2008 Fiscal Year Final Research Report

Algorithms for solving the sum-of-ratios problem using polynomialrelaxations and its application to sequence alignment

Research Project

Project/Area Number	19510135
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Single-year Grants
Section	一般
Research Field	Social systems engineering/Safety system
Research Institution	Muroran Institute of Technology
Principal Investigator	SHI Jianming Muroran Institute of Technology, 工学部, 准教授 (70287465)
Project Period (FY)	2007 – 2008
Keywords	最適化 / 分数和情報学計画 / 生体情報学
Research Abstract	生体生命における情報の中に共通配列(モチーフ)を探し出すことを研究の目的である. モチーフを評価するため, 情報量に基き, ある種の分数和を最大化することが必要である. 本研究はこのような既存の分数和を最大にする計算方法(アルゴリズム)を研究し, 2005に発表されたモチーフ抽出アルゴリズムを大幅改良した. 数値実験の結果では,計算速度を2900倍に速くすることに成功した.