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2008 Fiscal Year Annual Research Report

新しく発見された古細菌型ロドプシンの赤外分光

Research Project

Project/Area Number 19370067
Research InstitutionNagoya Institute of Technology

Principal Investigator

神取 秀樹  Nagoya Institute of Technology, 工学研究科, 教授 (70202033)

Keywords生物物理 / 生体分子 / レチナール / 水素結合 / ナノバイオ
Research Abstract

本研究では近年、新たに発見された古細菌型ロドプシンに対して系統的な赤外分光を行い、光がどのようにエネルギーや情報へと変換されるのか、そのメカニズムを明らかにすることを目指している。特に、我々が世界をリードしてきた既知の古細菌ロドプシン(ポンプのバクテリオロドプシン、ハロロドプシン、センサーのフォボロドプシンなど)の赤外分光との比較を徹底的に行い、ロドプシンが機能する際の構造変化について統一的な原理を見出すことを目指す。具体的な測定対象としては、真正細菌や真核生物に見出されたロドプシンを考えているが、本年度はProteorhodopsin (PR), Anabaena Sensory Rhodopsin (ASR)などに対して以下の成果を得た。
海洋性バクテリアには千種類ものPRが存在し、プロトンポンプとして光エネルギー変換を行うと考えられている。このようなさまざまなPRは環境に応じて吸収する光の波長を最適化しているはずだが、我々はレチナールから遠隔部位のアミノ酸変異が色を変えるというこれまでの常識に完全に反した現象を発見した。一方、光駆動ポンプとしてエネルギー変換を実現する古細菌型のロドプシンだけでなく、光情報変換を担うASRの光反応を低温赤外分光法により検討したところ、細胞質側に特異な水素結合構造を見出した。
一方、古細菌型ロドプシンの測定としてはバクテリオロドプシンの時間分解赤外分光やセンサリーロドプシンIおよびIIの低温赤外分光解析を発表することができた。それ以外の成果も含め、2008年に14編の原著論文を世に出すことができた。また、平成20年度には13件の招待講演を含む51件の学会発表を行った。

  • Research Products

    (65 results)

All 2009 2008

All Journal Article (16 results) (of which Peer Reviewed: 15 results) Presentation (49 results)

  • [Journal Article] Structural Changes of Salinibacter Sensory Rhodopsin I upon Formati on of the K and M Photointermediates2008

    • Author(s)
      D. Suzuki, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 12750-12759

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional Evaluation of Iron Oxypyriporphyrin in Protein Heme Pocket2008

    • Author(s)
      S. Neya, et. al.
    • Journal Title

      Inorg. Chem. 47

      Pages: 10771-10778

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FTIR Study of the L Intermediate of Anabaena Sensory Rhodopsin : Structural Changes in the Cytoplasmic Region2008

    • Author(s)
      A. Kawanabe, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 10033-10040

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ultrafast Pump-Probe Study of the Primary Photoreaction Process in pharaonis Halorhodopsin : Halide-Ion Dependence and Isomerization Dynamics2008

    • Author(s)
      T. Nakamura, et. al.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B 112

      Pages: 12795-12800

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Salinibacter Sensory Rhodopsin : Sensory Rhodopsin I-like Protein from a Eubacterium2008

    • Author(s)
      T. Kitajima-Ihara, et. al.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 283

      Pages: 23533-23541

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Steric Constraint in the Primary Photoproduct of Sensory Rhodopsin II Is a prerequisite for Light-Signal Transfer to HtrII2008

    • Author(s)
      M. Ito, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 6208-6215

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Active Internal Waters in the Bacteriorhodopsin Photocycle. A Comparative Study of the L and M Intermediates at Room and Cryogenic Temperatures by Infrared Spectroscopy2008

    • Author(s)
      V. A. Lorenz-Fonfria, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 4071-4081

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Color Change of Proteorhodopsin by a Single Amino Acid Replacement at a Distant Cytoplasmic Loop2008

    • Author(s)
      M. Yoshitugu, et. al.
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed. 47

      Pages: 3923-3926

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein-Protein Interaction of a pharaonis Halorhodopsin Mutant Forming a Complex with pharaonis Halobacterial Transducer Protein II Detected by Fourier Transform Infrared Spectroscopy2008

    • Author(s)
      Y. Furutani, et al.
    • Journal Title

      Photochem. Photobiol. 84

      Pages: 874-879

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantum Yields for the Light Adaptations in Anabaena Sensory Rhodopsin and Bacteriorhodopsin2008

    • Author(s)
      A. Wada., et al.
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 453

