2007 Fiscal Year Annual Research Report
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19500255
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| Research Institution | Japan Atomic Energy Agency |
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Principal Investigator |
中村 建介 Japan Atomic Energy Agency, システム計算科学センター, 研究職 (20212095)
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| Keywords | タンパク質 / ゲノム / 生命情報学 / 酵素 / 分子進化 / 遷移金属 / メタローム / 構造ゲノミクス |
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| Research Abstract |
(1)タンパク質中の金属結合サイト予測の一つのアプローチとして、構造ゲノミクスのターゲットとなっている構造未知のタンパク質でX線蛍光スペクトル解析により遷移金属の配位していることがわかっているタンパク質について、ゲノム配列データベース中からの進化的情報をてがかりに、遷移金属を配位しているアミノ酸残基の予測を試み、相同で構造の解かれているタンパク質があるいくつかのケースに付いて、新規の金属結合サイトと考えられるものを見いだした。この結果について、ヨーロッパ蛋白質科学会で発表を行った。(学会発表1)また、これ
(2)タンパク質の遷移金属結合サイトについての見通しのよい分類、を行っておくことが、今後の生体内での金属の働き(メタローム)を考えてゆく上で重要さを増してゆくと考えられ、そのための共通インフラとしての金属結合サイトデータベースの構想を作成している。PDBに含まれる遷移金属の結合サイトを、構成する金属イオンの数、配位するアミノ酸の種類と数、SCOPなどのフォールド分類などを手がかりに、自動的に分類する手続きの開発を進めている。本プロジェトで開発しているプログラムを含む、原子力機構で開発中のバイオインフォマテ
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