2008 Fiscal Year Final Research Report
Development of a novel method for epigenome analysis and application to cancer diagnosis and order made therapy
Project/Area Number |
19390201
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Section | 一般 |
Research Field |
Gastroenterology
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Research Institution | Sapporo Medical University |
Principal Investigator |
TOYOTA Minoru Sapporo Medical University, 医学部, 教授 (70270676)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
SUZUKI Hiromu 札幌医科大学, 医学部, 助教 (20381254)
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Project Period (FY) |
2007 – 2008
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Keywords | 消化器癌 / DNAメチル化 / エピジェネティクス / 遺伝子診断 / クロマチン |
Research Abstract |
消化器癌においてジェネティックな異常に加え、DNAメチル化やヒストン修飾異常などのエピジェネティックな異常が関与する。ゲノム上の多数の遺伝子がエピジェネティックな異常を有すると考えられ、その全貌を明らかにすることは、消化器癌の診断および治療法開発の上で重要である。本研究では、ゲノム網羅的メチル化解析法と多数の検体を定量的に解析する方法の開発を目指す。Methylated CpG island amplification (MCA)法により、メチル化しているCpG islandを効率よく増幅し、大腸癌細胞株から抽出したDNAから作成したMCAアンプリコンをCy5で、正常大腸組織より抽出したDNAから作成したMCAアンプリコンをCy3でラベルし、Agilent社のwhole genome promoter arrayにハイブリダイズすることにより得られたシグナルを解析し、高メチル化している遺伝子を同定した。また、得られた結果を、ゲノムブラウザBLAT上に表示し、クロマチン免疫沈降法(ChIP on ChIP)のデータと比較することにより、DNAメチル化、ヒストンH3リジン4、リジン27のメチル化との統合解析を可能にした。DNMTあるいはDicerを遺伝学的にノックアウトした大腸癌細胞を用いて、MCA microarrayを行い、DNAメチル化およびヒストン修飾のプロファイルを作成した。本研究により開発された新しいエピゲノム法により消化器癌発生の分子機構の解明や、診断や治療の標的遺伝子の同定に有用と考えられる。
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Research Products
(45 results)