2008 Fiscal Year Annual Research Report
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19591241
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
堤 修一 The University of Tokyo, 先端科学技術研究センター, 助教 (30345152)
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| Keywords | メチル化DNA / DNA免疫沈降 / 大量シークエンス |
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| Research Abstract |
Solexaシークエンサーを使用することで大量シークエンスをもとにした、グローバルなメチル化解析が可能になる。ゲノムDNA 2ugよりメチルシトシン抗体により免疫沈降を行う。得られた約2000万以上のシークエンス配列をヒトゲノムにマッピングする。今回は細胞株HCT116よりのDNAからメチル化DNA免疫沈降を行い、シークエンスデータを得た。得られたマッピング領域より約36%の配列がヒトゲノム領域にマップ可能であった。これらのマッピング領域はゲノム上でポワソン分布すると帰無仮説をたてて、マップされた数が多い領域を500bp幅のウインドウで計算して確率を算出した。それらP値の1e-10で有意な領域をメチル化領域として出力した。トータル約6万ヶ所が高メチル化領域の候補として得られた。IGF2のインプリンティング領域などでは、13ヶ所中11ヶ所の領域を検出可能であった。これらの領域は50%がメチル化されている部分であるが、十分な感度があると考えられる。さらに、Bisulfiteシークエンス法によりメチル化している領域の確認を行った。10ヶ所中9ヶ所で50%以上のメチル化を確認することができた。さらに、3T3-L1細胞株やMEF細胞株から同様の解析を行って高メチル化領域を算出した。これらデータからもポジティブコントロール領域のシグナルを確認している。このように全ゲノムレベルでのメチル化解析が可能となった。
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