      Pages: 105-108

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Changes in the O-decay Accelerated Mutants of pharaonis Phoborhodopsin2008

    • Author(s)
      Y. Sudo, et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 2866-2874

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Changes of Sensory Rhodopsin I and its Transducer Protein Are Dependent on the Protonated State of Asp762008

    • Author(s)
      Y. Furutani, et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 2875-2883

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of Phe1010 in Light-Induced Structural Changes of the neol-LOV2 Domain of Adiantum2008

    • Author(s)
      A. Yamamoto, et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 922-928

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electronic Properties in a Five-Coordinate Azido Complex of Nonplanar Ion(III) Porphyrin : Revisiting to Quantum Mechanical Spin Admixing2008

    • Author(s)
      S. Neva, et al.
    • Journal Title

      Bull. Chem. Soc. Jpn. 81

      Pages: 136-141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Photochromic Photoreceptor from a Eubacterium2008

    • Author(s)
      D. Suzuki, et al.
    • Journal Title

      Communicative & Integrative Biology 1

      Pages: 1-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 粘土でロドプシンをつくる2008

    • Author(s)
      古谷祐詞, 神取秀樹
    • Journal Title

      生物物理 48

      Pages: 284-286

  • [Presentation] Comparative studies of light-induced structural changes of the LOV2 domain and the J α helix among phototropins2009

    • Author(s)
      T. Koyama, A. Yamamoto, T. Iwata, Y. Sato, D. Matsuoka, S. Tokutomi, H. Kandori
    • Organizer
      The 5th Open Workshop for "Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules
    • Place of Presentation
      Nara, Japan
    • Year and Date
      2009-01-24
  • [Presentation] Proteorhodopsin mutants engineered like a dry-battery2009

    • Author(s)
      M. Yoshitsugu, D. Ikeda, M. Shibata, Y. Furutani, H. Kandori
    • Organizer
      The 5th Open Workshop for "Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules
    • Place of Presentation
      Nara, Japan
    • Year and Date
      2009-01-24
  • [Presentation] Characteristics of the rhodopsin chromophore in clay interlayers2009

    • Author(s)
      K. Ido, Y. Furutani, M. Ogawaand, H. Kandori
    • Organizer
      The 5th Open Workshop for "Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules
    • Place of Presentation
      Nara, Japan
    • Year and Date
      2009-01-24
  • [Presentation] FTIR study of the L intermediate of Anabena sensory rhodopsin : Hydrogen-bonding changes in the cytoplasmic region2009

    • Author(s)
      A. Kawanabe, Y. Furutani, Kwang-Hwan Jung, H. Kandori
    • Organizer
      The 5th open Workshop for "Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules
    • Place of Presentation
      Nara, Japan
    • Year and Date
      2009-01-24
  • [Presentation] The Determinant of Light-Energy and Light-Signal Conversion in Rhodopsins2008

    • Author(s)
      H. Kandori
    • Organizer
      2008 Korea-Japan Fronteir Photoscience (KJFP) Symposium
    • Place of Presentation
      Jeju, Korea
    • Year and Date
      2008-12-27
  • [Presentation] 同位体標識試料を用いたLOV2ドメインの光誘起構造変化の赤外分光解析2008

    • Author(s)
      小山貴之, 山本渥史, 佐藤義彰, 岩田達也, 松岡大介, 徳富哲, 神取秀樹
    • Organizer
      第3回特定領域「細胞感覚」若手の会
    • Place of Presentation
      蒲郡
    • Year and Date
      2008-12-17
  • [Presentation] 全反射赤外分光法によるppRのプロトン放出基に関する研究2008

    • Author(s)
      北出祐也, 古谷祐詞, 加茂直樹, 神取秀樹
    • Organizer
      第3回特定領域「細胞感覚」若手の会
    • Place of Presentation
      蒲郡
    • Year and Date
      2008-12-17
  • [Presentation] 古細菌型ロドプシンの新奇時報伝達機構の解明2008

    • Author(s)
      川鍋陽, 古谷祐詞, Kwang-Hwan Jung, 神取秀樹
    • Organizer
      第3回特定領域「細胞感覚」若手の会
    • Place of Presentation
      蒲郡
    • Year and Date
      2008-12-17
  • [Presentation] ヒドロキシルアミン存在下でのウシロドプシンの赤外分光解析2008

    • Author(s)
      片山耕大, 古谷裕司, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] 紅色光合成細菌の反応中心におけるHis-H126/His-日128の変異がQA^-に与える影響2008

