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2008 Fiscal Year Final Research Report

Development of a method to obtain information for prediction of interacting structres of biomolecules

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 19570157
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Biophysics
Research InstitutionOchanomizu University (2008)
Japan Atomic Energy Agency (2007)

Principal Investigator

YURA Kei  Ochanomizu University, 大学院人間文化創成科学研究科, 教授 (50252226)

Project Period (FY) 2007 – 2008
Keywordsタンパク質問相互作用 / シングレット / タンパク質-RNA相互作用 / ダブレット / 相互作用推定 / タンパク質立体構造 / 計算生物学
Research Abstract

細胞内の生体高分子(タンパク質やRNAなど)は、お互いに相互作用して働いている。生体高分子単体がどのような形をしているのかは、ずいぶん明らかにされてきたが、生体高分子のどの部分で相互作用するのか、また相互作用するとどのような形になるのかは、数少ない場合でしかわかっていない。本補助金研究では、相互作用部位と相互作用構造をコンピュータを用いて推定する方法の某礎研究を行い、それぞれにおいて新しい方法を開発することができた。

  • Research Products

    (13 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (7 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Characteristics and prediction of RNA editing sites in transcripts of the moss Takakia lepidozioides chloroplast2008

    • Author(s)
      Yura K., Miyata, Y., Arikawa, T., Higuchi, M., Sugita, M.
    • Journal Title

      DNA Research 15(5)

      Pages: 309-321

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2008

    • Author(s)
      Yura K.
    • Journal Title

      Proceedings of International Symposium on Frontiers of Computational Science

      Pages: 77-86

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] タンパク質の立体構造に基づく相互作用構造の推定2008

    • Author(s)
      由良敬
    • Journal Title

      薬学雑誌 128(11)

      Pages: 1547-1555

  • [Presentation] ナンジャモンジャゴケ葉緑体ゲノムデータに基づくRNAエディティング部位の予測2009

    • Author(s)
      由良敬
    • Organizer
      プロテイン・インフォマティクス蛋白質科学のためのバイオインフォマティクス,第9回日本蛋白質科学会年会ワークショップ
    • Place of Presentation
      熊本
    • Year and Date
      20090520-22
  • [Presentation] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein And Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2009

    • Author(s)
      Yura, K
    • Organizer
      ATI International Forum 2009 "Protein Structure Determination and Applications
    • Place of Presentation
      日本原子力研究開発機構
    • Year and Date
      20090309-10
  • [Presentation] Prediction of interface residues on proteins for RNA and protein molecules2009

    • Author(s)
      T Yura, K
    • Organizer
      Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulations,
    • Place of Presentation
      韓国ソウルKIAS
    • Year and Date
      20090227-0302
  • [Presentation] たくさんのデータ観察からわかるタンパク質が低分子を認識するようす2009

    • Author(s)
      由良敬
    • Organizer
      第3回お茶のオビ女子メ「学舞鎖揮学研究教'古センター公鰐シンポジクムr舞鎖が房る塗紛と病気」
    • Place of Presentation
      お茶の水女子大学
    • Year and Date
      2009-03-05
  • [Presentation] Prediction of RNA editing sites solely from the newly characterized DNA sequences of the moss Takakialepidozioides chloroplast2008

    • Author(s)
      Yura, K.,Miyata, Y., Arikawa, T., Higuchi, M., Sugita, M.
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会(福岡大会)
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      20081203-05
  • [Presentation] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2008

    • Author(s)
      Yura, K.
    • Organizer
      International Symposium on Frontiers of Computational Science
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20081127-29
  • [Presentation] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2008

    • Author(s)
      Yura, K
    • Organizer
      Frontiers of ComputationalBiology on Protein Structures
    • Place of Presentation
      お茶の水女子大学
    • Year and Date
      2008-12-02
  • [Book] Prediction of molecular interactions from 3D-structures : from small ligands to large protein complexes2009

    • Author(s)
      Kinoshita, K., Kono, H., Yura, K.
    • Total Pages
      159-186
    • Publisher
      in Prediction of Protein Structures, Functions, and Interactions(ed. Bujnicki, J.M.), Wiley and Sons)
  • [Remarks]

    • URL

      http://cib.cf.ocha.ac.jp/-yura/presentO.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://cib.cf.ocha.ac.in/-vura/RNAE/

URL: 

Published: 2010-06-10   Modified: 2016-04-21  

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