2008 Fiscal Year Final Research Report
Insertion polymorphysm of retrotransposons and diversity of theplant genome
Project/Area Number |
19570002
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Section | 一般 |
Research Field |
Genetics/Genome dynamics
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
OHTSUBO Hisako The University of Tokyo, 分子細胞生物学研究所, 講師 (20158801)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田村 浩一郎 首都大学東京, 都市教養学部, 准教授
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Project Period (FY) |
2007 – 2008
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Keywords | トランスポゾン / 多型 / ゲノム多様化 / ゲノム構築 / 進化 |
Research Abstract |
1. シロイヌナズナ第3染色体ペリセントロメア末端のヘテロクロマチン領域について、塩基配列の微細構造解析からLys-tRNA 合成酵素遺伝子の「重複」がまず起きたこと、「重複」したそのiso-遺伝子の分岐年代の推定から、重複がアラビドプシスゲノムの大規模再編成と同時期(50-75MYA)に起きたこと、倍加したiso-遺伝子の偽遺伝子化の年代計算から、iso-遺伝子は偽遺伝子化した後、レトロトランスポゾン、トランスポゾンの度重なる挿入によってヘテロクロマチン化したと考えられる。 2. イネのレトロトランスポゾン、RIRE7は低メチル化状態で発現が上昇するレトロトランスポゾンで、イネ染色体セントロメア領域に局在する。インド型と日本型イネ系統間で多型をしめすRIRE7-TU1について、RIRE7の両LTR 上と隣接領域のメチル化パターンを解析、RIRE7挿入の有無によって対応領域のメチル化のパターンの変化を明らかにした。
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[Journal Article] OsRecQ1, a QDE-3 homologue in rice, isrequired for RNA silencing induced byparticle bombardment for inverted repeatDNA, but not for double-stranded RNA2008
Author(s)
Chen H, Samadder PP, Tanaka Y, Ohira T,Okuizumi H, Yamaoka N, Miyao A, Hirochika H,Ohira T, suchimoto S, Ohtsubo H, NishiguchiM
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Journal Title
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[Journal Article] Ricetransposable elements are characterized byvarious methylation environments in thegenome2007
Author(s)
Tanaka, M., Kiyohara, A., Takasu, A., Kishima, Y., Ohtsubo, H. and Sano, Y.
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Journal Title
BMC Genomics 8
Pages: 469
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[Book] Rice retroposon, p-SINE and its use for classification and identification of Oryza species In "Rice Biology in the Genomics Era" in the Series2008
Author(s)
Ohtsubo, H., Tsuchimoto, S., Xu, J-X., Cheng, C., Kondo, MY., Kurata, N. and Ohtsubo. E.
Publisher
Biotechnology in Agriculture and Forestry, eds. A. Hirai, T. Sasaki, Y. Sano, and H. Hirano, Springer