    • Author(s)
      渡邊彰英, 岩田達也, Mark L. Paddock, Melvin Y. Okamura, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] D85N変異体を用いて解析したバクテリオロドプシンのシツフ塩基部位の水素結合構造2008

    • Author(s)
      山田純也, 柴田幹大, 井原邦夫, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] ppRにウシロドプシンの第三ループを組み込んだキメラクンパク質の研究2008

    • Author(s)
      中妻亜弥, 川鍋陽, 古谷祐詞, 山下高廣, 七田芳則, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] ロドプシンのカーボンナノチューブへの内包2008

    • Author(s)
      川島崇睦, 柳和宏, 古谷祐詞, 片浦弘道, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] プロトンポンプへの機能転換をめざしたハロロドプシンの変異導入2008

    • Author(s)
      中島啓介, 柴田幹大, 出村誠, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] Gloeobacter rhodopsinにおけるレチナールのall-trans型と13-cis型の熱平衡は水和量に依存する2008

    • Author(s)
      橋本匡平, 古谷祐詞, Kwang-Hwan Jung, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] 光回復酵素およびクリプトクロムの光誘起構造変化の研究2008

    • Author(s)
      張宇, 岩田達也, 人見研一, Elizabeth D, Getzoff, 藤堂剛, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] センサリーロドプシンIの正の走光性のための情報伝達におけるTyrの役割2008

    • Author(s)
      高橋はづき, 古谷祐詞, 佐々木純John L. Spudich, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] 同位体標識試料を用いたLOV2ドメインの光誘起構造変化の赤外分光解析2008

    • Author(s)
      小山貴之, 山本渥史, 佐藤義彰, 岩田達也, 松岡大介, 徳富哲, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] 全反射赤外分光法によるフアラオニスフォボロドプシンのプロトン放出機構の研究2008

    • Author(s)
      北出祐也, 古谷祐詞, 加茂直樹, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] バクテリアのセンサーロドプシンに対する1アミノ酸の置換で実現した内向きのプロトンポンプ2008

    • Author(s)
      川鍋陽, 古谷祐詞, Kwang-Hwan Jung, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] 紅色細菌の光化学反応中心のプロトン取り込みに関わる水分子の検出2008

    • Author(s)
      岩田達也, Mark L. Paddock, MelvinY. Okamura, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] アナペナセンサリーロドプシンとトランスデューサータンパク質との相互作用の全反射赤外分光法による研究2008

    • Author(s)
      古谷祐詞, 中妻亜弥, 川鍋陽, Kwang-Hwan Jung, 神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第46回年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] バクテリアの光センサーにウシロドプシンのループを組み込んだキメラタンパク質の研究2008

    • Author(s)
      中妻亜弥, 川鍋陽, 古谷祐詞, 山下高廣, 七田芳則, 神取秀樹
    • Organizer
      第3回特定領域「細胞感覚」若手の会
    • Place of Presentation
      蒲郡
    • Year and Date
      2008-12-03
  • [Presentation] Molecular Mechanism of Light Reception and Signal Transduction in Sensory Rhodopsins Studied by FTIR Spectroscopy2008

    • Author(s)
      Y. Furutani, H. Kandori
    • Organizer
      4th Asia Oceania Conference on Photobiology
    • Place of Presentation
      Varanasi, India
    • Year and Date
      2008-11-26
  • [Presentation] 低温および時間分解赤外分光法によるロドプシンの構造変化の研究2008

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      豊中
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] 紅色光合成細菌の反応中心におけるHis-H126/His-H128の変異がQAに与える影響2008

    • Author(s)
      渡邉彰英, 岩田達也, Mark L. Paddock, Melvin Y. Okamura, 神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      豊中
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] D85N変異体を用いて解析したバクテリオロドプシンのシッフ塩基部位の水素結合構造2008

    • Author(s)
      山田純也, 柴田幹大, 井原邦夫, 神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      豊中
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] Gloeobacter Rhodopsinにおけるレチナールの暗中での異性体組成は水和量に依存する2008

    • Author(s)
      橋本匡平, 古谷祐詞, Kwang-Hwan Jung, 神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      豊中
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] 全反射赤外分光法によるPomA-PomB複合体のNa+結合部位の研究2008

    • Author(s)
      北出祐也, 須藤雄気, 古谷祐詞, 本間道夫, 神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      豊中
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] 細菌のべん毛モーターを駆動する固定子複合体中のイオン透過機構の解析2008

    • Author(s)
      須藤雄気, 北出祐也, 寺島浩行, 吉住玲, 小嶋勝, 小嶋誠司, 古谷祐詞, 神取秀樹, 本間道夫
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会、第34回討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-06
  • [Presentation] 生体エネルギー研究における全反射赤外分光法の可能性2008

