2009 Fiscal Year Annual Research Report
ミヤコグサの土壌イオンストレス耐性遺伝子の探索とデータベース構築
| Project/Area Number |
19380042
|
|---|
| Research Institution | Gifu University |
|---|
Principal Investigator |
小山 博之 Gifu University, 応用生物科学部, 教授 (90234921)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
櫻井 望 かずさDNA研究所, ゲノムバイテク研究室, 研究員 (30392286)
山本 義治 岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (50301784)
|
|---|
| Keywords | ミヤコグサ / マイクロアレイ / データベース |
|---|
| Research Abstract |
養分・水分を吸収する装置である根は、イオンの吸収・転送の機能を持ち、土壌汚染重金属の除去や不良環境耐性と、その耐性が結びついている。このような現象は、一つの遺伝子が関与するわけでなく、数多くの遺伝子が関与する。これには、植物ホルモンなどによる制御や、分化・細胞死などのプログラミングされている制御などが関わっていると考えられる。シロイヌナズナやイネなどでは既に、遺伝子発現に関して精力的にトランスクリプトーム解析のデータが集積されている。ここでは、シロイヌナズナの知見を踏まえ、マメ科植物のミヤコグサにおいて、遺伝子発現データを集積することを目的とした。昨年までに行った、イオン処理、植物ホルモン処理、リン酸欠乏処理に加えていくつかのストレスに関してデータを獲得し、順次かずさDNA研究所のKappa Viewerデータベースに公開することが可能となった。試験的に非公開の形で動作確認を行い、操作性に問題がないことを確かめた。さらに、アルミニウムイオンストレスに関しては経時的なデータも集積し、全てのアレイが凡そ100データとなり、ネットワーク解析が実用的に可能になったため、金平糖アルゴリズム解析により遺伝子発現ネットワークモジュールを検出した。これらについては、プロモーター領域のシーケンスが公表されているものに関しては、シス配列を推定した。これらのデータを今後は、Kappa-view及びPPDBにおいて、2010年中には一般向けに公表する準備が整った。
|
