知の古細菌ロドプシン(ポンプのバクテリオロドプシン,ハロロドプシン,センサーのフォボロドプシンなど)の赤外分光との比較を徹底的に行い,ロドプシンが機能する際の構造変化について統一的な原理を見出すことを目指す。具体的な測定対象としては,真正細菌や真核生物に見出されたロドプシンを考えているが,本年度はProteorhodopsin(PR),Anabaena Sensory Rhodopsin(ASR)などに対して以下の成果を得た。
海洋性バクテリアのプロトンポンプ蛋白質であるPRに対して赤外分光解析を行ったところ,特異的な水素結合構造が機能発現に重要な役割を担っていることを明らかにした。一方、光駆動ポンプとしてエネルギー変換を実現する古細菌型のロドプシンだけでなく,光情報変換を担うASRの光反応を低温可視分光法により検討した。その結果,100%のフォトクロミズム反応が実現していることを明らかにした。プロトンポンプを行うロドプシンは100%の光サイクル反応,フォトクロミックセンサーであるロドプシンには100%のフォトクロミズム反応が起こっており,構造は類似しているにも関わらず,機能のため光反応が最適化されていることがわかった。
古細菌型ロドプシンやその他の光受容蛋白質に対する成果も含め,2007年に11編の原著論文を世に出すことができた。また,平成19年度には15件の招待講演を含む46件の学会発表を行った。

  • Research Products

    (61 results)

All 2007

All Journal Article (15 results) (of which Peer Reviewed: 12 results) Presentation (46 results)

  • [Journal Article] Clay Mimics Color Tuning in Visual Pigments2007

    • Author(s)
      Y.Furutani, et. al.
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed. 46

      Pages: 8010-8012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heterogeneous Environment of the S-H Group of Cys966 near the Flavin Chromophore in the LOV2 Domain of Adiantum Neochromel2007

    • Author(s)
      Y.Sudo, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 10258-10265

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photochromism of Anabaena Sensory Rhodopsin2007

    • Author(s)
      A.Kawanabe, et. al.
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 129

      Pages: 8644-8649

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Magneticand Infrared Properties of the Azide Complex of 2,7,12,17-[Tetrapropylporphycenato]iron(III):A Novel Admixing Mechanism of the S=5/2 and S=3/2 States2007

    • Author(s)
      S.Neya, et. al.
    • Journal Title

      Eur.J.Inorg.Chem

      Pages: 3188-3194

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Halide Binding by the D212N Mutant of Bacteriorhodopsin Affects Hydrogen Bonding of Water in the Active Site2007

    • Author(s)
      M.Shibata, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 7325-7335

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration and temperature similarly affect light-induced protein structural changes in the chromophoric domain of phototoropin2007

    • Author(s)
      T.Iwata, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 7016-7021

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bayesian Maximum Entropy(Two-Diamensional) Lifetime Distribution Reconstruction from Time-Resolved Spectroscopic Data2007

    • Author(s)
      V.A.Lorenz-Fonfria, et. al.
    • Journal Title

      Appl.Spectrosc. 61

      Pages: 428-443

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FTIR Study of the Retinal Schiff Base and Internal Water Molecules of Proteorhodopsin2007

    • Author(s)
      D.Ikeda, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 5365-5373

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Early photocycle structural changes in a Bacteriorhodopsin Mutant Engincered to Transmit Photpsensory Signals2007

    • Author(s)
      Y.Sudo, et. al.
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. 282

      Pages: 15550-15558

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inter-helical Hydrogen Bonds Are Essential Elements for Intra-protein Signal transduction:The Role of Asp115 in Bacteriorhodopsin Transport Function2007

    • Author(s)
      A.Peralvarez-Marin, et. al.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol. 368

      Pages: 666-676

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Practical Aspectsof th emaximum Entropy Inversion of the Laplace Transform for Quantitative Analysis of Multi-Exponential Data2007

