2007 Fiscal Year Annual Research Report
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19570035
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
山本 義治 Nagoya University, 遺伝子実験施設, 研究員 (50301784)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小保方 潤一 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (50185667)
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| Keywords | プロモーター / ゲノム / 環境応答 |
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| Research Abstract |
オルターナティブプロモーターとは一つの遺伝子が複数のプロモーターを持ち、状況に合わせて切り替えるというメカニズムである。この切り替えにより、転写制御配列セット、コアプロモーター、mRNAの5‘側の構造が変わり、限られた遺伝子セットからより複雑な発現制御や多様な遺伝子産物を生じさせることが出来る。
本年度では既に得られている静的な転写開始点情報を整理した。すなわち、シークエンスタグのゲノム上へのマッピング、転写開始点の遺伝子へのアソシエーション、転写開始点を基準にしたプロモーター構造の特徴付けと分類、サマリーをもとにしたオルターナティブプロモーターを持つ遺伝子の検索、等である。これにより、オルターナティブプロモーターとして650程度をリストアップすることが出来た。また、コアプロモーターの特徴と転写様式を照らし合わせたところ、コアエレメントによって転写様式が異なることが明らかになった。
様々な環境変化に対して転写開始点がどの様に分布するのかを解析するために、当初CT-MPSS法を用いる予定であったが、より高性能な並列式次世代型シークエンサーの台頭により計画を変更した。この変更により、100倍規模の転写開始点タグを同定出来ることになり、また、費用も格段に安価に済む。この方針にそって、試料調製等の準備を行った。
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