2007 Fiscal Year Annual Research Report
パーミュテーションテストのゲノムワイド疾患関連解析への実用的適用手法に関する研究
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19590332
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
山田 亮 The University of Tokyo, 医科学研究所, 准教授 (50301106)
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| Keywords | パーミュテーションテスト / 一塩基多型 / マルチプルテスティング |
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| Research Abstract |
一塩基多型を用いたケノムワイドアソシエーション(GWA)スタティが積極的に展開されている。多数の遺伝子多型マーカーを用い、それぞれに複数の仮説検定を実施する解析戦略が採られるため、高度かつ複雑なマルチプルテスティング問題が発生している。本研究課題においては、このマルチプルテスティング問題をパーミュテーションテストの枠組みで解決する方法について検討している。
平成19年度にあたっては、比較的少ない形質ラベルシャッフリング試行から、有効検定仮説数を推定する手法について検討し、アルゴリズム化した。また、それをツールとして実装し、小規模シミュレーションデータでの拳動について検討した。
さらに、開発ツールを遺伝疫学解析を実施している他機関の実疫学データに適用し、その挙動についての検討を行った。
また、有効検定仮説数の推定に基づく補正から生じる、推定誤差に関する検討を実施した。
また、対象データを実用レベルに大規模化するにあたっては、計算機処理における分散化が必要になることが多いため、小規模PCクラスタ環境を構築し、運用を開始した。また、PCクラスタにおける分散処理を簡易に実施するための方法について検討し、プログラムの改変を行った。本ツールは、ホームページを通じて公開することを目標(平成20年度)にしており、そのためのウェブサーバの設置・運用を開始し、一般的なGWAスタディ用のツールを先行して公開した。
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