    • Author(s)
      V.A.Lorenz-Fonfria, et. al.
    • Journal Title

      Appl.Spectrosc 61

      Pages: 74-84

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Primary Processes during the light-Signal Transduction of Phototropin2007

    • Author(s)
      D.Matsuoka, et. al.
    • Journal Title

      Photochem.Photobiol 83

      Pages: 1-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 光を情報へと変換する視物質ロドプシンの光応答機構2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Journal Title

      化学と教育 55

      Pages: 126-129

  • [Journal Article] 赤外・ラマン分光法2007

    • Author(s)
      古谷 祐詞, 神取 秀樹
    • Journal Title

      生物物理学ハンドブック(朝倉書店)

  • [Journal Article] 光駆動ポンプ:バクテリオロドプシンの構造・機能2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Journal Title

      生物物理学ハンドブック(朝倉書店)

  • [Presentation] 赤外分光によるプロトンポンプ蛋白質のメカニズム研究2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Organizer
      水素量子アトミクス研究会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] 赤外分光法によるタンパク質問相互作用の解析-ロドプシンをモデルとして-2007

    • Author(s)
      古谷 祐詞、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] 分子ポンプを考える2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] Gloeobacter rhodopsinにおけるレチナールの光異性化にともなうプロトンドナーの構造変化2007

    • Author(s)
      橋本 匡平、古谷 祐詞、Ah Reum Choi、Kwang-Hwan Jung、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] 硝酸イオン結合型ファラオニスハロロドプシンの赤外分光2007

    • Author(s)
      中島 啓介、柴田 幹大、出村 誠、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] 赤外分光法によるセンサリーロドプシンIの赤色光照射時の構造変化および相互作用の変化2007

    • Author(s)
      高橋 はづき、古谷 祐詞、佐々木 純、須藤 雄気、John L. Spudich、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] 種々のフォトトロピンにおけるLOV2ドメインとJα-helixの光誘起構造変化2007

    • Author(s)
      小山 貴之、山本 渥史、岩田 達也、佐藤 義彰、松岡 大介、徳富 哲、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] ファラオニスフォボロドプシンの「水中」における膜タンパク質問相互作用の全反射赤外分光法による解析2007

    • Author(s)
      北出 祐也、古谷 祐詞、加茂 直樹、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] 乾電池型プロテオロドプシン変異体の研究2007

    • Author(s)
      吉次麻 衣子、池田 大亮、柴田 幹大、古谷 祐詞、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] シロイヌナズナphot1におけるLOV2ドメインからJαヘリックスへの光誘起構造変化の伝達メカニズム2007

    • Author(s)
      山本 渥史、岩田 達也、佐藤 義彰、松岡 大介、徳富 哲、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] ファラオニスセンサリーロドプシンIIの光情報伝達を開始させる特異なタンパク質-発色団相互作用について2007

    • Author(s)
      伊藤 元博、須藤 雄気、古谷 祐詞、沖津 貴志、和田 昭盛、John. L. Spudich、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] Anabaena sensory rhodopsinのL中間体に却ける細胞質側での構造変化2007

    • Author(s)
      川鍋 陽、古谷 祐詞、Kwang-Hwan Jung、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] ファラオニスハロロドプシンのクロライドポンプにおけるプロリン残基の役割2007

    • Author(s)
      柴田 幹大、出村 誠、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] 紅色光合成細菌の反応中心のQB周囲の内部結合水2007

    • Author(s)
      岩田 達也、Mark L. Paddock、Melvin Y. Okamura、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] ウシロドプシンのレチナール結合部位の構造安定性の解析-Thr118のH/D交換実験2007

    • Author(s)
      古谷 祐詞、Victor Lorenz-Fonfria、太田 徹、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071200
  • [Presentation] The determinants of light-energy and light-signal conversion in rhod opsins2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki,Japan
    • Year and Date
      20071100
  • [Presentation] FTIR Study of Nitrate-bound pharaonis Halorhodopsin2007

