New development in study of mitochondrial translation system of theparasitic nematode

2008 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19590425
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Parasitology (including Sanitary zoology)
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: YOSHINARI Shigeo The University of Tokyo, 大学院・医学系研究科, 助教 (70253317)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): WATANABE Yoh-ichi 東京大学, 大学院・医学系研究科, 准教授 (90323568) ; OHTSUKI Takashi 岡山大学, 大学院・自然科学研究科, 準教授 (80321735) ; YOKOBORI Shin-ichi 東京薬科大学, 生命科学部, 講師 (40291702)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Keywords: 寄生虫 / ミトコンドリア / タンパク質合成系 / tRNA / EF-Tu / 線形動物 / 節足動物

Research Abstract

動物ミトコンドリア(mt)のタンパク質合成系は、より短い機能性RNAを用いる。我々は、短縮化したmt tRNA を持つ種と持たない種が混在する節足動物で、短縮化したtRNAを持たない昆虫の2つのEF-Tu のうちの1つが、短縮化したtRNA と結合できることを示した。また、植物寄生性線虫ミトコンドリアで遺伝子が未同定だったtRNA のうち1種の発現を同定した。このtRNA は発現が確認された中で最も短い。

Research Products

• [Journal Article] Functionalimportance of Crenarchaea-specificextra-loop revealed by an X-raystructure of a hetero-tetramericcrenarchaeal splicing endonuclease. (2009)
  • Author(s): Yoshinari, S., Shiba, T., Inaoka, D.,Itoh, T., Kurisu, G., Harada, S., Kita,K., Watanabe, Y.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res., accepted
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Potential speciation of morphotypes inthe photosymbiotic ascidian Didemnummolle in the Ryukyu Archipelago (2009)
  • Author(s): Hirose, M., Yokobori, S., Hirose, E.
  • Journal Title: Japan.Coral Reefs 28 Pages: 119-126
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete nucleotidesequences of mitochondrial genomes oftwo solitary entoprocts, Loxocoroneallax and Loxosomella aloxiata : Implications for lophotrochozoanphylogeny (2008)
  • Author(s): Yokobori S., T.Iseto, S. Asakawa, T.Sasaki, N.Shimizu, A.Yamagishi, T.Oshima & E.Hirose
  • Journal Title: Mol. Phylogen. Evol. 47 Pages: 612-628
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Modified uridines withC5-methylene substituents at the firstposition of the tRNA anticodonstabilize U.G wobble pairing duringdecoding (2008)
  • Author(s): Kurata, S., Weixlbaumer, A., Ohtsuki,T., Wada, T., Kirino, Y., Takai, K.,Watanabe, K. Ramakrishnan, V. and Suzuki, T.
  • Journal Title: J.Biol.Chem. 283 Pages: 18801-18811
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Isolation of small RNAs usingbiotinylated PNAs (2008)
  • Author(s): Ohtsuki, T., Fujimoto, T., Kamimukai,M., Kumano, C., Kitamatsu, M., Sisido,M.
  • Journal Title: Journal of Biochemistry 114 Pages: 415-418
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Amino acid sensing using aminoacyl-tRNAsynthetase (2008)
  • Author(s): Kugimiya, A., Morii, M. and Ohtsuki, T.
  • Journal Title: Analytical Biochemistry 378 Pages: 90-92
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mitochondrial genomestructure and evolution in the livingfossil vampire squid, Vampyroteuthisinfernalis, and extant cephalopods (2007)
  • Author(s): Yokobori, S. Lindsay DJ, Yoshida M,Tsuchiya K, Yamagishi A, Maruyama T,Oshima T.
  • Journal Title: Mol.Phylogen. Evol 44 Pages: 898-910
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mitochondria and apicoplastof Plasmodium falciparum : behaviour onsubcellular fractionation and theimplication (2007)
  • Author(s): Kobayashi T, Sato S, Takamiya S,Komaki-Yasuda K, Yano K, Hirata A,Onitsuka I, Hata M, Mi-ichi F, Tanaka T,Hase T, Miyajima A, Kawazu S, WatanabeY, Kita K.
  • Journal Title: Mitochondrion 7 Pages: 125-132
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] T-armless tRNAand elongated elongation factor Tu (2007)
  • Author(s): Ohtsuki T, Watanabe Y.
  • Journal Title: IUBMB Life 59 Pages: 68-75
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] EF-Tu mutants expand aminoacid tolerance of protein biosynthesissystem (2007)
  • Author(s): Doi Y, Ohtsuki T, Shimizu Y, Ueda T, Sisido M.
  • Journal Title: J. Am. Chem. Soc. 129 Pages: 14458-14462
  • Peer Reviewed
• [Presentation] ピロプラズマ類(Babesia 及びTheileria)原虫におけるミトコンドリアゲノムの多様性 (2009)
