小児白血病のメチル化DNAのグローバル解析

2007 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 19591241
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 堤 修一 The University of Tokyo, 先端科学技術研究センター, 助教 (30345152)
• Keywords: メチル化DNA / 大量シークェンサー / メチローム

Research Abstract

本研究では、ゲノムDNAからメチル化シトシン抗体で濃縮した領域をタイリングアレイで検出することにより、メチル化した領域を全ゲノムレベルで得るものである。しかし、タイリングアレイよりを使用するよりもSolexaシークェンサーを使用して大量シークエンスをもとにした方が、グローバルなメチル化解析が可能になる。今回はHCT116の細胞株のDNAからメチル化シトシン抗体によりメチル化領域を濃縮した。この免疫沈降後のフラグメントからガラス基盤上に一分子からクラスターを形成し、36塩基対の配列をシークエンスした。シークェンサーでは1回で8レーンのデータ処理が可能であるが、そのうち6レーンを使用してデータを得た。その結果、58,809,280個の36塩基配列を読むことが可能であった。約28%にあたる16,614,035個の配列がヒトゲノムにマップ可能であった。配列のマッピングが完全にランダムであると仮定すると0.01の確率で有意に濃縮している領域が、全ゲノム内に24万ヶ所得られた。これらを以前タイリングアレイで得た領域と比較すると、ホメオボックスAの遺伝子領域で、ほとんど一致することを確認した。また、bisaphiteシークエンスで確認した領域もタイリングアレイより良好な検出率を示した。これ等の結果から、MLL再構成の白血病サンプルからも全ゲノムのメチル化DNAのプロファイルが得られると考えられる。この後さらに数例のサンプルで同様の解析を行う予定である。