    • Author(s)
      Keisuke Nakashima, Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki,Japan
    • Year and Date
      20071100
  • [Presentation] Long-Ranged Protein Structural Chmgesupon Retinal Photoisomerization in a Cyanobacterial Rhodopsin Studied by FTIR Spectroscopy2007

    • Author(s)
      Kyohei Hashimoto, Yuji Furutani, Ah Reum Choi, Kwang-HwanJung and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Scienceand Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki,Japan
    • Year and Date
      20071100
  • [Presentation] Interaction Changes of Sensory Rhodopsin with its Transducer Proteinupon Formation of the S373 Intermediate Studiedby FTIR Spectroscopy2007

    • Author(s)
      Hazuki Takahaslu, Yuji Furutani, Jun Sasaki, Yuki Sudo, John L. Spudich and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki,Japan
    • Year and Date
      20071100
  • [Presentation] Protein-Protein Interactions in pharaonis Phoborhodopsin-pHtrII Complex under Aqueous Environment Studied by ATR-FTIR Spectroscopy2007

    • Author(s)
      Yuya Kitade, Yuji Furutani, Yuki Sudo, Naoki Kamo, and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Scienceand Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki,Japan
    • Year and Date
      20071100
  • [Presentation] Steric Constraint at the C14 Position of the Retinal Chromophore Initiates Light-Signal Transduction of pharaonis Sensory Rhodopsin II2007

    • Author(s)
      Motohiro Ito, Yuki Sudo, Yuji Furutani, Takashi Okitsu, Akimori Wada, Michio Homma, Jhon L. Spudich, and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomgolecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki,Japan
    • Year and Date
      20071100
  • [Presentation] Halide Binding by D85S and D212N Bacteriorhodopsin Mutants Affects Hydrogen-Bonding Network in the Active Site2007

    • Author(s)
      Mikihiro shibata, Maiko Yoshitsugu, Kunio Ihara and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Scienceand Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki,Japan
    • Year and Date
      20071100
  • [Presentation] Structural changes of water molecules upon the reduction of quinones in the reaction center from Rhodobacter sphaeroides2007

    • Author(s)
      Tatsuya Iwata, Mark L. Paddock, Melvin Y. Okamura and Hideki Kandori
    • Organizer
      17th International Symposium on Fine Chemistry and Functional Polymers&IUPAC 3rd International Symposium on Novel Materials and Synthesis
    • Place of Presentation
      Shanghai,China
    • Year and Date
      20071000
  • [Presentation] FTIR study of photoreceptive proteins in action2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      International Workshop of the Collaborative Research Center on "Protein-Cofactor Interactions in Biological Processes
    • Place of Presentation
      Berlin,Germany
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] Determinants of Light-Energy and Light-Signal Conversions in Rhodopsins2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      International Symposium on "Retinal Proteins:Experiments and Theory"
    • Place of Presentation
      Bremen,Germany
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] FTIR Studies of Internal Water Molecules of Bacteriorhodopsin:Structural Analysis of Halide-bound D85S and D212N Muntants in the Schiff Base Region2007

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata and Hideki Kandori
    • Organizer
      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • Place of Presentation
      Corf,Greece
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] The Determinant of Light-Energy and Light-Signal Conversion in Rhodopsins2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • Place of Presentation
      Corf,Greece
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] 自己組織化により形成されたM6I4型かご状錯体内部に存在する水クラスターの光化学反応に対する赤外分光法による解析2007

    • Author(s)
      古谷 祐詞、吉沢 道人、藤田 誠、神取 秀樹
    • Organizer
      第1回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] 2,7,12,17-テトラプロピルポルフィセン鉄(III)錯体に結合したアジドの温度依存的な赤外吸収変化の解析によるスピン状態の考察2007

    • Author(s)
      古谷 祐詞、神取 秀樹、池崎 章、大胡 恵樹、中村 幹夫、根矢 三郎
    • Organizer
      第57回錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] Altered Hydrogen Bonding of the Arg123 and Water Molecules in the L1 and L2-intermediate of pharaonis Halorhodopsin2007

