2007 Fiscal Year Annual Research Report
生物資源の集団構造と遺伝データの統計的モデリングに関する研究
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19500235
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| Research Institution | Tokyo University of Marine Science and Technology |
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Principal Investigator |
北門 利英 Tokyo University of Marine Science and Technology, 海洋科学部, 助教 (40281000)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
北田 修一 東京海洋大学, 海洋科学部, 教授 (10262338)
岸野 洋久 国立大学法人東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (00141987)
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| Keywords | 統計遺伝学 / 遺伝的差異 / 階層モデル / 尤度推測 |
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| Research Abstract |
平成19年度は,主に以下の3項目について研究を行った.
1.遺伝的差異Fstの遺伝子座間変動を捉える確率モデルの検討
ニシンなどの水産資源のデータを利用して,遺伝的差異Fstの変動の可能性,およびその変動パターンについて予備的考察を行った.また,Fstの遺伝子座間変動のモデリングを検討し具体的に階層モデルを作成した.
2.精度の高い推定方法と効率的なアルゴリズムの開発
上記の1の階層モデルに含まれるパラメータの推定法を検討した.モデルの尤度関数を表現し,次に階層構造に含まれる潜在変数の周辺化,そしてパラメータの推定精度を向上させるための積分尤度の構築を行った.また,積分尤度の最適化のためのアルゴリズムの検討とプログラムの開発を行った.
3.連鎖不平衡を伴う場合へのモデルの拡張を吟味
連鎖不平衡を伴うSNPsデータを想定し,2対立遺伝子かつ多数の遺伝子座からのデータを想定したモデルを吟味した.この検討結果は,20年度に実施予定の発展的モデリングの基礎となる.
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Research Products
(1 results)