  • Author(s): 彦坂健児、渡邊洋一、辻尚利、北潔、五十嵐郁男、田邉和裄
  • Organizer: 第78回寄生虫学会
  • Place of Presentation: 東京・法政大学市ヶ谷キャンパス
  • Year and Date: 2009-03-28
• [Presentation] tRNA構造との対応関係を越えたショウジョウバエミトコンドリアEF-Tu のtRNA 認識能 (2008)
  • Author(s): 佐藤文、末松卓真、大槻高史、渡邊洋一
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会, 第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2008-12-11
• [Presentation] EF-Tu変異体によるアミノアシルtRNAの精製・定量法 (2008)
  • Author(s): 山本浩道, 土井芳朗, 大槻高史, 宍戸昌彦
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会, 第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2008-12-11
• [Presentation] 尾索動物ミトコンドリアゲノムの多様性とミトコンドリア遺伝子に基づく尾索動物の分子系統解析 (2008)
  • Author(s): 横堀伸一、大曽根祐、倉林敦、西川淳、広瀬裕一、山岸明彦
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会, 第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2008-12-09
• [Presentation] 超好熱性古細菌における3つのイントロンを介在するtRNA の段階的スプライシング機構 (2008)
  • Author(s): 喜久田薫、菅原潤一、藤島皓介、平野麗子、渡邊洋一、吉成茂夫、冨田勝、金井昭夫
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会, 第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2008-12-09
• [Presentation] X線構造に基づいたCrenarchaea スプライシングエンドヌクレアーゼの改変 (2008)
  • Author(s): 吉成茂夫、北潔、渡邊洋一
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会, 第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2008-12-09
• [Presentation] EF-Tu変異体を用いた非天然アミノアシルtRNA の精製と定量 (2008)
  • Author(s): 山本浩道, 土井芳朗, 大槻高史, 宍戸昌彦
  • Organizer: 第3回バイオ関連化学合同シンポジウム
  • Place of Presentation: 横浜・東京工業大学すずかけ台キャンパス
  • Year and Date: 2008-09-19
• [Presentation] ミトコンドリアタンパク質合成系の進化 : 線形動物を中心に (2008)
  • Author(s): 渡邊洋一
  • Organizer: 第10回日本進化学会
  • Place of Presentation: 東京・東京大学駒場キャンパス
  • Year and Date: 2008-08-22
• [Presentation] RNA structures andduplication of the protein-coding genes.Mitochondria (2008)
  • Author(s): Yoh-ichi Watanabe
  • Organizer: Ribosomes & Cells : Asymposium in honour of Mike Gray
  • Place of Presentation: Halifax, Canada
  • Year and Date: 2008-07-04
• [Presentation] ピロプラズマ類原虫及びマラリア原虫ミトコンドリアのゲノム構造 (2008)
  • Author(s): 彦坂健児、渡邊洋一、辻尚利、北潔、五十嵐郁男、田邉和裄
  • Place of Presentation: 長崎・ブリックホール
  • Year and Date: 2008-04-04
• [Presentation] 尾索動物Ciona intestinalis ミトコンドリア特異的メチオニルtRNA 合成酵素の解析 (2008)
  • Author(s): 東正希、山岸明彦、横堀伸一
  • Organizer: 第33回生命の起源および進化学会学術講演会
  • Place of Presentation: 東京・東京薬科大学
  • Year and Date: 2008-03-18
• [Presentation] 改変EF-Tuを用いた翻訳系の拡張 (2007)
  • Author(s): 大槻高史、土井芳朗、宍戸昌彦
  • Organizer: 第22回生体機能関連化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学片平キャンパス
  • Year and Date: 2007-09-29
• [Presentation] リボソームを用いたβ-ペプチド合成に向けたアプローチ : 主鎖伸長型基質導入に関与するファクター (2007)
  • Author(s): 水澤圭吾、阿部健二、山東信介、土井芳朗、大槻高史、宍戸昌彦、青山安宏
  • Organizer: 第22回生体機能関連化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学片平キャンパス
  • Year and Date: 2007-09-29
• [Presentation] ミトコンドリアゲノムに基づく腸性目ホヤ(尾索動物亜門ホヤ綱)の分子系統解析 (2007)
  • Author(s): 横堀伸一, 倉林敦, 山岸明彦, 広瀬裕一
  • Organizer: 第78回日本動物学会年会
  • Place of Presentation: 弘前・弘前大学文京町キャンパス
  • Year and Date: 2007-09-22
• [Presentation] 非天然アミノ酸含有タンパク質の無細胞及び細胞モデル系での発現 (2007)
  • Author(s): 大槻高史
  • Organizer: 特定領域『バイオ操作』若手研究者第2回ワークショップ
  • Place of Presentation: 東京・東京農工大学小金井キャンパス
  • Year and Date: 2007-07-21
• [Presentation] Molecular Phylogeny ofUrochordata (Tunicata) inferred from18S rRNA genes and mitochondrialgenomes (2007)
  • Author(s): Yokobori S
  • Organizer: The 4th Interenational Tunicate Meeting
  • Place of Presentation: Villefranche-sur-Mer, France
  • Year and Date: 2007-06-24
• [Presentation] Molecular phylogeny of Trididemnum species(Didemnidae : Ascidiacea) hostingProchloron, non-Prochloron cyanophytes, and no photosymbionts (2007)
  • Author(s): Yokobori S., Hirose E.
  • Organizer: 第21回太平洋学術会議
  • Place of Presentation: 沖縄, 宜野湾
  • Year and Date: 2007-06-14
• [Book] The centraldogma : from DNA to RNA, and to protein.In "Automation in Proteomics and Genomics(eds G.Alterovitz, R.Benson, M. Ramoni) (2009)
  • Author(s): Ohtsuki T. and Sisido M.
  • Total Pages: 3-20
  • Publisher: Wiley
• [Book] 化学の指針シリーズ「生物有機化学-ケミカルバイオロジーへの展開-」 (2008)
  • Author(s): 宍戸昌彦、大槻高史
  • Total Pages: 204
  • Publisher: 裳華房