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • Organizer
      Projects of the SFb-498"Protein-Cofactor Interactions in Biological Processes"
    • Place of Presentation
      Berlin,Germany
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] Altered Hydrogen Bonding of the Arg123 and Water Molecules in the L1 and L2-intermediate of pharaonis Halorhodopsin2007

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • Organizer
      International Symposium on Retinal Proteins:Experiments and Theory
    • Place of Presentation
      Berlin,Germany
    • Year and Date
      20070900
  • [Presentation] 膜蛋白質におけるプロトン伝導2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Organizer
      生理学研究所研究会「膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] FTIR Stuy of Proton Pumping and Lightt-Signal Transduction Mechanisms in Archaeal-Type Rhodopsins2007

    • Author(s)
      Yuji Furutani and Hideld Kandori
    • Organizer
      9th Intemational Symposium on Biotechnology Metal Complexes and Catalysis (BMC-IX)
    • Place of Presentation
      Xilinhot, Inner Mongolia, China
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] FTIR分光法によるGloeobacter rhodopsinの初期中間体における構造変化の研究2007

    • Author(s)
      橋本 匡平、古谷 祐詞、Kwang-Hwan Jung、神取 秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] 硝酸イオン結合型ファラオニスハロロドプシンの低温赤外分光2007

    • Author(s)
      中島 啓介、柴田 幹大、出村 誠、神取 秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] 赤外分光法によるセンサリーロドプシンIの光情報伝達過程におけるタンパク質問相互作用の解析2007

    • Author(s)
      高橋 はづき、古谷 祐司、佐々木 純、須藤 雄気、Jhon L. Spudich、神取 秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] ホウライシダneochromel-LOV2ドメインの光誘起構造変化におけるPhe-1010の役割2007

    • Author(s)
      山本 渥史、岩田 達也、徳富 哲、神取 秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] Anabaena sensory rhodopsinの光反応過程の研究2007

    • Author(s)
      川鍋 陽、古谷 祐詞、Kwang-Hwan Jung、神取 秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] 赤外分光法によるハロロドプシンの細胞外側領域の構造解析2007

    • Author(s)
      柴田 幹大、出村 誠、神取 秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] 光センサーに変換したバクテリオロドプシンの構造と構造変化2007

    • Author(s)
      須藤 雄気、古谷 祐詞、神取 秀樹、John L. Spudich
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      20070700
  • [Presentation] FTIR study of rhodopsins in action2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      LALS 2007, International Conference on Laser Applic ations in Life Sciences
    • Place of Presentation
      Moscow,Russia
    • Year and Date
      20070600
  • [Presentation] 紅色細菌の光化学反応中心のキノン還元に伴う内部結合水の構造変化2007

    • Author(s)
      岩田 達也、Mark L.Paddock、Melvin Y.Okamura、神取 秀樹
    • Organizer
      第34回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20070600
  • [Presentation] 赤外分光法によるセンサリーロドプシンIの光情報伝達過程での構造変化および相互作用変化の解析2007

    • Author(s)
      古谷 祐詞、高橋 はづき、佐々木 純、須藤 雄気、John L. Spudich、神取 秀樹
    • Organizer
      第34回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20070600
  • [Presentation] ロドプシンの赤外分光法:より生理的な測定を目指して2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Organizer
      分子科学研究所研究会「生細胞の分子科学」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      20070500
  • [Presentation] レチナールの色と反応を制御するロドプシンという蛋白質場の役割2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Organizer
      理化学研究所研究会「分子系の構造と電子状態-『生物物質科学』を目指して
    • Place of Presentation
      和光
    • Year and Date
      20070400
  • [Presentation] 水分子の水素結合強度が決めるロドプシンの機能2007

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      赤外ラマン分光部会シンポジウム
    • Place of Presentation
      豊中
    • Year and Date
      2007-12-06

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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