2008 Fiscal Year Final Research Report

Analysis of geometric shapes of binding sites on protein-ligand complex for prediction of molecular interactions

Research Project

Project/Area Number	19500253
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Single-year Grants
Section	一般
Research Field	Bioinformatics/Life informatics
Research Institution	Nara Institute of Science and Technology
Principal Investigator	KAWABATA Takeshi Nara Institute of Science and Technology, 情報科学研究科, 准教授 (60343274)
Project Period (FY)	2007 – 2008
Keywords	バイオインフォマティクス / 構造バイオインフォマティクス / タンパク質 / 分子認識 / 分子形状 / モルフォロジー
Research Abstract	単体の蛋白質の立体構造データから結合する分子の種類、結合する場所を予測することを最終目標として研究を進め、蛋白質表面の結合部位の候補を認識するプログラムGHECOMを開発した。このプログラムはモルフォロジーという画像処理技術を使用し、様々な深さのマルチスケールなポケットを同時に認識することができ、その深さから結合する分子の種類などの情報を推定できる。プログラムはフリーウエアとして一般公開している。