    • Author(s)
      神取秀樹, 古谷祐詞
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会、第34回討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-06
  • [Presentation] 創薬を支援する赤外分光計測装置の開発2008

    • Author(s)
      古谷祐詞, 神取秀樹
    • Organizer
      名工大・名市大合同テクノフェア2008
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2008-11-01
  • [Presentation] センサリーロドプシンIの活性化過程におけるプロトン移動反応の赤外分光による解析2008

    • Author(s)
      高橋はづき, 古谷祐詞, 佐々木純, John L. Spudich, 神取秀樹
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-09-24
  • [Presentation] 硝酸イオン結合型ハロロドプシンによるアニオン輸送機構の解析2008

    • Author(s)
      中島啓介, 柴田幹大, 出村誠, 神取秀樹
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-09-24
  • [Presentation] M6L4型かご状錯体のアダマンタン包接体における光誘起電子移動反応の赤外分光解析2008

    • Author(s)
      古谷祐詞, 河野正規, 中林耕二, 吉沢道人, 神取秀樹, 藤田誠
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-09-24
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのプロトン放出基としてのプロトン化水クラスターの構造解析2008

    • Author(s)
      神取秀樹, V. A. Lorenz-Fonfria, 古谷祐詞
    • Organizer
      第2回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-09-24
  • [Presentation] サイクル反応ではなくフォトクロミズムを示すロドプシンの反応機構解明2008

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「フォトクロミズム」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-09-22
  • [Presentation] ロドプシンの特殊な水とプロトン化水クラスター2008

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      生理研究会「膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2008-09-05
  • [Presentation] プロテオロドプシンの吸収波長制御における105番目のアミノ酸残基の効果2008

    • Author(s)
      川島崇睦, 古谷祐詞, 神取秀樹
    • Organizer
      分子研研究会
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2008-08-08
  • [Presentation] 光駆動プロトンポンプにおいてわかったこととわかつていないこと2008

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」ミニ公開シンポジウム「プロトンポンプを考える」
    • Place of Presentation
      豊中
    • Year and Date
      2008-08-06
  • [Presentation] 膜蛋白質のプロトン伝導2008

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      研究会「イオンチャネルの構造ダイナミクス
    • Place of Presentation
      福井
    • Year and Date
      2008-07-09
  • [Presentation] KcsAチャネルに対する赤外分光の狙い2008

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      研究会「イオンチャネルの構造ダイナミクス
    • Place of Presentation
      福井
    • Year and Date
      2008-07-08
  • [Presentation] プロテオロドプシンの色を変えるレチナール・タンパク質問の遠隔相互作用2008

    • Author(s)
      吉次麻衣子, 柴田幹大, 池田大亮, 古谷祐詞, 神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「革新的ナノサイェンス」第3回班会議
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2008-06-28
  • [Presentation] Protein-Protein Interactions in Sensory Rhodopsins Studied by FTIR Spectroscopy2008

    • Author(s)
      Y. Furutani, H. Kandori
    • Organizer
      13th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      Barcelona
    • Year and Date
      2008-06-18
  • [Presentation] Water Dynamics in Bacteriorhodopsin : FTIR Study at Low- and Room-Temperatures2008

    • Author(s)
      V. A. Lorenz Fonfria, Y. Furutani, H. Kandori
    • Organizer
      13th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      Barcelona
    • Year and Date
      2008-06-16
  • [Presentation] 光を情報へと変換するフラビン蛋白質の構造変化2008

    • Author(s)
      張宇, 岩田達也, 神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第3回合同班会議
    • Place of Presentation
      越後湯沢
    • Year and Date
      2008-05-27
  • [Presentation] 紅色光合成細菌の反応中心におけるキノン周囲の内部結合水2008

    • Author(s)
      岩田達也, 神取秀樹
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第3回合同班会議
    • Place of Presentation
      越後湯沢
    • Year and Date
      2008-05-27
  • [Presentation] The Determinant of Light-Energy and Light-Signal Conversion in Rhodopsins2008

    • Author(s)
      H. Kandori
    • Organizer
      10th International Symposium on Biotechnology, Metal Complexes, and Catalysis
    • Place of Presentation
      Zhengzhou, China
    • Year and Date
      2008-05-13
  • [Presentation] 時間分解赤外分光法によるバクテリオロドプシンの内部結合水の構造解析2008

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      蛋白研セミナー「生物における光情報変換の一般性と多様性」
    • Place of Presentation
      吹田
    • Year and Date
      2008-04-18

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Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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